Polifosfat kinaz (PPK) yoksunluğunun Streptomyces coelicolor'da antibiyotik biyosentezine etkisi
The effect of polyphosphate kinase deficiency on antibiotic production in Streptomyces coelicolor
- Tez No: 252980
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SEDEF TUNCA GEDİK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 107
Özet
Bütün canlılarda bulunan Polifosfat (poliP), yüzlerce fosfat molekülünün yüksek enerjili anhidrid bağlarıyla birleşmesinden meydana gelen bir polimerdir. ?PoliP kinaz? enzimi (PPK) tarafından sentezlenen PoliP, önemli bir enerji deposu olup bazı kinazlar tarafından ATP yerine kullanılabilmekte ve adenilat kinazlar yardımıyla da NTP'lerin yapımında kullanılmaktadır. Aynı zamanda bu polimer, hücrelerin fiziksel ve kimyasal streslere karşı direnç göstermesinde de rol oynar.Streptomycete'ler, çok sayıda biyoaktif metabolit sentezleme kapasitesine sahip biyoteknolojik açıdan önemli mikroorganizmalardır. Streptomyces'lerin poliP metabolizması ve bu polimerin antibiyotik üretimiyle bağlantısı konusunda ilk çalışma 2002'de Chouayekh ve Virolle tarafından yapılmış ve Streptomyces lividans ppk geninin antibiyotik biyosentezini negatif yönde etkilediği gösterilmiştir. Bu negatif etkinin bütün Streptomyces türleri için geçerli olup olmadığı bilinmemektedir. Bu konuya açıklık getirilmesi amacıyla, bu çalışmada, Streptomyces coelicolor'ın ppk geni bloke edilerek bu mutasyonun antibiyotik üretimine etkisi incelenmiştir. Bu çalışmanın sonuçlarına göre, S. lividans'da antibiyotik biyosentezine negatif etkisi bulunan ppk geninin, S. coelicolor türü için de aynı baskılayıcı etkiyi gösterdiği bulunmuştur.S. coelicolor ?ppk suşta undesilprodigiosin üretimi yaban suş ile aynıyken aktinorhodin üretimi yaban suşa göre 120. saatte yaklaşık 5 kat artmıştır. Mutant suşun, yalnızca antibiyotik içeren zengin besiyerinde üreyebildiği ve etkin spor oluşturamadığı görülmüştür. Yaban ve ?ppk suşlarının, oksidatif strese hassasiyetleri karşılaştırıldığında, sadece mutant suşun H2O2'ye hassasiyet gösterdiği bulunmuştur. ?ppk suştaki mutasyonun komplementasyonu pHZ1351+ppk plazmidi ile gerçekleştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
Polyphosphate (polyP), which is found in every living cell, is a linear polymer consisting of tens to hundreds of phosphate molecules joined together by high-energy anhydride bonds. Polyphosphate, which is synthesized by the enzyme polyP kinase, is not only an important energy store but also used as ATP substitutes and it serves as phosphate donor to regenerate NTP in association with the adenylate kinases. Moreover, this polymer has been shown to have a crucial role in the regulation of adaptive responses of cells to physical and chemical stresses.Streptomycetes are biotechnologically important bacteria and they are well known for their ability to produce a wide variety of bioactive compounds. The relationship between polyP metabolism and antibiotic biosynthesis in Streptomycetes has been shown by Chouayekh and Virolle (2002). They have reported that ppk gene has a negative effect on antibiotic biosynthesis in Streptomyces lividans. It is not known whether this negative effect is also valid for other Streptomyces. In order to clarify this point, ppk gene of Streptomyces coelicolor has been disrupted and the effect of this mutation on antibiotic biosynthesis was investigated. According to the results of this work, ppk gene, which has a negative effect on antibiotic biosynthesis in S. lividans, has the same repressing effect in S. coelicolor.Although undecylprodigiosin production by S. coelicolor ?ppk strain is same, actinorhodin production increased about 5 times at 120. hour compared to wild type. Mutant strain grow only on antibiotic containing rich medium and not sporulate effectively. When oxidative stress sensitivity of wild type and ?ppk strains were compared, it was found that only mutant strain was sensitive to H2O2. The complementation of mutation in ?ppk strain has been done by pHZ1351+ppk plasmid.
Benzer Tezler
- Bacillus thuringiensis ekzopolifosfataz genine (ppx) ait olası promotorun aktivitesinin lusiferaz haberci geni aracılığıyla ölçülmesi
Measurement of putative promoter activity of Bacillus thuringiensis exopolyphosphatase gene (ppx) by using luciferase reporter gene
ŞERİF YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
GenetikGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEDEF TUNCA GEDİK
- Bacillus thuringiensis polifosfat kinaz genine (ppk) ait olası promotorun transkripsiyonel aktivitesinin ölçülmesi
Measurement of transcriptional activity of putative Bacillus thuringiensis polyphosphate kinase gene (ppk) promoter
CEYDA KETENCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEDEF TUNCA GEDİK
- Polifosfat kinaz geni silinmiş mutant Streptomyces coelicolor suşunda oksidatif stres, polifosfat ve demir metabolizmaları arasındaki moleküler ilişkilerin araştırılması
Investigation of molecular relationships between oxidative stress, polyphosphate and iron metabolism in a mutant Streptomyces coelicolor strain with deleted polyphosphate kinase gene
ŞERİF YILMAZ
Doktora
Türkçe
2025
BiyoteknolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEDEF TUNCA GEDİK
- Studies on testing polyphosphate deficient Streptomyces coelicolor as a host for homolog and heterologous expression of valuable products
Polifosfat yoksunu Streptomyces coelicolorun değerli ürünlerin homolog ve heterolog ifadeleri için konak olarak test edilmesi çalışmaları
BUSE ÇINAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEDEF TUNCA GEDİK
- The network between polyp, lon protease and secondary metabolite production in Streptomyces coelicolor A3(2)
Streptomyces coelicolor A3(2)'de polip, lon proteaz ve sekonder metabolit üretimi arasındaki ilişki
NAGİHAN GENEL
Doktora
İngilizce
2025
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEDEF TUNCA GEDİK