Isolation and identification of a lipase producing psychrotrophic bacteria from soil: Cloning and partial characterization of its lipase
Lipaz üreten psikrotrof bir bakterinin toprakdan izolasyonu ve tanimlanmasi: Lipazin klonlanmasi ve kismi karakterizasyonu
- Tez No: 252262
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU, YRD. DOÇ. DR. H.ÇAĞLAR KARAKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Lipazlar serin hidrolazlardır ve uzun zincirli triaçilgliserollerin hem hidroliz hemde sentezlerini katalizlerler. Lipazlar endüstrideki yaygın kullanımları nedeniyle büyük öneme sahiptirler. Lipazlar mikrooraganizmalar (bakteri ve mantarlar), bitkiler ve hayvanlar tarafından üretilirler. Fakat, mikrobiyal lipazlar, özellikle bakteri kaynaklı olanlar, birkaç önemli özellikleri nedeniyle bitki ve hayvan türevlerinden daha kullanışlıdırlar.Bu çalışmanın öncelikli hedefleri; Kayseri Erciyes'den gelen toprak örneğinden lipaz üreten bir bakterinin izole edilmesi ve 16S rRNA sekans analizi ile tanımlanması, lipaz geninin sekansının dejenere PCR ve invers PCR ile bulunması ve lipaz geninin aktif bölge rezidüleri gibi bazı önemli özellikler bakımından incelenmesidir. Bu çalışmanın diğer amaçları ise optimum lipaz üretim zamanı gibi lipaz üretim koşullarının belirlenmesi, doğal lipaz enziminin kısmi olarak saflaştırılması ve karakterizasyonudur. Saflaştırma amonyum sülfat çöktürmesi ve jel filtrasyonu ile gerçeklestirilmiştir. Enzim karakterizasyonu için spektrofotometrik lipaz methodu kullanılmıştır.Sonuç olarak, lipaz üreten bir bakteri rodamine B-zeytinyağı petri yöntemi kullanılarak toprakdan izole edilmiş ve 16S rRNA sekans homolojisine dayanarak Pseudomonas fluorescens in bir suşu olarak tanımlanmıştır. Lipaz geninin kısmi sekansı elde edilmiş ve aminoasit ve gen homoloji analizine göre Pseudomonas grup 3 lipaz grubuna ait olduğu önerilmiştir. Ayrıca, doğal lipaz enzimi kısmi olarak saflaştırılıp karakterize edilmiştir. Molekül ağırlığı sodyum dodesilsülfat poliakrilamit jel elektroforezi ile yaklaşık 43 kilodalton olarak hesaplanmıştır. Lipaz için optimum sıcaklık ve pH sırasıyla 45°C ve pH 8 olarak bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
Lipases are serine hydrolases and catalyze both the hydrolysis and synthesis of long-chain triacylglycerols. Lipases have great importance since their wide usage in industry. Lipases are produced by microorganisms (bacteria and fungi), plants and animals. However, microbial lipases, especially from bacteria, more useful than their plant and animal derivatives because of several important properties.The primary goals of this thesis were to isolate and identify a lipase producing bacterium from soil sample from Erciyes mountain in Kayseri by 16S rRNA sequence analysis, find the sequence of lipase gene by degenerate PCR and inverse PCR and analyze of lipase gene for some important features like active site residues. The other purposes of this study were determination of lipase production conditions like optimum production time, partial purification and characterization of native lipase enzyme. Purification was performed by ammonium sulfate precipitation and gel filtration. Spectrophotometric lipase assay was used for enzyme characterization.As conclusion, a lipase producer bacterium was isolated from soil using rhodamine B-olive oil plate assay and identified as a strain of Pseudomonas fluorescens based on 16S rRNA sequence homology. Its partial lipase gene was obtained and it was suggested that the lipase belong to group 3 Pseudomonas lipases according to gene and amino acid homology search. Moreover, native lipase partially purified and characterized. The molecular mass of purified lipase was estimated to be approximately 43 kDa by SDS-PAGE. The optimum temperature and pH for the lipase were found to 45°C and pH 8, respectively.
Benzer Tezler
- Isolation and identification of lipase producing soil fungus; Cloning, sequencing and partial characterization of its lipase
Lipaz üreten toprak kaynaklı küfün izolasyonu ve tanımlanması; Lipazın klonlanması, sekans analizinin yapılması ve kısmi karakterizasyonu
ELVAN ERGÜLEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ALPER ARSLANOĞLU
- Lipaz üreticisi yerel Bacillus soylarının izolasyonu, nitelendirilmesi ve gen kütüphanelerinin hazırlanması
The isolation and identification of lipase producing local Bacillus strains and the preparation of their genomic library
HÜSEYİN BALCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. FÜSUN GÜMÜŞEL
- Zeytinyağı üretim atıklarından lipaz üreten bakterilerin izolasyonu ve moleküler tanımlanması
Isolation and molecular identification of lipase producing bacteria from olive oil production wastes
SEDA NUR GELİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEHRA BURCU BAKIR
- Ayvalık tuzlası (Balıkesir)'ndan halofilik bakterilerin izolasyonu ve biyoteknolojik enzim potansiyellerinin araştırılması
Isolation of halophilic bacteria from Balıkesir/Ayvalık saltern and determination theirs biotechnological enzyme potential
MEVLÜT MERT YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyolojiManisa Celal Bayar ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA OSKAY
- Isolation and molecular characterization of extracellular lipase and pectinase producing bacteria from olive oil mills
Zeytinyağı işleyen fabrikalardan ekstraselüler lipaz ve pektinaz üreten bakterilerin izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu
ASENA ALTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA