Denizli ve Gerze tavuk ırklarında TLR3, TLR4, TLR5 VE TLR15 reseptörlerinin in vivo ve in vitro şartlarda genetik polimorfizminin araştırılması
Investigation of genetic polymorphism of TLR3, TLR4, TLR5 and TLR15 receptors in Denizli and Gerze chicken breeds in vivo and in vitro conditions
- Tez No: 919557
- Danışmanlar: DOÇ. DR. DEMİR ÖZDEMİR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Ziraat, Biotechnology, Genetics, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 204
Özet
Tavukların bağışıklık sistemini etkileyen mikroorganizmalar bakteri, virüs, mantar ve parazit kaynaklı olabilmektedir. Bağışıklık sistemi, doğuştan gelen ve sonradan kazanılan bağışıklık sistemi olmak üzere iki gruba ayrılmaktadır. Sonradan kazanılan bağışıklık sistemi istilacı patojenlere karşı ilkel bir koruma sağlarken, doğuştan gelen bağışıklık sistemi, patojen tanıma reseptörleri aracılığıyla mikrobiyal ajanların varlığını algılar ve savunma mekanizmalarını aktive eder. Bu reseptörlerden Toll-benzeri reseptörler, bağışıklık yanıtının düzenlenmesinde, enfeksiyonlara karşı savunmada ve bağışıklık homeostazının korunmasında kritik bir role sahiptir. Doğuştan gelen bağışıklık sistemine ait bu reseptörler hakkında bilgi, bağışıklık sisteminin işlevi ve hastalıklara direnç konularında temel veriler sunmaktadır. Bu bağlamda, Denizli ve Gerze yerli tavuk ırklarının bağışıklık potansiyelini belirlemek, bu ırkları koruma stratejilerine destek sağlamak ve gelecekte yapılacak çalışmalara temel oluşturmak amacıyla gerçekleştirilen bu çalışmada, hastalıklarla ilişkilendirilen ChTLR3, ChTLR4, ChTLR5 ve ChTLR15 reseptörlerinin polimorfizmleri ve erirosit hücrelerinde farklı süre ve konsantrasyonlarda sentetik sınıf B CpG ODN 2007 ve poli I:C ligand mumamelelerinin hücre kültürü sonsası gen ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Çalışmanın polimorfizm analizi için her iki ırktan 6'şar bireyden alınan kan örneklerinde ChTLR3, ChTLR4, ChTLR5 ve ChTLR15 reseptör genleri yeni nesil dizileme (NGS) yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Bu analiz sonucunda, ChTLR3 geninde 17 SNP, 7 haplotip ve haplotip nükleotit çeşitliliği 0,87, ChTLR4 geninde 26 SNP, 3 haplotip ve nükleotit çeşitliliği 0,61, ChTLR5 geninde 39 SNP 7 haplotip ve nükleotit çeşitliliği 0,88 ve ChTLR15 geninde ise 24 SNP, 4 haplotip ve nükleotit çeşitliliği 0,67 olarak tespit edilmiştir. Ayrıca Denizli ve Gerze tavuk ırklarına ait veriler protein düzeyinde ChTLR3, ChTLR4, ChTLR5 ve ChTLR15 reseptörlerinin amino asit sekans analizi sonucunda, sırasıyla 9, 9, 10 ve 11 polimorfik bölgeye sahip olduğu saptanmıştır. Çalışmanın hücre kültürü basamağında, her iki ırktan 4 bireyden alınan kan örneklerinden eritrositler histopaque kullanılarak ayrınlanmış ve sentetik sınıf B CpG ODN ve poli I:C ligandlarıyla farklı süre ve konsantrasyonlarda 41 ˚C'de inkübe edilmiş ve ardından endojen referans gen GAPDH ve dört reseptörün gen ekspresyon düzeyleri RT-qPCR yöntemiyle analiz edilmiştir. Sonuçlar, virüs kaynaklı hastalık direnci ile ilişkilendirilen ChTLR3 ve bakteriyel hastalık direnci ile ilişkilendirilen ChTLR4, ChTLR5 ve ChTLR15 reseptör genlerinin ekspresyon seviyeleri istatistiksel olarak önemli derecede arttığı saptanmıştır (P
Özet (Çeviri)
Microorganisms affecting the immune system in chickens can originate from bacteria, viruses, fungi, and parasites. The avian immune system is divided into two categories: innate immunity and acquired immunity. While acquired immunity provides a basic level of protection against invading pathogens, innate immunity detects the presence of microbial agents through pattern recognition receptors and activates defense mechanisms. Among these receptors, Toll-like receptors play a critical role in regulating immune responses, defending against infections, and maintaining immune homeostasis. Information about these receptors, which are part of the innate immune system, provides fundamental insights into the function of the immune system and disease resistance. In this context, this study was conducted to determine the immune potential of denizli and gerze chicken breeds, to support protection strategies and establish a foundation for future research. The study investigated the polymorphisms of ChTLR3, ChTLR4, ChTLR5 and ChTLR15 receptors associated with diseases and gene expression levels of synthetic class B CpG ODN 2007 and Poly I:C ligand samples after cell culture at different times and concentrations in erythrocyte cells. In the polymorphism analysis of the study, blood samples collected from six individuals from both breeds were used for ChTLR3, ChTLR4, ChTLR5 and ChTLR15 receptor genes by next generation sequencing. The analyses were conducted through Next-Generation Sequencing, the single nucleotide polymorphisms, number of haplotypes, and haplotype diversity, of these genes were determined. For the ChTLR3 gene, 17 SNPs and 7 haplotypes and 0.87 haplotype diversity were identified; for ChTLR4, 26 SNPs and 3 haplotypes and 0.61 haplotype diversity; for ChTLR5, 39 SNPs and 7 haplotypes and 0.88 haplotype diversity; and for ChTLR15, 24 SNPs and 4 haplotypes and 0.67 haplotype diversity were detected. In addition, the sequence data of Denizli and Gerze chicken breeds indicate that ChTLR3, ChTLR4, ChTLR5 and ChTLR15 receptors 9, 9, 10 and 11 polymorphic regions at protein level, respectively. In the cell culture phase, blood samples from four individuals of each breed and erythrocytes were separated from blood samples using histopaque and incubated were incubated with synthetic class B CpG ODN and Poly I:C ligands at different durations and concentrations. Incubations were conduct at 41 ˚C, and then the gene expression levels of the endogenous reference gene GAPDH and four receptors were analyzed by RT-qPCR method. The results showed that the expression levels of ChTLR3, which is associated with viral disease resistance, and ChTLR4, ChTLR5 and ChTLR15 receptor genes, which are associated with bacterial disease resistance, were statistically significantly increased (P
Benzer Tezler
- Denizli ve Gerze tavuk populasyonlarındaki genetik çeşitliliğin bazı mikrosatelit markörler kullanılarak belirlenmesi
Determination of genetic variation by using some microsatellite markers in Denizli and Gerze poultry populations
MUHAMMET KAYA
- Türkiye'deki sultan ırkı tavuk popülasyonlarının mtDNA dizi analizine dayalı genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of sultan breed chicken populations in Turkey based on mtDNA sequence analysis
KEMAL ESKİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DEMİR ÖZDEMİR
- Denizli tavuk populasyonunda mitokondriyal DNA D-loop polimorfizmi
Mitochondrial DNA D-loop polymorphism in Denizli chicken population
HULUSİ OZAN TAŞKESEN
- Türkiye'deki yerli tavuk ırkları ve ticari tavuk tipleri arasındaki, MHC gen bölgesindeki, genetik farklılıkların belirlenmesi
Determination of genetic diversity in MHC gene region between commercial chicken types and indigenous chicken breeds in turkey
ÖMER FARUK LENGER
Doktora
Türkçe
2011
BiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMedikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. METİN ERDOĞAN
- Moleküler tekniklerin kanatlı filogenetik çalışmalarına uygulanması
Application of molecular techniques to the poultry phylogenetic studies
NURŞİDE KIRDAĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MESUT KARAMAN