Proteomic basis of drought tolerance in chickpea
Nohut'ta kuraklığa toleransın proteomik esasları
- Tez No: 266593
- Danışmanlar: PROF. DR. ANNE FRARY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Genetik, Biochemistry, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Bitki proteinleri, Kuraklık stresi, Kütle spektrometri, Nohut, Protein profili, Plant proteins, Drought stress, Mass spectrometry, Chickpea, Protein profile
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma ile kuraklığa dirençli olduğu bilinen nohut çeşidi Gökçe'nin kök ve yapraklarında kuraklığa cevaben ifadelenen proteinlerin proteomiks yaklaşımı ile tanımlanmıştır.Bu amaçla Gökçe çeşidinin kök ve yaprak örneklerinden kuraklık ve kontrol koşullarında izole edilen total proteinleri kullanılarak iki boyutlu jel elektroforezi yapılmış. Kök örnekleri için elde edilen iki boyutlu jellerde yaklaşık 430 protein bulunmuştur; bunlardan 14'ünün kuraklığa cevaben ortaya çıktığı 4'ünün ise kuraklık koşullarında kaybolduğu tespit edilmiştir. Ayrıca 12 kök proteinin ifadelenmesi kuraklığa cevaben artmış 4'ünün ise ifadelenmesi azalmıştır. Yaprak örnekleri için elde edilen iki boyutlu jellerde yaklaşık 450 protein bulunmuştur; bunlardan 7'sinin kuraklığa cevaben yeni oluştuğu, 3'ünün ise kuraklık koşullarında kaybolduğu tespit edilmiştir. Ayrıca 24 yaprak proteinin ifadelenmesi kuraklığa cevaben artmış 17'sinin ise ifadelenmesi azalmıştır. Farklı ifadelenen proteinler MALDI-TOF/TOF kütle spektosu ile PMF analizleri yapıldı. Analizler sonucunda farklı ifadelenen yaprak proteinleri çinko parmak C2H2 type, AN1-like) ailesi proteinleri, patojen-ilgili aile proteinleri, STRS2 (STRESS RESPONSE SUPPRESSOR 2), 26S proteasome non-ATPase düzenleyici albirim 3, pentatricopeptide tekrar içeren protein, RABB1C (ARABIDOPSIS RAB GTPASE HOMOLOG B1C); GTP binding/GTPase, serine hydroxymethyltransferase, fiddlehead protein, aluminum-activated malate transporter, phloem protein 2-A8, ribosomal protein L30 ailesi proteini, N-zengin protein gibi fonksiyonu bilinenler ile birlikte 14 adet fonksiyonu bilinmeyen yaprak proteini belirlendi. Farklı ifadelenen kök proteinleri WRKY DNA-binding protein 6, myb ailesi transkripsiyon faktörü, porin ailesi proteinleri, pentatricopeptide tekrar (PPR) proteinleri ve transmembrane proteini gibi fonksiyon bilinenler ile birlikte 14 adet fonksiyonu bilinmeyen kök proteini tespit edildi.
Özet (Çeviri)
In this study our aim was to identify differentially expressed proteins in root and leaf samples of the drought tolerant chickpea cultivar Gokce using proteomics approaches.For this aim we carried out 2D gel electrophoresis from total proteome extracts of root and leaf samples of Gokce cultivar from drought treated and control samples. In root 2D gels we obtained approximately 430 proteins; 14 of them were newly formed and 4 of them were disappeared in drought stress. Also we obtained 12 over-expressed protein and 4 down-regulated spot as a result of drought stress. In leaf 2D gels we obtained approximately 450 proteins 4 of them were newly formed spots, and 3 of them were disappeared in drought stress. For these samples we obtained 24 over-expressed proteins and 17 down-regulated proteins in drought stress. We identified differentially expressed proteins in MALDI-TOF/TOF mass spectrometer via peptide mass fingerprinting. Identified proteins are zinc finger (C2H2 type, AN1-like) family protein, pathogenesis-related family protein, STRS2 (STRESS RESPONSE SUPPRESSOR 2), 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 3, pentatricopeptide repeat-containing protein, RABB1C (ARABIDOPSIS RAB GTPASE HOMOLOG B1C); serine hydroxymethyltransferase, fiddlehead protein, aluminum-activated malate transporter, phloem protein 2-A8, ribosomal protein L30 family protein, N-rich protein with known function and we identified 14 hypothetical proteins with unknown function. Identified proteins are WRKY DNA-binding protein 6, myb family transcription factor, porin family protein, pentatricopeptide repeat (PPR) protein and transmembrane protein and 2 hypothetical proteins with unknown function.
Benzer Tezler
- Acidophiluslu yoğurt üretim teknikleri
Başlık çevirisi yok
Z.YEŞİM ÖZBAŞ
Doktora
Türkçe
1991
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. AYHAN TEMİZ
- Farklı miktarda hidrojen peroksit ilavesinin kremanın dayanımı üzerine etkileri
Başlık çevirisi yok
BULUT KIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
1994
ZiraatAnkara ÜniversitesiSüt Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN ATAMER
- Akciğer kanserinde tümör belirleyicilerinin tanısal değerleri ve arteriovenöz farklılıkları, on belirleyicinin analizi
Başlık çevirisi yok
CELAL KARLIKAYA
- Yeni makrosiklik vic-dioksimlerin sentezi ve komplekslerinin incelenmesi
Synthesis and complex formation of novel vic-dioximes
FEHMİ UFUK SESALAN
- Farklı metodlarla üretilen otlu peynirlerde olgunlaşma süresi boyunca meydana gelen değişmeler
Characterization of changes in herby cheese made with different methods during ripening period
HAYRİ COŞKUN