Application of molecular biology techniques for microbiological analysis in washing machines
Moleküler biyoloji tekniklerinin çamaşır makinesinde mikrobiyolojik analizler için uygulanması
- Tez No: 251758
- Danışmanlar: PROF. DR. MELEK TÜTER, YRD. DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Son yıllarda biyofilm oluşumu, su sistemlerinde, medikal uygulamalarda ve evsel yüzeylerde sıkça rastlanılan bir problem haline gelmektedir. Sistem performansı ve yüzey etkilerine olan olumsuz etkilerinin yanı sıra, biyofilm mikroorganizmaları göz, kulak, mide, akciğer gibi çeşitli enfeksiyonlara da sebep olarak insan sağlığı için potansiyel risk teşkil etmektedir.Bu çalışmanın amacı, çamaşır makinelerinde oluşan biyofilmin ökaryotik içeriğini belirlemek ve farklı ülkelerde düşük sıcaklıklarda çalıştırılan iki çamaşır makinesinin biyolojik çeşitliliğini karşılaştırmaktadır.Çalışmada, mikroorganizmaların tayini, 18s ribozomal RNA gen dizilimlerini hedefleyen polimeraz zincir reaksiyonu ve reaksiyonu takiben klonlama ve transformans ile gerçekleştirilmiştir. 18s ribozomal RNA gen dizilimleri taksonomik ve filogenetik analizlerde sıkça kullanılmaktadır.Örnekler iki farklı çamaşır makinesine ait 3 farklı bölgeden (deterjan çekmecesi, körük ve ön kapak çevresi, kazan çıkış hortumu) toplanmıştır. Örneklerin toplandığı bölgeler; nem, havalandırma ve sürtünme gibi farklı çevresel özellikler ile birbirinden ayrılmaktadır. Toplanan örneklerden, kültür yöntemi kullanılmaksızın, genomik DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Daha sonra UARR PCR reaksiyonu gerçekleştirilmiş ve PCR ürünleri saflaştırıldıktan sonra TOPO TA klonlama vektörüne klonlanmıştır. Klonlama sonrasında elde edilen sekans analizi sonuçları BLAST veritabanında bulunan diğer 18s ribosomal RNA dizilimleri ile karşılaştırılarak tür tayini gerçekleştirilmiştir. Belirlenen türlerin; protozoa, mantar ve metazoa krallıklarına ait olduğu belirlenmiştir.Farklı çevresel faktörler ve kullanıcıların yaşam farklılıkları nedeniyle, iki çamaşır makinesi arasında ciddi bir benzerlik görülmemiştir. Benzer özellik gösteren coğrafik koşullarda yaşayan kullanıcılardan alınan çamaşır makineleri üzerinde yapılacak çalışmalarla daha ayrıntılı karşılaştırmalar yapılabilecektir.
Özet (Çeviri)
In last years, biofilm formation become a serious problem in water systems, medical applications and house hold surfaces. In addition to its negative effects on system performance and surface properties, biofilm microorganisms are potential risks for human health causing several infections such as eye, ear, gastrointestinal, lung infections etc?Purpose of this study is to identify eukaryotic sources of biofilm in the washing machines and compare the biodiversity of washing machines which were primarily operated at low temperature and in different countries.In the study, identification of microorganisms were performed by polymerase chain reaction targeting 18s ribosomal RNA gene and followed by cloning and transformation. 18s ribosomal RNA gene sequences were used for taxonomic and phylogenetic analysis. Samples were collected from three different parts (detergent drawer, tub seal and discharge hose) of two washing machines. The parts differ from each other by the medium properties such as humidity, aeration and shearing effects. Genomic DNA isolation was performed for the each sample without cultivation. Next, UARR PCR was set and products were purified. Purified PCR products were cloned into TOPO TA cloning vector and plasmids were transformed into E. Coli TOP10 cells. Species were identified by the comparison of sequence analysis results of 18s ribosomal RNA of the cloned insert using BLAST tool. Species were found to be belonging to protozoa, fungi and metazoa kingdoms.In the result, no significant similarity between two washing machines probably due to different environmental factors and life style of consumers?. For a more detailed comparison, washing machines from closer regions with similar geographic properties may be used in future studies.
Benzer Tezler
- Eynal Termal Kaplıcasının prokaryotik çeşitliliğinin belirlenmesi ve proteaz üretim yeteneklerinin değerlendirilmesi
Determination of prokaryotic diversity of Eynal Thermal Spring and investigation of protease production abilities
OSMAN ERDÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Biyogüvenlik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ÇABUK
- Ev yapımı Antakya sürk peynirlerinde bulunan küflerin klasik mikrobiyolojik ve moleküler yöntemlerle tayini
Identification of fungi species within home-made sürk cheese of Antakya via culture-based and molecular methods
KIOUMPRA KIOURT MOLLA CHOUSEIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiMarmara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİM SÜNER
- Sıcak su kaynaklarından termofilik mikroorganizmalarin izolasyonu, identifikasyonu ve poli-β-hidroksibütirat üretim yeteneklerinin belirlenmesi
Isolation of thermophilic microorganisms from hot springs, identification and determination their ability to poly-β hydroxybutyrate pruduction
SERAP GEDİKLİ
Doktora
Türkçe
2016
BiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ÇABUK
DOÇ. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU
- Hasat sonrası depolama alanlarında sanitasyonun mikrobiyolojik olarak modellenmesi
Microbiological modelling of sanitation in post-harvest storage areas
JALE NİL GÜRSOY MACUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NAZMİYE ÖZLEM ŞANLI
- Empedans değişimi üzerinden mikroorganizma tayini yapmayı hedefleyen sensör sistemi çalışması
Sensor system study targeted to microorganism detection under impedance change
SEVİLAY BURCU ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER