Denizli ve Gerze tavuk populasyonlarındaki genetik çeşitliliğin bazı mikrosatelit markörler kullanılarak belirlenmesi
Determination of genetic variation by using some microsatellite markers in Denizli and Gerze poultry populations
- Tez No: 233589
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET ALİ YILDIZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Genetik, Biyoteknoloji, Agriculture, Genetics, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Türkiye yerli gen kaynaklarından Denizli ve Gerze tavuk ırkları ADL0102, ADL0136, ADL0158, ADL0171, ADL0172, ADL0176, ADL0181, ADL0210, ADL0267 ve ADL0268 mikrosatelit lokusları bakımından tanımlanması amaçlanmıştır. Toplam 125 tavuk (75 adet Denizli, 50 adet Gerze) materyal olarak kullanılmıştır.Denizli ve Gerze ırklarında sırasıyla ortalama allel sayısı (Na = 6.1 ve 5.0), etkili allel sayı (Ne = 3.3 ve 2.2), gözlenen heterozigotluk (Ho = 0.508 ve 0.380), beklenen heterozigotluk (He = 0.656 ve 0.475; p<0.05), polimorfizm bilgi içeriği (PIC = 0.599 ve 0.426) ve akrabalı yetiştirme katsayısı (Fis = 0.226 ve 0.200) tespit edilmiştir.Denizli ve Gerze ırklarında F-istatistikleri (FIS = 0.208, FIT = 0.316 ve FST = 0.135) belirlenmiştir. Toplam %31.6'lık genetik varyansın %20.8'si ırk içindeki, %13.5'i ise ırklar arasındaki farklılıktan kaynaklanmıştır. Denizli ve Gerze ırkları arasındaki genetik farklılık (ikişerli FST = 0.224) istatistik olarak önemli bulunmuştur (p<0.05). Denizli ve Gerze ırkları arasındaki genetik farklılık (DST) 0.100, genetik farklılaşma katsayısı (GST) 0.150 ve genetik uzaklık (D) değeri 0.476 olarak hesaplanmıştır.Denizli ve Gerze ırkları arasında her iki generasyonda ortalama 1 adet tavuk ya da horozun göç ettiği tahmin edilmiştir.Hesaplanan toplam genetik varyansın (AMOVA) %19.1'ı Denizli ve Gerze ırkları arasında, %7.7'u ise populasyonlar arasındaki farklılıktan kaynaklanmıştır (p < 0.001).İkişerli FST, genetik uzaklık (D), Faktöriyel uygunluk (FCA) ve genetik yapı (structure) analizleri kullanılarak yapılan kümeleme analizleri sonucunda Denizli ve Gerze tavuk populasyonları kökenlerine uygun olarak gruplanmıştır. Genetik varyasyonun Denizli ve Gerze tavuk ırklarında yüksek olduğu ve ırkların birbirlerinden oldukça farklı genetik yapılarda bulundukları tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
The objective of this research is to determine genetic diversity within the breeds and to compare the Denizli and Gerze Turkish native chicken breeds. genetic diversity of Turkish native chickens based on ADL0102, ADL0136, ADL0158, ADL0171, ADL0172, ADL0176, ADL0181, ADL0210, ADL0267 and ADL0268 microsatellite loci. A total of 125 individuals (75 Denizli and 50 Gerze) were genotyped.The mean numbers of allelles (Na) were 6.1 and 5.0, effective number of allelles (Ne) were 3.3 and 2.2, observed heterozygosity (Ho) were 0.508 and 0.380, expected heterozygosity (He) were 0.656 and 0.457 (p < 0.05), polymorphism information content (PIC) were 0.599 and 0.426 and fixation index (Fis) were 0.226 ve 0.200 within Denizli and Gerze breeds, respectively.F-statistics (FIS=0.208, FIT=0.316 and FST=0.135) were determined among loci within Denizli and Gerze breeds. It was estimated that total genetic variations with 31.6 % resulted from diversity within populations (20.8 %) and among populations (13.5 %).Statistically significant genetic differentiation (pairwise FST) was obtained 0.224 among Denizli and Gerze breeds (p < 0.05). Coefficient of gene differentiation (GST) and genetic distance (D) between Denizli and Gerze breeds were estimated as 0.150 and 0.476, respectively. Mean number of migration (Nm) between Denizli and Gerze breeds were estimated as 1 chicken per generation.AMOVA analysis conducted over all populations from the two breeds showed that 19.1 % of the total genetic variations was attributable to differences among breeds and 7.7 % was due to differences among populations within breeds.A phylogenetic tree (NJ) was constructed using genetic distance (D) and pairwise FST. Its topology reflected general patterns of genetic differentiation among Denizli and Gerze breeds in consequence of FCA, structure and NJ cluster analysis. The study suggests Denizli and Gerze subpopulations have a rich genetic diversity and Denizli and Gerze breeds exhibit a large genetic differentations.
Benzer Tezler
- Denizli ve Gerze yerli tavuk ırkları tvb lokusundaki yeni polimorfizmlerin araştırılması
Investigation of the new polymorphisms at the tvb locus in Denizli and Gerze native chicken breeds
DİLAN DENİZ İLHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
GenetikEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMET KAYA
- Türkiye yerli tavuk ırklarındaki ALV-E alt tiplerinin belirlenmesi
Determination of ALV-E subtypes of Turkey indigenous chicken breeds
ESRA GÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMET KAYA
- Denizli ve Gerze tavuk ırklarında TLR3, TLR4, TLR5 VE TLR15 reseptörlerinin in vivo ve in vitro şartlarda genetik polimorfizminin araştırılması
Investigation of genetic polymorphism of TLR3, TLR4, TLR5 and TLR15 receptors in Denizli and Gerze chicken breeds in vivo and in vitro conditions
LEYLA BENER
Doktora
Türkçe
2025
GenetikAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DEMİR ÖZDEMİR
- Gerze (Hacıkadı) ve Denizli tavuk ırklarının yumurta verimi ve kalite özellikleri
Production and quality characteristics of domestic Gerze and Denizli breeds
AHMET ŞEKEROĞLU
- Türkiye'deki yerli tavuk ırkları ve ticari tavuk tipleri arasındaki, MHC gen bölgesindeki, genetik farklılıkların belirlenmesi
Determination of genetic diversity in MHC gene region between commercial chicken types and indigenous chicken breeds in turkey
ÖMER FARUK LENGER
Doktora
Türkçe
2011
GenetikAfyon Kocatepe ÜniversitesiMedikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. METİN ERDOĞAN