Santral sinir sistemi infeksiyonu etkeni Enterovirüslerin RT-PZR ve hücre kültür yöntemleri ile saptanması
Detection of Enterovirus in patients with central nervous system infections by RT-PCR and cell culture methods
- Tez No: 236415
- Danışmanlar: DOÇ. DR. İMRE ALTUĞLU
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: SSS infeksiyonu, Enterovirüs, Hücre Kültürü, RT-PZR, CNS infection, Enterovirüs, Cell Culture, RT-PCR
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Santral Sinir Sistemi İnfeksiyonu Etkeni Enterovirüslerin RT-PZR ve Hücre Kültür Yöntemleri ile SaptanmasıAmaç: Menenjit ve ensefalit santral sinir sisteminin sık görülen infeksiyonlarıdır. Klinikleri akut seyirlidir ve hızlı ilerler. Yüksek oranda ölüm ve kalıcı ciddi sekel sebebidirler. Bu nedenle tanıları doğru ve hızlı bir şekilde koyulmalıdır. Virüsler, akut menenjit ve ensefalitin en sık saptanan etkenidir. Etiyolojinin belirlendiği aseptik menenjit olgularının %80-95'inden polio dışı enterovirüsler sorumludurlar. Bu çalışmada, viral santral sinir sistemi infeksiyonu şüpheli hastaların beyin omurilik sıvısı (BOS) örneklerinde viral kültür ve RT-PZR yöntemleri ile enterovirüs varlığını araştırmak, ticari bir RT-PZR kitinin rutin laboratuvarımız için uygunluğunu araştırmak ve enteroviral menenjit epidemiyolojisine katkıda bulunmak amaçlandı.Gereç-Yöntem: Ocak 2007-Aralık 2008 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarları'na klinik ve BOS biyokimyasal bulguları açısından viral santral sinir sistemi infeksiyonu şüpheli hastalardan tanı testleri için gönderilen ve etken saptanmayan BOS örnekleri çalışma için seçildi. Enterovirüs RNA'sını saptamak amacıyla RT-PZR yöntemi (Enterovirus Consensus Kit, Argene, Varilhes, Fransa) kullanıldı. Shell vial hücre kültürü yönteminde ise RD, Vero, HEp?2 hücre dizileri (DSMZ, Almanya) ve üreyen patojenlerin saptanmasında FITC ile işaretlenmiş enterovirüs poliklonal antikoru (Enterovirus Screening Set, Light Diagnostic, Chemicon International, Temecula, ABD) kullanıldı.Bulgular: Viral santral sinir sistemi infeksiyonu şüpheli 66 beyin omurilik sıvısı örneğinin 61'i (%92.4) yapılan RT-PZR ve shell vial hücre kültürü sonuçlarına göre enterovirüs negatif olarak bulundu. Üç (%4.5) BOS örneğinde hücre kültürü ile pozitiflik saptandı. Bu örneklerden biri RT-PZR yöntemi ile de pozitif olarak saptanırken kalan iki örnek negatif olarak saptandı. Hücre kültürü ile negatif olarak saptanan iki örnek (%3) RT-PZR ile ara değer olarak elde edildi.Sonuç: Enterovirus Consensus Kit'in laboratuvarımız rutin kullanımı için emek yoğun olduğu ve hücre kültüründen üstün olmadığı saptandı. Ayrıca aradeğer olarak saptanan bazı sonuçlar nedeni ile kesin sonuca ulaşılamadı ve hücre kültürü ile pozitif olan iki örneği saptayamadı. Diğer taraftan NAT'ların yüksek duyarlılıkları nedeniyle enteroviral SSS infeksiyonu tanısındaki yararı bilindiğinden alternatif bir NAT yönteminin viral SSS infeksiyonundan şüphelenilen özellikle çocuk yaş grubu hastaların BOS örneklerinde hücre kültürü ile paralel değerlendirilmesinin yararlı olacağı kanısına varıldı.
Özet (Çeviri)
Objectives: Meningitis and encephalitis are common infections of the central nervous system. They have an acute onset and advance rapidly. Rapid diagnosis is necessary since they have high rates of death and cause permanent serious sequelae. Viruses are the major cause of the acute meningitis and encephalitis. Nonpolio EVs account for 80 to 95% of all cases of aseptic meningitis for which an etiologic agent is identified. The aims of the present study are to diagnose enteroviral meningitis by viral culture and RT-PCR methods, to evaluate the suitability of a commercial RT-PCR kit for our routine laboratory by comparing it with viral culture and to obtain epidemiological data about enteroviral meningitis.Material and methods: Sixty six CSF samples from patients with suspected viral central nervous system infection by clinical and biochemical findings, sent to Ege University Medical Faculty Department of Microbiology and Clinical Microbiology for routine tests between January 2007-December 2008 were included in the study. A commercial RT-PCR kit (Enterovirus Consensus Kit, Argene, Varilhes, France) was used to determine enteroviral RNA. RD, Vero, HEp-2 cell lines (DSMZ, Germany) with shell vial method were used for the cell cultures and FITC coupled polyclonal antibodies (Enterovirus Screening Set, Light Diagnostic, Chemicon International, Temecula, USA) were used to detect positive cultures.Results: Sixty one of 66 (92.4%) samples from patients with suspected viral central nervous system infection were found to be negative for enterovirus both with RT-PCR and shell vial cell culture methods. Three samples (4.5%) were positive by shell vial culture method. In one CSF sample that was culture positive, RT-PCR was also positive. On the other hand, in the remaining two culture positive samples RT-PCR was negative. Intermediate results with RT-PCR were obtained in two samples (3%) that were identified as negative by cell culture.Conclusion: As a conclusion, the commercial assay Enterovirus Consensus Kit is labor intensive, not practical, gave indeterminant results in some cases and missed two culture positive samples. Since it didn?t have an advantage over the cell culture method used, it is not suitable for routine diagnosis in our laboratory. On the other hand, it is known that NAT has markedly improved the diagnosis of enterovirus infections by increasing the sensitivity compared with cell culture methods, an alternative NAT method should be evaluated in parallel with cell culture method especially in CSF samples of children with suspected viral central nervous system infections.
Benzer Tezler
- Santral sinir sistemi infeksiyonu etkeni olan enterovirüslerin saptanmasında hücre kültürü yöntemi ve rt-pcr yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparison of cell cultural method and rt-pcr methods in determination of enteroviruses that cause active infection
GÜNEŞ ÖZÇOLPAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiViroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET TOLGA TAN
- BOS örneklerinde menenjit etkenlerinin menenjit paneli ile araştırılması
Investigation of meningitis factors with meningitis panel in BOS examples
HALİL İBRAHİM UYGUNER
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN USLU
- Santral sinir sistemi enfeksiyonu ön tanılı hastaların beyin omurilik sıvısı örneklerinin konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle incelenmesi
Examination of cerebrospinal fluid samples of patients with a pre-diagnosed central nervous system infection by conventional and molecular methods
BENAN ÖZÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
MikrobiyolojiBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATMA AVCIOĞLU
- Acil servise başvuran santral sinir sistemi enfeksiyonu öntanısı ile lomber ponksiyon yapılan hastaların real-time PCR yöntemi ile etkenlerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of the factors with real-time PCR method in patients who applied to the emergency department and had lumbar puncture with prediagnosis of central nervous system infection
HASAN BASRİ ALKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
İlk ve Acil YardımManisa Celal Bayar ÜniversitesiAcil Tıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BÜLENT DEMİR
- Çocuk yoğun bakım ünitesi' nde ventilatör ilişkili pnömoni tanısında endotrakeal aspirasyon ve mini-bal yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparison of endotracheal aspirate and mini-bronchoalveolar lavage in the diagnosis of ventilator associated pneumonia in a pediatric intensive care unit
BAŞAK YILDIZ ATİKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FADIL VARDAR