Reconstruction of protein-protein and domain-domain interaction networks of Wnt signaling in C. Elegans
Wnt sinyal ileti ağyapısının C. Elegans canlısında protein ve ilmik etkileşimlerinin yeniden kurulması
- Tez No: 232636
- Danışmanlar: PROF. KUTLU ÜLGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 124
Özet
Hücreler arası sinyal iletim ağları ve gen anlatımı devreleri canlı organizmalarda hayatın devamı için önemli rol oynarlar. Meydana gelen her bir sinyalin hangi gen bağlantılarını harekete geçirdiği, oluşan hataların ve aksaklıkların hangi hastalıklara yol açtığı ve bu hastalıkların tedavisinde nasıl bir yaklaşım izlenileceği oldukça önemlidir. Wnt sinyal iletim ağı elemanları normal gelişimde görev alan oldukça önemli bir sinyal sisteminin parçalarıdır. Ancak bu wnt sinyal sisteminin fazla aktivasyonu kansere yol açmaktadır. Günümüzde wnt sinyal iletim ağı hakkında sahip olunan bilgiler, kanser vakalarında uygulanacak tedavilerin belirlenmesi için yeterli değildir. Son yıllarda kanser hastalığında yeni tedavi yöntemleri olarak cerrahi öncesi tümör hacmini yada onun çevre dokulara olan bağlantısını azaltabilmek amaçlanmaktadır. Bu çalışmada, protein-protein etkileşim ve Gen Ontoloji açıklamalarının bütünleştirilmesi yoluyla yüksek-bağıntılı bir protein etkileşim ağyapının oluşturulmasını ve analizini sağlayacak yeni bir çatı sunulmuştur. C.elegans organizması hücreler arası sinyal iletimi hakkında bilgi vermesi amacıyla seçilmiştir. Wnt sinyal ağı üzerinde planlanan araştırma kapsamında eksik ve bilinmeyen proteinlerin saptanması ve bu proteinlerin hangi ilmikler (etki alanları) vasıtasıyla birbirlerine bağlandıkları tespit edilerek sistemin daha iyi anlaşılması üzerine çalışılmıştır. Böylelikle kansere sebebiyet veren hücre çekirdiği içinde ß-katenin birikimini baskılayıcı ilaç geliştirilmesine katkıda bulunulabilecektir. Ağyapı içerisindeki mümkün olan tüm doğrusal yolizlerin saptanması C.elegans hücrelerinde faaliyet gösteren wnt sinyal ileti yolizine ait proteinlerin belirlenmesine olanak sağlamıştır. Şu an mevcut olan literatür bilgisinde ß-katenin proteininin etkileşimleri sınırlı sayıda olmasından, protein etkileşim ağyapının içerisinde fazla ön plana çıkmamıştır. Bununla beraber mig-5 proteini bu analizlerde dikkat çeken bir protein olarak bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
Signaling pathways and gene expression play an important role in living organisms during adult homeostasis. It is important how to behave against the changes in gene expression that is resulted in diseases due to signaling mechanisms, and what kind of approach will be followed. Wnt signaling pathway proteins are the important members of mechanism that occurs in adult homeostasis. However, over-activation of Wnt signaling pathway is resulted in cancer. Nowadays, the information about Wnt signaling pathway is lacking in determining the treatments in cancer. In recent years, new therapeutic methods, like surgical treatments in decreasing the volume of tumor or relations tissues around it, are studied. In the present study, through integration of protein-protein interaction data and Gene Ontology annotations, a novel framework is presented for reconstruction and analysis of a highly-correlated protein interaction network. C. elegans has been chosen to investigate Wnt signaling pathway relate to multi-cellularity. Missing and unknown proteins in Wnt signaling network is aimed to be assigned and at which domains these proteins are connected each other. Thus, inhibitor drug design is aimed on over-activation of ß-catenin that causes cancer. Identification of the possible linear pathways in the network enables determining the proteins existing in Wnt signaling pathway in C.elegans. Up to the present very limited interaction information belonging to ß-catenin has been reported to the literature so it does not take over in the network. However, the analyses of network shows that protein mig-5 is important in the Wnt signaling pathway.
Benzer Tezler
- Inferring and analyzing the present and the past of networks from limited information
Başlık çevirisi yok
EMRE SEFER
Doktora
İngilizce
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolCarnegie Mellon UniversityPROF. CARL KİNGSFORD
- Hyperparameter optimization of autoencoders for deeplearning of collective variables
Kollektif değişkenlerin derin öğrenmesi için otokodlayıcıların hiperparametreoptimizasyonu
NURDAN ÖZKARAASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BETÜL URALCAN KILAVUZ
- Ratlarda dorsal ada flebi yaşayabilirliği ile SCUBE 1 (Signal Peptide-CUB-EGF Domain-Containing Protein 1) değerleri arasındaki ilişki
The relationship between dorsal island skin flap viability and value of signal peptide ?cub- egf domain containing protein 1(Scube 1) levels in rats
ELVAN BAYRAKTAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Plastik ve Rekonstrüktif CerrahiKaradeniz Teknik ÜniversitesiPlastik ve Rekonstrüktif Cerrahi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT LİVAOĞLU
- Kolajen bağlanma bölgesi içeren vasküler endotelyal growth faktör ile kombine sığır kaynaklı aselüler dermal maktriksin siyatik sinir rejenerasyonuna etkisi
The effect of bovine-derived acellular dermal matrix combined with vascular endothelial growth factor containing a collagen-binding domain on sciatic nerve regeneration
İLHAN ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Plastik ve Rekonstrüktif CerrahiMarmara ÜniversitesiPlastik Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET HAMDİ SAKARYA
- Primer siliyer diskinezi (PCD) hastalarında dış dynein kolu (ODA) defektleri ile silyum ön yapım proteinlerinin ilişkisinin histolojik olarak araştırılması
Histological investigation of the relationship between external dynein arm (ODA) defects and cilium preforming proteins in primary ciliary dyskinesia (PCD) patients
İLKER LEVENT ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
GenetikHacettepe ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF BİLGİÇ