Investigation of biologically important small molecules: Quantum chemical and molecular dynamics calculations
Biyolojik öneme sahip küçük moleküllerin kuantum kimyasal ve moleküler dinamik hesaplamalarla incelenmesi
- Tez No: 269027
- Danışmanlar: PROF. DR. SAKİR ERKOÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 147
Özet
Bu tezde moleküler mekanik, yarı-ampirik yöntemler, ab-initio (Sınırlandırılmış Hartree Fock) ve yoğunluk fonksiyoneli kuramı yöntemleri kullanılarak, insan sağlığı na faydalı olduğu bilinen, sarımsak ve soğanda bulunan moleküllerin küçük bir kısmı olan, S-alilsistein, S-alil merkaptosistein, alisin, metil propil disülfit, alil metil sülfit and dipropilsülfit molekülleri ile tarımda zararlı böceklerin yok edilmesinde kullanılan, yapay pretroid içeren cyfluthrin molekülünün geometrisi, titreşim özellikleri ve elektronik yapıları ayrıntılı bir şekilde incelendi. Elde edilen kuramsal sonuçlar, bu moleküllerin ticari olarak geliştirilip, kullanılmasından önce onlar hakkındaki belirsizlikleri açıklamaya yardımcı olacaktır. Ayrıca bu tezde, moleküler biyolojinin çözülememiş problemlerinden biri olan protein katlanması ve açılması problemine de değinilmiştir. Problem, çok fazla sayıda atomun dinamiğinin anlaşılması ile çözüleceğ için, son derece yüklü bir hesaptır. Bu sebeple, hesabı daha kolay olan, imünogloblin G-bağlanma proteini G' nin küçük dizileri incelenmiştir (DDATKTFT ve türevleri). Molekül dinamiği benzetişiminin, bu dinamiği anlamada etkili olduğu umut edilmektedir. Bulduğumuz sonuçlardan biri, hidrojen bağının yerinin kararlılık üzerinde etkili olduğudur.
Özet (Çeviri)
In this thesis, six small molecules (S-allylcysteine, S-allyl mercaptocysteine, allicin, methyl propyl disulfide, allyl methyl sulfide and dipropylsulfide) that are found in garlic and onion, and are known to be beneficial for human health were studied using molecular mechanics, semi-empirical methods, ab-initio (Restricted Hartree Fock), and density functional theory. Using the same methods, a synthetic pyrethroid pesticide molecule, called cyfluthrin, was also studied. Structural, vibrational and electronic properties of these molecules were found. These theoretical studies could clarify the role of these molecules on human health before they are commercially developed and used. In addition, unfolding dynamics of small peptide sequences (DDATKTFT and its variants) in immunoglobulin G-binding protein G was investigated. Protein folding and unfolding is one of the most important unsolved problems in molecular biology. Because of the large number of atoms involved in protein folding, it is a massive computational problem. The hope is that, one could understand this mechanism with the help of molecular dynamics simulation on small peptides. One of our findings is that the location of the hydrogen bonds is important for the stability of the peptide.
Benzer Tezler
- Machine learning assisted force field development for nucleic acids
Nükleik asitler için makine öğrenimi destekli kuvvet alanı geliştirilmesi
GÖZDE İNİŞ DEMİR
Doktora
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADEM TEKİN
- Guanilhidrazonların ninhidrin ile reaksiyonlarının mekanistik incelenmesi
Mechanistic investigation of the reactions of guanilhydrazones with ninhydrin
AYSU BALKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
KimyaErciyes ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLHAN ÖZER İLHAN
PROF. DR. EMİN SARIPINAR
- Asimetrik organokatalizörlerin çeşitli organik reaksiyonlardaki etkinliğinin incelenmesi
Investigation of the efficiency of asymmetric organocatalysts on various organic reactions
MURAT EMRAH MAVİŞ
- Doğu Akdeniz-Ege süngerlerinden (Porifera) seçilen türlerin incelenmesi, bu canlılardaki kollajen tip II, IV ve Integrin proteinlerin varlığının immünhistokimyasal ve moleküler genetik düzeyde araştırılması
Investigation of Eastern Mediterranean-Aegean selected sponge (Porifera) species and study of the existance of collajen type II, IV and integrin proteins in these animals with immunohistochemical and molecular genetic methods
MERT GÖKALP
- Bisfenol A'nın katalitik, fotokatalitik ve ozonlama yöntemleri ile arıtılabilirliğinin incelenmesi
Investigation of Bisphenol A's improvement by catalytic, photocatalytic and ozonation methods
HALİL AKSU
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Çevre MühendisliğiSakarya ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL AYHAN ŞENGİL