Identification of risk factors and bio-markers for food allergy from ingested microRNAs
Mideye girmiş mikro-RNA'lardan yemek alerjisi için yeni biyobelirteç ve risk faktörlerin belirlenmesi
- Tez No: 759344
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ STUART JAMES LUCAS, DR. ÖĞR. ÜYESİ SİBEL ÇETİNEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Allerji ve İmmünoloji, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Allergy and Immunology, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
İmmünoglobulin E (IgE) aracılı gıda alerjisi, bağışıklık sisteminin belirli alerjenlere verdiği bir reaksiyondur. Dünya genelinde çocukların tahmini % 8'ini ve yetişkinlerin %5 ila %10'unu etkileyen önemli bir sağlık sorunudur. Son veriler, ABD'de yetişkinlerin en az %10.8'inin (>26 milyon) gıda alerjisi olduğunu göstermektedir. Bağışıklık tepkilerinin şiddeti hafif ila anafilaksi gibi hayatı tehdit edici arasında değişir. Raporlar, gıda alerjisi reaksiyonlarının neredeyse %90'ının süt, yumurta, balık, kabuklu deniz ürünleri, yer fıstığı, soya fasulyesi, ağaç fıstığı ve buğdaydan geliştiğini göstermektedir. Bu alerjenlerin prevalansı değişir; bununla birlikte, yer fıstığı ve yumurta, diğer alerjenler arasında düzenli bir diyette en çok tüketilenlerden ikisidir. Ayrıca, Dünya Alerji Örgütü'ne göre, gıda alerjileri için kesin bir tedavi yoktur ve alerjenlerden kaçınma, hastaların yaşam kalitesini iyileştirmenin en güvenli yoludur. Gıda alerjisinin semptomlarını kontrol etmek için bazı terapötik ajanların uygulanması geliştirilme aşamasındadır. Bu nedenle, tanı ve tedavi için yeni yaklaşımların araştırılması için gıda alerjisinin gelişimini anlamak önemlidir. Projemizde, bazı gıda kaynaklı mikroRNA'ların (miRNA'lar) alerjik immün yanıtların gelişiminde rol oynayan genleri spesifik olarak düzenlediğini varsayıyoruz. Kandaki varlıkları gıda alerjileri için yararlı bir biyobelirteç görevi görebilir ve alerjik yanıt üzerinde uyarıcı bir etkiye sahip olabilirler. Alternatif olarak, alerjik yanıtın gelişimini engelleyebilirler; bu durumda, alerji hastalarını tedavi etmek için yeni immünomodülatör ajanlar olarak hizmet edebilirler. Bu hipotezi araştırmak için, yer fıstığı ve yumurta miRNA ailesi üyelerinin en çok korunan miRNA dizilerini tespit ettik. Yumurta ve yer fıstığı örneklerinden RNA, miRNA ve nanoveziküller elde etmek için çeşitli izolasyon deneyleri yapıldı. Kök ilmek primerleri, yer fıstığı ve yumurtadan izole edilen numunelerle RT-PCR gerçekleştirmek için en korunmuş miRNA'lardan tasarlandı. KU812 insan bazofil hücre hattı, hücrelerin miRNA'lara immünolojik bir yanıt olarak degranülasyonunu incelemek için kullanıldı, böylece gıda alerjileri üzerinde uyarıcı veya inhibe edici bir etkiye sahip olup olmadıkları anlaşılabilir. Yapılan deneyler sonucunda yumurta örneklerinde miR215'in varlığı, fıstık örneklerinde ise miR159a ve miR403'ün varlığı Kök ilmek RT-PCR tekniği ile doğrulandı. Yeni bir yöntem ve TRİzol uygulamasına alternatif olarak nanoveziküllerden sonikasyon ile miRNA izolasyonu geliştirilmiş ve bu yöntemle miRNA'ların daha yüksek konsantrasyon ve saflığı sağlanmıştır. Daha sonra, ml başına 1.0×106 KU812 Bazofil hücre süpernatanı ve lizat kullanılarak degranülasyon analizlerinin optimizasyonu başlatıldı. 0.25 µM Kalsiyum İyonofor ile muamele edilmiş bazofil hücre süpernatanının deney grubunda 0.287 OD ölçülürken, 0.25 µM Kalsiyum İyonofor ile muamele edilmiş bazofil hücre lizatının deney grubunda 0.243 OD tespit edildi (405 nm'de).
Özet (Çeviri)
Immunoglobulin E (IgE) mediated food allergy is a reaction of the immune system to certain allergens. It is a significant health issue affecting an estimated 8% of children and 5% to 10% of adults worldwide. The recent data suggest that at least 10.8% (>26 million) of adults are food allergic in US. The severity of immune responses ranges from mild to life-threatening such as anaphylaxis. The reports show that almost 90% of food allergy reactions are developed from milk, eggs, fish, crustacean shellfish, peanuts, soybeans, tree nuts and wheat. The prevalence of these allergens varies; however, peanut and egg are two of the most consumed in a regular diet among other allergens. Moreover, according to the World Allergy Organization (WAO), there is no certain treatment for food allergy and avoidance of allergens is the most secure way to improve the life quality of patients. Administration of some therapeutic agents is under development to control the symptoms of food allergy. Therefore, it is important to understand the development of food allergy for the investigation of new approaches for diagnosis and treatment. In our project, we hypothesize that some food-derived microRNAs (miRNAs) specifically regulate genes involved in the development of allergic immune responses. They may have a stimulatory effect on the allergic response, in which their presence in blood could serve as a useful biomarker for food allergy. Alternatively, they may inhibit the development of allergic response; in this case, they could serve as novel immunomodulatory agents to treat allergy patients. To investigate this hypothesis, we detected the most conserved miRNA sequences of peanut and egg miRNA family members. Various isolation experiments were conducted to obtain RNA, miRNA and nanovesicles from egg and peanut samples. Stem-loop primers were designed from the most conserved miRNAs to perform RT-PCR with samples isolated from peanut and egg so that miRNA composition could be verified on our samples by also sequencing. KU812 human basophil cell line was used to examine the degranulation of cells as an immunological response to miRNAs so that it can be understood if they have a stimulatory or inhibitory effect on food allergy. As a result of the experiments, the presence of miR215 was verified in egg samples while the presence of miR159a and miR403 was verified in peanut samples via the Stem-loop RT-PCR technique. As a new method and an alternative to TRIzol treatment, miRNA isolation from nanovesicles by sonication was developed, and higher concentration and purity of miRNAs were achieved by this method. Then, optimization of degranulation assays was initiated using 1.0×106 of KU812 Basophil cell supernatant and lysate per ml. 0.287 OD was measured in the experimental group of basophil cell supernatant treated with 0.25 µM Calcium Ionophore as well as 0.243 OD was detected in the experimental group of basophil cell lysate treated with 0.25 µM Calcium Ionophore at 405 nm.
Benzer Tezler
- Kedilerin alt üriner sistem hastalığında epidemiyolojik çalışma: potansiyel risk faktörlerinin ve klinik görünümlerinin tanımlanması
An epidemiological study in feline lower urinary tract disease: identification of potential risk factors and their clinical manifestations
AHMET SARIKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Veteriner HekimliğiSelçuk Üniversitesiİç Hastalıkları (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET MADEN
- Opere endometriomalarda rekürrensin klinikopatolojik parametrelerle ilişkisi
Relationship of recurrence with clinicopathological parameters in operated endometriomas
SERENAT ERİŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık BakanlığıKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEFA KELEKÇİ
- İskemik inmede trail düzeyleri
Trail level in ischemic stroke
ONUR YİĞİTASLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
NörolojiDokuz Eylül ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA KÜRŞAD KUTLUK
PROF. DR. ŞERMİN GENÇ
- Obez C57BL/6 farelerinde yağ metabolizmasında rol oynayan genlerin nesiller arası aktarımı ve bu genleri düzenleyebilecek miRNA'ların profillenmesı
Transgenerational inheritance of genes involved in lipid metabolism and profiling miRNA's that can regulate these genes in obese C57BL/6 mice
GÜZİDE ŞATIR BAŞARAN
Doktora
Türkçe
2020
BiyokimyaErciyes ÜniversitesiBiyokimya (Ecz) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET CUMAOĞLU
PROF. DR. MİNOO RASSOULZADEGAN
- Makine öğrenmesi yöntemleriyle kanser ile ilgili yeni biyobelirteçlerin tespit edilmesi
Identification of novel systems biomarkers for cancer diagnosis using machine learning techniques
FIRAT KURT
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolMarmara ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AĞAOĞLU
PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA