In silico determination of protein complexes in yeast
Mayadaki protein komplekslerinin in silico saptanması
- Tez No: 232518
- Danışmanlar: PROF. BETÜL KIRDAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Genetik mühendisliği, Genler, Hesaplama, Proteinler, Genetic engineering, Genes, Calculation, Proteins
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tezde, 4.944 protein arasında 20.487 etkileşimin olduğu bir etkileşim ağyapının içerisindeki protein kompleksleri, değişik biyolojik verilerin birleştirilmesiyle bulundu. Genlerin ko-ekspresyon değerleri (PCCA), etkileşim verileri, GO proses (PSA), fonksiyon (FSA) ve hücre içindeki yer benzerlikleri (LSA) bilgileri ile etkileşim ağyapısı içerisindeki yüksek etkileşimli öbekleri ortaya çıkarmak amacıyla CFinder algoritmasını da içeren değişik veri kaynakları toplandı. Bir öbek içerisindeki yüksek etkileşimlerden ötürü 4.944 protein içerisinden CFinder yalnızca 1.822 proteini bir veya daha fazla öbeğin içerisine atabildi. İncelenen 55 öbek arasından, seçilen sınır değer dahilinde (0,64), 20 tane öbeğin FF değerinin 0,64'ün üzerinde ve bu 20 yumağın hepsinin de protein kompleksi veya protein kompleksinin bir parçası olduğu bulundu. 11 farklı kompleks ortaya çıkarıldı, 9 tanesi; nukleer egzozom (NE), anafaz promoting kompleks (APC), taşıyıcı protein parçacığı (TRAPP), mRNA ayırıcı faktörü (mRNACF), RSC, splisozom uridince zengin küçük nukleer ribonucleoprotein (snRNP U1), mediatör (M), ARP2/3 transkripsiyonal elongasyon factor (TEF), geçici komplekslerdir. İki tanesi, proteazom düzenleyici partikül (PRP) ve DNA yönlendirici RNA polimeraz II kompleksi (RNA 2) , kalıcı komplekslerdir. Bu 11 protein kompleksleri toplamda 295 protein içerirler. Toplam öbek frekansı %94.8'dir; k-klik öbeklerinin 135 proteininin 125 tanesi protein komplekslerinin üyeleridir. TRAPP kompleksinin üyelerinin %100'ü , %100 öbek frekansıyla bulundu. APC'nin 11 üyesi bulundu. mRNACF'ün 13 proteini, k9.4 öbeği tarafından %100 öbek frekansıyla bulundu. APC'nin 11 üyesi ortaya çıkarıldı. Transkripsiyonel elongasyon faktörü (TEF) 19 protein içerir (SGD). TEF'in 7 proteini k7.1 öbeğiyle bulundu. Mediatör komleksi (M) 20 protein içermekte (SGD) ve M'nin 7 üyesi %100 öbek frekansıyla k7.6 tarafından ortaya çıkarıldı.
Özet (Çeviri)
In this thesis, the protein complexes in an interaction network of 20,487 interactions between 4,944 proteins were determined by the integration of different biological datasets. We recruit different data sources that include co-expression measures (PCCA), interaction data (TI), and GO process (PSA), function (FSA) and localization similarity (LSA) information and CFinder algorithm to identify highly interactive modules in the interaction network. Due to the dense interactions inside a community, among 4944 proteins, CFinder could only clustered 1822 proteins inside one or more community. Among the 55 communities investigated, according to the cut-off value that was selected (0.64), 20 communities had FF value greater than 0.64 and all of the 20 communities were protein complexes or part of the complexes. 11 different complexes were found, 9 of them; nuclear exosome (NE), anaphase promoting complex (APC), transport protein particle (TRAPP), mRNA cleavage factor (mRNACF), RSC, spliceosomal uridine-rich small nuclear ribonucleoprotein (snRNP U1), mediator (M), ARP2/3, Transcriptional elongation factor (TEF) are transient complexes. Two of them, proteasome regulatory particle (PRP) and DNA directed RNA polymerase II complex (RNA 2) are permanent complexes. These 11 complexes contain overall 295 proteins. The total community frequency is 94.8%; 128 out of 135 proteins of k-clique communities are members of the complexes. % 100 of the proteins of the TRAPP complex is identified with a community frequency of 100 %.11 proteins of the APC complex was identified. 13 proteins of mRNACF were detected by the community k9.4 with a community frequency of %100. Transcriptional elongation factor consists in total of 19 proteins (SGD). We identified 7 proteins of transcriptional elongation factor in the community k7.1. Mediator complex consists of 20 proteins (SGD), and we identified 7 proteins of M with a community frequency of 100% in the community k7.6 PRP consist of 22 proteins (SGD).
Benzer Tezler
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
- Atherosklerotik kalp hastalıklarında risk faktörleri
Risk factors in the coronary artery disease
MURAT SUHER