An application of information theory for DNA structure
DNA yapısı için bilgi teorisi uygulaması
- Tez No: 243675
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ÖZLEM EGE ORUÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, İstatistik, Biology, Molecular Medicine, Statistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İstatistik Bölümü
- Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 49
Özet
Bu çalışmada, öncelikle olasılıksal bir sistemde var olan belirsizliğin ölçümünü ifade eden entropi kavramı ve bilgi kavramı tanımlarına yer verilmiştir. Bu iki kavramın özellikleri ve çeşitleri ayrıntılarıyla gösterilmiş, aralarındaki ilişki ve farklılıklara değinilmiştir. Her iki kavram için, NCBI (National Center for Biotechnology Information) internet sitesinden alınan insan genomuna ait DNA yapılarında uygulamalar yapılmıştır.Ökaryot hücrelerin DNA yapılarında bulunan protein kodlayan bölüm (exon) ve kodlamayan bölümlerin (intron) bazları temel alınarak oluşturulan olasılık dağılımlarından hesaplanan Relative Entropy (Kullback-Leibler uzaklığı) ve Bhattacharyya uzaklığı değerleri ile bu iki yapının olasılılık dağılımlarının benzerliği hakkında sonuçlar karşılaştırılarak sunulmuştur. Exon ve intronların ayrıldığı yer olan Splice site bölgesi içinde benzer bir uygulama yapılmış ve bu bölgenin önceden belirlenebilmesi için alternatif bir yol önerilmiştir. Ayrıca, aminoasitlerin bazlarının olasılık dağılımları ile de Entropi, Kullback-Leibler uzaklığı ve Karşılıklı Bilgi (Mutual Information) değerleri hesaplanmış ve yorumlanmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, first the definitions of the concepts of entropy and information which express the measurement of the indeterminacy existing in a probabilistic system are addressed. The features of these two concepts and their variety are presented in detail, and the relation and differences between these two are touched upon. For both concepts, applications had been conducted on DNA structures belonging to human genome taken from the NCBI (National Center for Biotechnology information) website.The results on the relative entropy (Kullback-Leibler divergence) and Bhattacharyya distance values calculated from the probability distributions, formed by taking the bases of the regions that encode proteins (exon) and that do not encode proteins (intron) of the DNA structures of the eukaryote cells, and the results on the similarity of the probability distribution of these two structures were presented contrastively. A similar study is conducted for the splice site regions where exons and introns separated, and an alternative way is proposed for estimating this region. Also, via the probability distributions of the amino acids, the Entropy, Kullback-Leibler distance and Mutual Information values is calculated and interpreted.
Benzer Tezler
- Çizge madenciliği ve algoritmaları
Graph mining and algorithms
SEMA BODUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VECDİ AYTAÇ
- Machine learning assisted force field development for nucleic acids
Nükleik asitler için makine öğrenimi destekli kuvvet alanı geliştirilmesi
GÖZDE İNİŞ DEMİR
Doktora
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADEM TEKİN
- Çiftlik hayvanlarında major genler. Bunların belirlenmesi, transferi ve endüstriyel kullanımı
Major genes in farm animals: Their identification, transfer and industrial utilization
İBRAHİM CEMAL
- Dizel araçlarda ses analiz yöntemleri ve sürücü bilgi sistemi tasarımı ile motor arızası tespiti
Engine fault detection of diesel vehicles by sound analysis methods and driver information system design
ALI MARDAN HAMEED QUTUB
Doktora
Türkçe
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSelçuk ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL SARITAŞ
- Grafların bazı özellikleri ve uygulamaları
Some properties of Graphs and their applications
NAZİFE ARAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MatematikÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiMatematik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAKUP HACI