Investigation of ischemia-reperfusion effects on DUSP1 and CXCL2 gene expression in rat kidney tissues using rt-PCR and real-time q-PCR
Rt-PCR ve gerçek zamanlı PCR kullanılarak sıçan böbrek dokularında DUSP1 ve CXCL2 genleri üzerindeki iskemi reperfüzyon etkilerinin incelenmesi
- Tez No: 251988
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR, PROF. DR. ZİYA AKÇETİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
İskemi damarlardaki hasara veya dokulardaki işlev bozukluğuna bağlı olarak kan akışındaki kısıtlamadır. Hücre metabolizması kısıtlı oksijen varlığında anaerobik yolizlerini tercih eder. Reperfüzyon ise belli bir süre iskemiden sonra dokulara kan akışının tekrar sağlanması sonucu dokuya verilen hasardır. Kan akışının geri kazanımı geniş bir alanda toksik oksidatif reaksiyon başlatabilen reaktif oksijen türlerinin oluşumunu tetiklemektedir. Reaktif oksijen türleri hücre lipidleri, protein ve DNA ile direkt reaksiyona girerek hücre hasarı ve/veya hücre ölümüne sebep olmaktadır. Enflamasyon iskemi repefüzyon hasarında önemli rol oynamaktadır.Son senelerde yapılan çalışmalarda, iskemi önkoşullaması ve ısı önkoşullaması terapi olarak kullanılmaktadır. Isı önkoşullaması önceki iskemi stresin sonra oluşacak iskemiye karşı daha dirençli olmasını sağlayan bir olgudur. Isı önkoşullaması ısı şoku proteinlerinin indüklendiğini gösteren ilk strestir ve antiinflamatuar ve hücre ölümünü engelleyen özelliklere sahiptir. Bu önkoşullamalar böbreğe koruyucu etki sağlamaktadır.DUSPs sinyal iletim yolizinde çeşitli uyarıcılar tarafından aktive olan MAPKleri inaktive ederek hücre fonksitonlarındaki fizyolojik ve patalojik değişimleri kontrol etmektedir. CXCL2 iskemi sonrası böbrekte sitokin, serbest radikal aracıları ve proteazları sayesinde oluşan doku hasarında nötrofil toplanmasında çok önemli rol oynamaktadır.Mikroarray analizi yapılan daha önceki bir çalışmada, sıçan böbrek dokularında iskemi-reperfüzyon, ısı önkoşullamalı iskemi reperfüzyon ve iskemi önkoşullamalı iskemi reperfüzyon üzerinde gen ekspresyonu çalışıldığı zaman DUSP1 ve CXCL2 gen anlatımının arttığı gözlenmiştir.Bu çalışmanın amacı revers transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksyonu ve Gerçek-Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu metotlarını kullanarak sıçan böbrek dokularında iskemi reperfüzyon, iskemi önkoşullaması ve ısı önkoşullamasının DUSP1 ve CXCL2 gen ekspresyonu üzerindeki etkilerinin araştırılması ve bu sonuçların önceki microarray verileri ile karşılaştırılmasıdır.Sonuçlar, DUSP1 gen ekspresyonunun reperfüzyon süresi 60 dakika olduğunda en yüksek olduğunu ve test edilen tüm koşullar arasında en yüksek ekspresyonun iskemi önkoşullaması grubunda olduğunu göstermiştir. İskemi önkoşullaması CXCL2 geninin ekspresyonunu arttırmaktadır. Fakat ısı önkoşullaması ve IRI gruplarında CXCL2 geninin ekspresyonu reperfüzyon süresine bağlı olarak artış göstermektedir. Real-time PCR sonuçları, önceki microarray sonuçları ile uyumludur. Göreceli ölçüm değerleri, gerçek zamanlı PCR sonuçlarında diğer metotlara kıyasla daha yüksektir. Friedman testi, her üç deneysel metot sonuçlarının birbirinden ciddi ölçüde farklı olmadığını kanıtlamıştır.Bu çalışmada, erken iskemi önkoşullamasının DUSP1 ve CXCL2 genlerinin ekspresyonu üzerine etkisi araştırılmıştır. Geç iskemi önkoşullama etkisinin araştırılması için reperfüzyon süresi 60 dakika üzerine çıkarılarak yeni deneyler tasarlanabilir.
Özet (Çeviri)
Ischemia is a restriction in blood supply, due to factors in the blood vessel with damage or dysfunction of tissue. Cellular metabolism prefers anaerobic pathways due to insufficient oxygen. Reperfusion injury refers to damage to tissue caused when blood supply returns to the tissue after a period of ischemia. Restoration of blood flow triggers the production of Reactive oxygen species (ROS) which can initiate a wide range of toxic oxidative reactions. ROS can react directly with cellular lipids, proteins and DNA leading to cell injury/death. Inflammation plays an important role in ischemia reperfusion injury.In recent studies, ischemic preconditioning and heat preconditioning have been used as a therapy. Ischemic preconditioning (IP) is describing a condition that prior ischemic stress renders the organ resistant to a subsequent ischemic insult. Heat preconditioning was the first stress shown to induce the synthesis of heat shock proteins (Hsps) and has an anti-inflammatory, antiapoptotic effect. The described forms of preconditioning provide protective effect on kidney.Dual specificity of phosphatases (DUSPs) inactivate MAPKs which are important players in signal transduction pathways activated by a range of stimuli and mediate a number of physiological and pathological changes in cell function via dephosphorylation of these phosphothreonine and phosphotyrosine residues. CXCL2 which is a chemokine that is in CXC family plays a crucial role in neutrophil recruitment in the post-ischemic kidney mediating tissue injury via cytokines, free radical intermediates, and proteases. In a previous study with microarray analysis, it was observed that DUSP1 and CXCL2 genes were upregulated when rat kidney tissues were studied for gene expression upon ischemia-reperfusion, ischemia-reperfusion with heat preconditioning and with ischemic preconditioning.The aim of this study was to investigate the effects of ischemia reperfusion, IP, HP on DUSP1 and CXCL2 gene expression in rat kidney tissues using reverse transcriptase PCR and real-time q-PCR methods and compare the results with previous microarray data.The results showed that DUSP1 gene expression was highest when reperfusion time was 60 min and also highest in IP group among all conditions tested. IP generally increases CXCL2 gene expression. However, in HP and IRI groups, CXCL2 gene expression increases as a function of reperfusion time. Real-time PCR results were in good agreement with the previously obtained microarray results. The ranges of relative quantification values were higher in real-time PCR results. Friedman test proved that the result of the three experimental methods were not significantly different from each other.The early preconditioning effects on DUSP1 and CXCL2 gene expression levels were investigated in this study. New experiments could be designed to investigate late preconditioning effects by extending reperfusion time beyond 60 min.
Benzer Tezler
- Investigation of ischemia-reperfusion effects on ATF3 and GADD45G gene expression in rat kidney tissues using RT-PCR and real-time PCR
İskemi-reperfüzyonun ATF3 ve GADD45G gen ekspresyonları üzerindeki etkilerinin RT-PCR ve real-time PCR teknikleri kullanılarak sıçan böbrek dokularında incelenmesi
BİRCAN YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Genetikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
PROF. DR. ZİYA AKÇETİN
- Deneysel alt ekstremite iskemi reperfüzyon modelinde aposinin'in iskelet kası üzerine koruyucu etkilerinin araştırılması
The investigation of apocynin's protective effects on skeletal muscle of experimental lower extremity ischemia-reperfusion model
MEHMET ÖZER
Tıpta Uzmanlık
İngilizce
2015
Göğüs Kalp ve Damar CerrahisiFırat ÜniversitesiKalp ve Damar Cerrahisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYHAN UYSAL
- Sıçan testisinde oluşturulan deneysel iskemi/reperfüzyon hasarında quersetin etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of quesetin in experimental ischemia-reperfusion injury caused in rat testicle
RABİA GEZER
- Karaciğer iskemi-reperfüzyon hasarında silymarin ve redükte glutatyonun koruyucu etkisinin araştırılması
The investigation of protective effects of silymarin and reduced glutathione in hepatic ischemia-reperfusion injury
DILARA ALIYEVA
Doktora
Türkçe
2017
BiyokimyaOndokuz Mayıs ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RAMAZAN AMANVERMEZ
- Ratlarda bilateral ana karotid arter oklüzyonu ile oluşturulan serebral iskemi ve reperfüzyon modelinde karvakrolün nöroprotektif etkilerinin araştırılması
The investigation of carvaculatory neuroprotective effects in the cerebral ischemia and reperfusion model concerned with bilateral common carotid artery occlusion in the rats
MUSTAFA BAŞARAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Nöroşirürjiİnönü ÜniversitesiBeyin-Sinir ve Omurilik Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARİF ÖNDER