Investigating the interactions of poly(A)-coralyne in crowded environments and the effect of DNA methylation on DDD-lysine and DDD-arginine interactions
Kalabalık ortamda poly(A)-coralyne etkileşimlerinin ve DNA metilasyonunun DDD-lizin ve DDD-arginin etkileşimlerine etkisinin incelenmesi
- Tez No: 713355
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZGÜL PERSİL ÇETİNKOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 118
Özet
Poly(A) kuyruğu, mRNA stabilitesi ve olgunlaşmasının temel bir belirleyicisidir ve translasyonun başlatılması için gereklidir. Poly(A) kuyruklarını tanıyan küçük moleküller mRNA içeren süreçlere müdahil olabilirler ve bu nedenle terapötik ajan olarak kullanılma potansiyeline sahiptirler. Poly(A)'ya güçlü bir şekilde bağlanan Coralyne'in seyreltik çözelti koşulları altında kararlı, çift sarmallı bir poly(A) öz yapısının oluşumunu indüklediği gösterilmiştir. Seyreltik çözeltilerdeki çalışmalar oldukça bilgilendirici olsa da in vivo DNA yapısını ve kararlılığını tam olarak açıklayamamaktadır. Bu tezin ilk bölümünde, poly(A)-COR'un hücre içi ortamlardaki davranışına ışık tutmak için moleküler kalabalık koşulları altında poly(A)-COR etkileşimleri araştırılmıştır. Hücresel ortamı taklit etmek için PEG200, sükroz ve gliserol kullanılmıştır. Termal denatürasyon deneylerinin sonuçları özellikle artan PEG derişimi ile poly(A)-COR kararlılığında bir düşüş olduğunu ortaya çıkarmıştır. CD spektroskopi sonuçları poly(A)-COR'un karakteristik spektrumunu korurken, kalabalıklaştırıcı ajanların, özellikle PEG'in varlığında poly(A)-COR yapısının hafif değiştiğini doğrulamıştır. Bu tezin ikinci bölümünde, DNA metilasyonunun Dickerson Dodecamer (DDD) ile histonlarda fazlaca bulunan lizin (Lys) ve arginin (Arg) amino asitlerinin etkileşimleri üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Sitozinlerin 5. pozisyonda metilasyonu (d5mC) en yaygın epigenetik modifikasyonlardan biridir ve gen ekspresyonunu değiştirdiğine inanılmaktadır. CD spektroskopi sonuçları, DNA metilasyonunun, DNA'nın B-form yapısını değiştirmediğini ortaya çıkartmıştır. Amino asit derişimlerinin arttırılmasının ise B-DNA yapısında değişikliklere sebep olduğu ve bu etkinin metillenmemiş DDD'de, 8 adet metillenmiş sitozin bulunduran DDD8'e kıyasla daha belirgin olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca, UV-Vis termal denatürasyon deneyleri ile Arg'nin DNA kararlılığı üzerindeki etkisinin, Lys'ye kıyasla daha fazla olduğu tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Poly(A) tail is an essential determinant of mRNA stability and maturation and is required for translation initiation. Small molecules recognizing poly(A) tails might interfere with mRNA processing. Hence, they have the potential to act as therapeutic agents. Coralyne (COR), a strong poly(A) binder, is shown to induce the formation of a stable, double-stranded poly(A) self-structure under dilute solution conditions. Although studies in dilute solutions are very informative, they do not necessarily reflect DNA structure and stability in vivo. Within the first part of this thesis, poly(A)-COR interactions under molecular crowding conditions were investigated to shed light on the behavior of poly(A)-COR in intracellular environments. PEG200, sucrose, and glycerol were used to mimic the cellular environment. Results of thermal denaturation experiments revealed a decrease in poly(A)-COR stability, especially with increasing PEG concentration. CD spectroscopy results confirmed that while the characteristic spectrum of poly(A)-COR was conserved, it was altered slightly in the presence of crowding agents, especially PEG. In the second part of this thesis, the effect of DNA methylation on the interactions of Dickerson Dodecamer (DDD) with lysine (Lys) and arginine (Arg) amino acids, which are profoundly found in histones, was investigated. The methylation of cytosines at the 5th position (d5mC) is one of the most common epigenetic modifications and is believed to alter gene expression. CD spectroscopy results revealed the conservation of B-form structure upon DNA methylation. Increasing the amino acid concentrations is found to alter the B-DNA structure, where the effect was noteworthy in the unmethylated DDD compared to DDD8, which has 8 methylated cytosines. In addition, the effect of Arg on DNA stability was found to be more substantial compared to Lys via UV-Vis thermal denaturation experiments.
Benzer Tezler
- A theoretical study on the electronic, optical and morphological properties of the polypyrrole-based nanostructures
Polipirol esaslı nano yapıların elektronik, optik ve morfolojik özelliklerinin teorik olarak incelenmesi
DUYGU AKSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
- Molecular interactions and binding mechanisms of hydrophobic Hofmeister cations to macromolecules
Hidrofobik Hofmeister katyonlarının makromoleküller ile etkileşimleri ve bağlanma mekanizmaları
UMAY EREN ERTEKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyofizikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HALİL İBRAHİM OKUR
- Polimer yapı içerisinde sentezlenen ZnO nanoparçacıklarının spektroskopik ve fiziksel özelliklerinin incelenmesi
Investigating spectroscopic and physical properties of ZnO nanoparticles sythesized in polymer structure
NESRİN ÇELEBİOĞLU
Doktora
Türkçe
2016
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAŞAR YILMAZ
- Degradation pathway models of poly(ethylene-terephthalate) under accelerated weathering exposures
Başlık çevirisi yok
ABDÜLKERİM GÖK
- Nanomodifiyeli kardiyopleji solüsyonunun miyokard korunmasındaki etkisinin gözlenmesi
Observation of the effect of nanomodified cardioplegia solution on myocardial protection
ZÜLEYHA YAVUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiNanoteknoloji ve Nanotıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM VARGEL