Investigation of biologically important small molecules: Quantum chemical and molecular dynamics calculations
Biyolojik öneme sahip küçük moleküllerin kuantum kimyasal ve moleküler dinamik hesaplamalarla incelenmesi
- Tez No: 269027
- Danışmanlar: PROF. DR. SAKİR ERKOÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 147
Özet
Bu tezde moleküler mekanik, yarı-ampirik yöntemler, ab-initio (Sınırlandırılmış Hartree Fock) ve yoğunluk fonksiyoneli kuramı yöntemleri kullanılarak, insan sağlığı na faydalı olduğu bilinen, sarımsak ve soğanda bulunan moleküllerin küçük bir kısmı olan, S-alilsistein, S-alil merkaptosistein, alisin, metil propil disülfit, alil metil sülfit and dipropilsülfit molekülleri ile tarımda zararlı böceklerin yok edilmesinde kullanılan, yapay pretroid içeren cyfluthrin molekülünün geometrisi, titreşim özellikleri ve elektronik yapıları ayrıntılı bir şekilde incelendi. Elde edilen kuramsal sonuçlar, bu moleküllerin ticari olarak geliştirilip, kullanılmasından önce onlar hakkındaki belirsizlikleri açıklamaya yardımcı olacaktır. Ayrıca bu tezde, moleküler biyolojinin çözülememiş problemlerinden biri olan protein katlanması ve açılması problemine de değinilmiştir. Problem, çok fazla sayıda atomun dinamiğinin anlaşılması ile çözüleceğ için, son derece yüklü bir hesaptır. Bu sebeple, hesabı daha kolay olan, imünogloblin G-bağlanma proteini G' nin küçük dizileri incelenmiştir (DDATKTFT ve türevleri). Molekül dinamiği benzetişiminin, bu dinamiği anlamada etkili olduğu umut edilmektedir. Bulduğumuz sonuçlardan biri, hidrojen bağının yerinin kararlılık üzerinde etkili olduğudur.
Özet (Çeviri)
In this thesis, six small molecules (S-allylcysteine, S-allyl mercaptocysteine, allicin, methyl propyl disulfide, allyl methyl sulfide and dipropylsulfide) that are found in garlic and onion, and are known to be beneficial for human health were studied using molecular mechanics, semi-empirical methods, ab-initio (Restricted Hartree Fock), and density functional theory. Using the same methods, a synthetic pyrethroid pesticide molecule, called cyfluthrin, was also studied. Structural, vibrational and electronic properties of these molecules were found. These theoretical studies could clarify the role of these molecules on human health before they are commercially developed and used. In addition, unfolding dynamics of small peptide sequences (DDATKTFT and its variants) in immunoglobulin G-binding protein G was investigated. Protein folding and unfolding is one of the most important unsolved problems in molecular biology. Because of the large number of atoms involved in protein folding, it is a massive computational problem. The hope is that, one could understand this mechanism with the help of molecular dynamics simulation on small peptides. One of our findings is that the location of the hydrogen bonds is important for the stability of the peptide.
Benzer Tezler
- Investigation of asymmetric synthesis of chiral amines by biological oxidoreductase enzymes by computational methods
Biyolojik oksidoredüktaz enzimleri ile kiral aminlerin asimetrik sentezinin hesaplamalı kimya yöntemleri ile incelenmesi
MERVE KOPAR
- Synthesis and development of new fluorenyl substituted phthalocyanines for biological applications
Biyolojik uygulamalar için yeni fluorenil sübstitüe ftalosiyaninlerin sentezi ve geliştirilmesi
BAHAREH SAJJADİFARD
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYFER KALKAN BURAT
- Durgun su ortamında su alma borusuna ait hava girişine taban geçirimliliğinin etkisinin araştırılması ve modellenmesi
The investigation and modelling of effect of base permeability on air entraining vortex belongs to intake in still-water environment
OSMAN SUSEM
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
İnşaat MühendisliğiBozok Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BURHAN ÜNAL
- Karanlıkdere Vadisi'nin (Yozgat) phenopelopoid akarları üzerine sistematik araştırmalar
Systematic investigations on the phenopelopoid mites of Karanlıkdere Valley (Yozgat)
SALİH KÖKEZ
- Bayan futbolcularda 8 haftalık hazırlık çalışmalarının bazı biyomotorik ve fizyolojik özellikler üzerine etkisinin araştırılması
The investigation of the effects of eight weeks prepara-tory work on some biomotorical and physiological properties of female soccer players
ARİF İMAMOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
SporOndokuz Mayıs ÜniversitesiBeden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ELİÖZ