Geri Dön

Kalıtsal retina dejenerasyonlarında DNA mikroarray yöntemiyle yüksek ölçekli genom taraması

High-throughput genome screening by DNA microarray in inherited retinal degenerations

PDF İndir

  1. Tez No: 270333
  2. Yazar: DİDEM YÜCEL
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL, PROF. DR. AY ÖĞÜŞ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Göz Hastalıkları, Genetics, Eye Diseases
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 149

Özet

Retinitis pigmentosa (RP) ve Leber'in konjenital amorozisi (LCA) oldukça yüksek klinik ve genetik çeşitlilik gösteren kalıtsal retina dejenerasyonları arasındadır. Bu çalışmada, yüksek veri analizine imkan veren ve genomboyu genotiplendirme için etkin bir metot olan Affymetrix 250K SNP mikrodizin (mikroarray) yöntemi kullanılarak arRP ve LCA tanısı konulan on Türk ailede yer alan toplam elli yedi bireye ait genomik DNA genotiplendirilerek, hastalıktan sorumlu lokus ve genler başarılı şekilde tanımlanmıştır. Genotiplendirme verileri değerlendirilerek homozigotluk haritalaması yapılmış, haritalama sonuçları değerlendirildiğinde arRP ve LCA'lı hasta bireylerin RDH12, CERKL, CRB1, AIPL1, USH2A ve EYS genleri ile bağlantı gösterdiği bulunmuştur. RDH12, CERKL, CRB1 ve AIPL1 genlerinin tüm ekzonları, direkt DNA dizi analizi ile mutasyonlar açısından taranmıştır. Mutasyon taramaları sonucunda AIPL1 geninde Q141X, CRB1 geninde 701dupACAGG(fs)?710X, CERKL geninde IVS1+5G>C olmak üzere üç yeni mutasyon ve RDH12 geninde ise daha önce tanımlanmış T49M mutasyonu saptanmıştır. RDH12, CERKL, CRB1 ve AIPL1 genlerindeki mutasyonlar farklı toplumlarda tüm arRP ve LCA mutasyonlarının %1-5' inden sorumlu bulunmuştur.Mutasyon olasılığının düşük olmasından dolayı bu genler mutasyon tarama çalışmaları için seçilecek ilk aday genler arasında değildir. Bu nedenle hastalığa neden olan mutasyonların saptanmasında tek tek bu genlerin incelenmesi yerine, tüm genomun taranmasına ihtiyaç vardır. Bu yaklaşım, küçük ailelerde ve tek hasta bireylerde bile kalıtsal göz hastalıklarından sorumlu genlerin ve patojenik mutasyonların tanımlanması için oldukça etkindir.

Özet (Çeviri)

Inherited retinal degenerations, including retinitis pigmentosa (RP) and Leber congenital amaurosis (LCA), show high clinical and genetic heterogenity. In this study, whole genome genotyping by high-throughput Affymetrix 250K SNP microarray was successfully performed in genomic DNA samples of fifty seven individuals from ten Turkish families with LCA and arRP. Homozygosity mapping analysis was performed and it revealed linkage to RDH12, CERKL, CRB1, AIPL1, USH2A and EYS genes in patients affected with arRP and LCA. With the use of direct DNA sequence analysis, all exons of RDH12, CERKL, CRB1 and AIPL1 genes were screened for disease causing mutations. The mutation screening in these genes revealed the presence of three novel mutations: Q141X in AIPL1 gene, 701dupACAGG(fs)?710X in CRB1 gene, IVS1+5G>C in CERKL gene, one previously reported mutation T49M in RDH12 gene.Mutation frequency survey of different populations for RDH12, CERKL, CRB1 and AIPL1 mutations showed that they account for 1-5 % of all LCA and arRP associated gene mutations. For this reason, these genes are not top candidates for mutation screening studies due to the low probability of mutation detection. Instead of screening these genes for mutations one at a time, there needs to be a preliminary screening of the whole genome in order to find the genes most likely responsible for the mutations. This approach is useful even in small families and index cases in identification of genes and disease causing pathogenic mutations for these hereditary eye diseases.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    131101

    Kalıtsal retina dejenerasyonlarının moleküler genetiği

    Molecular genetics of inherited retinal degenerations

    RIZA KÖKSAL ÖZGÜL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AY ÖĞÜŞ

  2. Tez No

    197207

    Kalıtsal retinal dejenerasyonların genetik analizi

    Genetic analysis of inherited retinal degenerations

    CEREN ACAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CİHAN ÖNER

  3. Tez No

    791165

    Kalıtsal retinal dejenerasyonlarda poli-ADP-riboz polimeraz (PARP) inhibitörlerinin olası nöroprotektif etkisinin incelenmesi

    Repurposing poly-adp-ribose polymerase (PARP) inhibitors for possible neuroprotective effects in hereditary retinal degenerations

    PAKİZE NUR AKKAYA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Histoloji ve EmbriyolojiGazi Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÇİĞDEM ELMAS

    DR. AYŞE SAHABOĞLU

  4. Tez No

    164391

    Kangal ırkı köpeklerde retinal dejenerasyonların insidansının klinik yönden araştırılması

    Incidence and ophthalmoscopic findings of retinal degenerations in anatolian (karabash) dogs

    NEBAHAT SELİM

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Veteriner HekimliğiAnkara Üniversitesi

    Cerrahi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. PERRAN GÖKÇE

  5. Tez No

    743057

    Otozomal resesif geçişli retinitis pigmentosa' nın patolojisinden sorumlu rpe65 geni' nin moleküler analizi

    Molecular analysis of rpe65 gene in charge of pathology of autosomal recessive inherited retinitis pigmentosa

    ÖZGE SARICA YILMAZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Tıbbi BiyolojiCelal Bayar Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NURAY ALTINTAŞ

Geri Dön