Identification of MicroRNAs involved in camptothecin-induced apoptosis in jurkat t cell line
Jurkat t hücre hattında kamptotesin ile indüklenmiş apoptozda rol oynayan mikroRNAların tanımlanması
- Tez No: 233477
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. AYTEN NALBANT, YRD. DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoteknoloji, Genetics, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
MicroRNAs which are non-coding RNAs 19-25 nt in length regulate gene expression at post-transcriptional and translational stages. Although it is known that they play a role in critical processes such as development and differentiation of T cells, a major component of the immune system, the function of miRNAs in T cell apoptosis is unknown. This study has aimed to identify miRNAs' involvement in camptothecin-induced T cell apoptosis in the Jurkat T cell leukemia cell line model. Following the enrichment of the apoptotic population by magnetic seperation, the negative and apoptotic fractions were profilled and compared according to the expression levels of microRNAs. Out of the 866 miRNAs in the miRBASE, 37 and 58 of them were down- and up-regulated in the apoptotic fraction, respectively. 7 miRNAs were members of the clusters that have predicted targets as anti-apoptotic genes and tumour suppressor proteins. 66 miRNAs have no known function. Candidate miRNAs, selected based on their higher differential expression levels with predicted apoptotic/antiapoptotic targets, will be verified by qPCR. These candidate then will be further characterized by overxpression and knock-down studies.
Özet (Çeviri)
Post-transkripsiyonel ve translasyonel aşamada gen regulasyonunu gerçekleştiren, kodlamaya katılmayan ve 19-25 nükleotid uzunluğa sahip miRNA?ların, immun sistemin önemli bileşenlerinden olan T hücrelerinin gelişimi ve farklılaşması gibi kritik proseslerde görev aldığı anlaşılmasına rağmen T hücrelerinin apoptozunda hangi miRNA?ların rol oynadığı bilinmemektedir. Bu çalışmada T hücre apoptozunda rol oynayan mikroRNAların belirlenmesi amaçlanmıştır. Jurkat T hücresi lösemi hattının model olarak kullanıldığı bu çalışmada apoptoz indüksiyonu kamptotesin ile sağlanmış ve apoptotik populasyonun manyetik ayrım ile zenginleştirilmesi sonrasında negatif ve apoptotik fraksiyon mikroRNA array analizi ile ekspresyon seviyeleri bakımından profillenerek karşılaştırılmıştır. Tarama yapılan 866 miRNA arasından 37 tanesinde ekspresyon seviyesinde azalma, 58 tanesinde artma gözlenmiştir. Literatür taraması sonucunda ekspresyon seviyesi bakımından fark gösteren 7 miRNAnın birlikte görev yapan ve tahminlenen hedefleri arasında antiapoptotik genler ve tumor baskılayıcı proteinler olduğu görülen grupların üyeleri olduğu ortaya çıkmıştır. 66 tanesine literatürde rastlanamamıştır. Ekspresyon seviyeleri ve apoptozda rol oynadığı bilinen moleküllerin hedeflenme olasılığı göz önünde bulundurularak seçilen aday miRNAların qPCR ile doğrulaması yapıldıktan sonra overexpression ve knockdown çalışmaları ile apoptozdaki olası rolleri ortaya çıkarılmaya çalışılacaktır.
Benzer Tezler
- Türkiye'deki konut sorununun çözümünde endüstrileşmiş yapım yöntemlerinin yeri ve hücre sistemi ile yapılan tasarımda değişebilirliğe yönelik bir çalışma
A Study on the importance of the industrialized building methods in handling the housing problem in Turkey and the changeability in the box-unit design
NEJDET TANATMIŞ
- Glaphyrinae altfamillyasına bağlı bazı türlerin teşhisinde dış morfolojik karakterlerin kullanılması üzerinde çalışmalar
The Research on the subfamilly of glaphyrinae and the usage of the external morphdosical characteristics for Identifying some of its species
B.VERDA AKA
- Ankara botanik parkındaki bazı bitkilerin polenlerinin morfolojik çalışması
Morphological study of the pollen grains of some plants in Ankara botanic Park
MELAHAT KURTULUŞ
- Valencia portakalının meyve kalitesine bazı besin elementlerinin etkileri üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
MEHMET ALTAN
- Çaldağı step florasında bulunan bazı familyalara ait bitkilerin polen morfolojilerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
FATMA BOZDOĞAN
