İn vivo methylation studies of MEFV gene
MEFV geninin in vivo metilasyon çalışmaları
- Tez No: 251263
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
MEFV geni ilk olarak serozal iltihaplanma ve karın ağrısı ile ilerleyen Ailevi Akdeniz Ateşi (AAA) hastalığıyla ilişkili gen olarak karakterize edilmiştir. En sık gözlenen MEFV mutasyonları E148Q, M680I, M694V, M694I ve V726A olup hastalıkla ilgili kromozomların %70'ini oluştururlar. Bu mutasyonlar arasında yalnız E148Q mutasyonunun hastalığın daha hafif geçmesini sağlayıcı rolü olduğu bilinmektedir. E148Q mutasyonu MEFV geninin ikinci ekzonunda bulunmakta olup 442. pozisyondaki guanine nükleotidini sitozine çevirmektedir. Diğer MEFV mutasyonları MEFV gen ifadesini azaltırken sadece E148Q mutasyonunun MEFV gen ifadesini artırdığı bildirilmiştir. E148Q'ya bağlı gen ifadesi artışının FMF hastalığının daha hafif geçmesiyle ilişkili olduğu düşünülmektedir.MEFV geninin elektronik ortamda biyoinformatik araçlarla analizi genin ikinci ekzonunu içine alan bir CpG adacığı olduğunu göstermektedir. Bununla birlikte bu CpG adacığının içinde yer alan E148Q mutasyonu bir CpG dinükleotidini ortadan kaldırmaktadır. Bu çalışma MEFV geninin ikinci ekzonunun metilasyon paterni ile E148Q mutasyonu arasındaki ilişkiye odaklanmıştır.DNA metilasyon paterninin aydınlatılması için kullanılan teknikler metilasyona özel polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve bisülfat dizilemesi (BD) yöntemleridir. Metilasyona özel PZR yöntemi MEFV geninin ikinci ekzonununun metilasyonu hakkında ön bilgi edinmek amacıyla yapılmış olup, bisülfat dizilemesi yoluyla da metilasyonun kantifikasyonu yapılmıştır.Bu çalışmada sonuç olarak MEFV geninin ikinci ekzonunun metilasyon paterni belirlenmiştir. Bu metilasyon paterni E148Q heterozigotları ile yabanıl genotipe sahip gruplar arasında ve AAA hastaları ile sağlıklı kontroller arasında karşılaştırılmıştır. E148Q mutasyonunun denk geldiği CpG dinükleotidinde yabanıl genotipe kıyasla E148Q heterozigotlarında belirgin bir düşüş gözlenmiştir. Bununla birlikte, AAA hastaları ile sağlıklı kontroller arasında MEFV geninin ikinci ekzonunun metilasyonu açısından kayda değer bir fark bulunamamıştır.Yabanıl tip ve E148Q heterozigot örneklerin DNA metilasyon paterni bu örneklerin daha önce İnsan Genetiği grubu tarafından belirlenmiş MEFV gen ifadesi seviyeleri ile karşılaştırılmıştır. E148Q dinükleotidinin denk geldiği CpG adacığının metilasyon seviyesi ile MEFV gen ifadesi seviyeleri ile karşılaştırılmıştır. E148Q dinükleotidinin denk geldiği CpG adacığının metilasyon seviyesi ile MEFV gen ifadesi arasında önemli bir ilişki bulunmuştur.Buna ek olarak, ikinci ekzonun metilasyonu FMF hastaları ve sağlıklı kontrol grubu arasında kıyaslanmıştır. İki grup arasında incelenen CpG bölgelerinde metilasyon açısından kayda değer bir fark bulunmamıştır ancak üç CpG bölgesinde DNA metilasyonu FMF hastalarında % 10-15 daha az olarak gözlenmiştir.
Özet (Çeviri)
MEFV gene was first identified as the candidate gene for Familial Mediterranean Fever (FMF),which proceed with serosal inflammation and abdominal pain. Most common MEFV mutations are E148Q, M680I, M694V, M694I, and V726A which account for the 70% of the disease chromosomes. Among these mutations, only E148Q was reported to be associated with a milder phenotype of the disease. E148Q mutation lies within the second exon of MEFV gene and causes a nucleotide substitution of Guanine to Cytosine at nucleotide position 442. E148Q mutation was reported to increase MEFV expression whereas other MEFV-related mutations were shown to decrease MEFV expression. The milder phenotype in the presence of E148Q mutation is thought to be due to its increasing effect on MEFV gene expression.The electronical analysis of MEFV gene with bioinformatic tools, gives a CpG island spanning the second exon of MEFV gene. Moreover, within this CpG island, E148Q mutation causes the elimination of one CpG dinucleotide. This study is focused on the relationship between the methylation pattern of second exon of MEFV gene in relation with the E148Q mutation.The techniques used to identify this DNA methylation pattern are Methylation Specific PCR (MSP) and Bisulfite Sequencing (BS). Methylation specific PCR was used to obtain a preliminary data of DNA methylation at the second exon of MEFV gene, whereas methylation quantification was performed by direct bisulfite sequencing.Consequently, in this study, the methylation pattern of the second exon of MEFV gene was determined. This methylation pattern was compared between E148Q heterozygotes and wildtype controls as well as FMF samples and healthy controls. A significant decrease of CpG methylation at the E148Q site was observed in heterozygotes compared to wildtype samples. No significant difference was found in the methylation pattern of the second exon of MEFV gene between FMF samples and healthy controls.DNA methylation patterns of wildtype and E148Q heterozygote samples were also compared with MEFV expression levels determined by another study of human genetics group. Methylation level of the CpG dinucleotide at E148Q site found to be significantly associated with MEFV expression level.In addition, DNA methylation of the second exon was compared between FMF and healthy samples. Within the CpG sites analyzed, no significant difference of DNA methylation was found at CpG dinucleotides between FMF samples and controls except that at three positions DNA methylation was 10-15% lower in FMF patients.
Benzer Tezler
- Akciğer kanseri hücre hatlarında ALX3 geninin ifade ve promotor bölgesinin metilasyon düzeyinin araştırılması
Investigation of the expression of the ALX3 gene and the metilation level of the promotor region in lung cancer cell lines
ELİF BEYZA KARTALOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
GenetikBursa Uludağ ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF UZ YILDIRIM
- The ın vitro and ın vivo effects of telomerase substrate 6-thio-2'-deoxyguanosine
Telomeraz substrati 6-tiyo-2'-deoksiguanozin'in in vitro ve in vivo etkileri
İLGEN MENDER
- S-adenozil-L-metiyonin'in oral yolla verilişte biyoyararlanımını artırmak için formülasyon yaklaşımları: İn vitro ve in vivo değerlendirilmeleri
Formulation approaches for oral bioavailibility enhancement of S-adenosylmethionine: In vitro and in vivo evaluation
AHMET DOĞAN ERGİN
Doktora
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLÜFER YÜKSEL
- Investigating the interactions of poly(A)-coralyne in crowded environments and the effect of DNA methylation on DDD-lysine and DDD-arginine interactions
Kalabalık ortamda poly(A)-coralyne etkileşimlerinin ve DNA metilasyonunun DDD-lizin ve DDD-arginin etkileşimlerine etkisinin incelenmesi
ZEYNEP SUVACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
- Meme kanserinde DZNep ve stauprimid kombinasyonunun MYC gen ekspresyonu üzerindeki etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of DZNep and stauprimid combination on MYC gene expression in breast cancer
ÇAĞLAR ÇELEBİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CUMHUR GÜNDÜZ