Dejenerasyon sürecindeki kas dokusunda housekeeping genlerin ekspresyon düzeyinin incelenmesi
Assessment of the ekspression of housekeeping genes in degenerating muscle
- Tez No: 233802
- Danışmanlar: PROF. DR. M.NEJAT AKAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: RT-PCR, normalizasyon, housekeeping gen, kas dejenerasyonu, RT-PCR, normalization, housekeeping gene, muscle degeneration
- Yıl: 2008
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 63
Özet
RT-PCR ve kantitatif PCR uygulamaları, hücre ve dokuların çevresel uyaranlara verdikleri mRNA düzeyindeki cevabın incelenmesi için başvurulan yöntemlerdir. RT-PCR uygulamalarında ilgilenilen genin ekspresyon düzeyinin incelenebilmesi için dokuda ekspresyonu değişmeyen bir diğer genin ürünü olan mRNA ile standardize edilmesi gereklidir (normalizasyon). Bu amaçla çeşitli doku ve hücre tiplerinde kullanılan ve ekspresyonu minimal farklılık gösteren housekeeping genler kullanılmaktadır. Kısa ölçekli ve doku mimarisi değişiklikleri sergilemeyen deneylerde housekeeping genlerden uygun olanı seçilerek normalizasyon aşamalarında kullanılabilir. Ancak, kronik kas dejenerasyonu gibi, dokunun köklü değişiklikler sergilediği ve yeniden yapılanmaya gittiği durumlarda, bu genlerin ekspresyon düzeylerinin güvenilir ölçüde sabit olup olmadığı bilinmemektedir. Bu nedenle kas dokusu kronik dejenerasyon modeli gibi yaygın doku değişikliklerinin bulunduğu durumlarda güvenilir bir normalizasyon geni ihtiyacı vardır.Bu çalışmanın amacı, doku mimarisi değişikliklerinin sergilendiği iki farklı kronik kas dejenerasyonu modelinde, dejenerasyon sürecinde, hangi housekeeping genlerin ekspresyon düzeylerinin en az değişim gösterdiğinin incelenmesidir. Bu amaçla kronik kas dejenerasyonu modeli olarak ?denervasyon? ve ?tenotomi? modelleri kullanılmıştır. Her iki modelde de kontrlateral kas dokusu kontrol doku olarak kullanılmıştır. Çalışmada B-aktin, TBP, GAPDH ve HPRT ekspresyonları incelenmiştir. Çalışmanın sağlaması için izlenen ekspresyon miktarının kas atrofisi ile ilişkilendirilebilmesi amacıyla kas dokusunun yapısal proteinlerinden biri olan myozin ağır zincir ekspresyonu analizi de yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
RT-PCR and quantitative PCR applications are widely used for the assessment of transcriptional response that cells and tissues develop for external stimuli. For samples that have been collected over a time period or under various physiological conditions, RT-PCR technique is employed to observe any gene of interest. A housekeeping gene whose expression is believed to be stable is used to normalize the expression of the gene of interest. A large battery of genes are being used for the normalization of gene expression in short-term studies where tissue architectural changes are not observed. But under extreme conditions such as the chronic muscle degeneration, the tissue architecture is deteriorated and the cell population exhibit important variations. Thus the gene of choice for normalization has to be carefully assessed under such conditions. The aim of this study is to assess and compare the expression variations of various housekeeping genes on the course of two diverse models of muscle degeneration where large tissue architectural changes are observed. Denervation and tenotomy are the models that are chosen for the study where experimental interventions have been made on the right extremity of rats and the contralateral-side muscles have been utilized as control. The expression of B-actin, TBP, GAPDH and HPRT have been investigated. In order to assess the amount of tissue deterioration, a structural gene of muscle contractile apparatus, the myosin heavy chain is also analyzed.
Benzer Tezler
- Kronik dejenerasyon sürecindeki kas dokusunda kas öncülü hücrelerin incelenmesi.
Characterization of muscle precursor cells on the course of chronic muscle degeneration.
NACİYE HİDAYET RANA SOYLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUSUF ÇETİN KOCAEFE
- Deneysel kas dejenerasyonu geliştirilmiş sıçanlarda rejenerasyon belirteci gen ifadelerinin zamana bağlı değişimlerinin araştırılması
Analysis of myogenic regeneration marker gene expression in an experimental model of rat skeletal muscle degeneration
DENİZ ÜREN
Doktora
Türkçe
2008
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL ÖZGÜÇ
- Triturus karelinii (Urodela:Salamandridae) türünde siyatik sinir rejenerasyonunun davranışsal, elektrofizyolojik ve moleküler yöntemlerle incelenmesi
Investigation of the sciatic nerve regeneration in Triturus karelinii (Urodela:Salamandridae) by behavioral, electrophysiological and molecular methods
SEÇİL KARAHİSAR TURAN
Doktora
Türkçe
2015
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ALİ ONUR
DOÇ. DR. FATMA DUYGU ÖZEL DEMİRALP
- Deneysel siyatik sinir hasarı modelinde aloperine'nin anti-enflamatuvar ve anti-oksidan özelliklerinin iyileşme üzerine etkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the effect of anti-inflammatory and anti-oxidant properties of aloperine on healing in an experimental model of sciatic nerve injury
MEHMET ERTANIDIR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Ortopedi ve TravmatolojiSelçuk ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SADETTİN ÇİFTCİ
- Kas dejenerasyonunda ve farklılaşmasında Klf5 geninin rolünün araştırılması
Investigation of the role of Klf5 gene in muscle degeneration and differentiation
YILMAZ YILDIZ
Doktora
Türkçe
2010
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇETİN KOCAEFE