Geri Dön

Identification of key transcription factors in glucose sensing pathway in S. cerevisiae

S. cerevisiae?da glikoz algılama yolizindeki anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi

  1. Tez No: 270440
  2. Yazar: EBRU ALAZİ
  3. Danışmanlar: PROF. BETÜL KIRDAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 202

Özet

Glikoz, Saccharomyces cerevisiae'da en çok tercih edilen karbon kaynağıdır. Bu çalışmada, S. cerevisiae'da genom ölçekli bir yazılım düzenleyici ağ oluşturulmuş ve bu ağ S. cerevisiae'nın glikoz algılama yolizi mutantlarının literatürde mevcut olan gen ekspresyonu verisi ile bütünleştirilerek anahtar yazılım etmenleri (etraflarındaki gen ekspresyonunda, çevresel ve genetik pertürbasyonlara tepki olarak önemli toplu bir değişim meydana gelen yazılım etmenleri) belirlenmiştir. Anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi, hücrede başlatılan düzenleyici mekanizmaları ve olası biyolojik göstergeleri, yazılım etmenlerinin yazılım düzeylerinde değişim gözlenmese de gösterir. Kullanılan yaklaşımla belirlenmiş biyolojik olarak anlamlı anahtar yazılım etmenleri S. cerevisiae'nın glikoz algılamasını kontrol eden yazılım düzenleyici mekanizmaya ışık tutmuştur. Örneğin, ?SNF1'da belirlenen anahtar yazılım etmenleri, kullanılan yaklaşımın ve geniş genom ölçekli bir yazılım düzenleyici ağın verimliliğini vurgulayarak, Snf1p'in öngörülen rolünü açığa çıkarmıştır. Bu çalışmada, anahtar yazılım etmenleri belirlendikten sonra, anahtar yazılım etmenleri ile onların aynı değişimlere istatistiksel olarak anlamlı yanıt veren hedef genleri birbirlerine bağlanarak, değişimlere yanıt veren altağlar da oluşturulmuştur. Anahtar yazılım etmenlerinin, değişimlere istatistiksel olarak anlamlı yanıt verip vermediklerine dayanarak, yazılım etmenlerinin başlıca yazılım sırasında mı yoksa başlıca yazılım sonrası mı düzenlendikleri araştırılmıştır.

Özet (Çeviri)

In this study, a genome-scale transcriptional regulatory network (TRN) in S. cerevisiae was constructed and integrated with the transcriptome data available in literature for the mutants of the glucose signaling pathway of S. cerevisiae to identify key transcription factors (transcription factors around which a considerable collective change in the expression of the genes occur in response to environmental and genetic perturbations). Identification of key transcription factors demonstrates the regulatory mechanisms invoked in the cell and potential biomarkers, without a priori requirement of change in the transcription level of the transcription factors. Biologically meaningful key transcription factors identified with this approach shed light on the transcriptional regulatory mechanism controlling the glucose signaling in S. cerevisiae. For example, key transcription factors identified in ?SNF1 reveal the predicted role of Snf1p kinase, highlighting the effectiveness of the approach used and a large genome-scale TRN. In this study, after the key transcription factors were identified, the perturbation-responsive subnetworks were constructed by interconnecting key transcription factors and their differentially expressed target genes responsive to the same perturbation. Based on whether the key transcription factors have their differential expression changed significantly, it was investigated if the transcription factors are regulated mainly transcriptionally or mainly post-transcriptionally.

Benzer Tezler

  1. Integrated analysis of drug resistance in Saccharomyces cerevisiae and identification of key transcription factors involved in drug resistance

    Saccharomyces cerevısiae?da ilaç direncinin bütünleştirilmiş analizi ve ilaç direncine dahil olan anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi

    ŞEBNEM ÖÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BETÜL KIRDAR

  2. The use of different statistical tools in the identification of perturbation-responsive transcription factors in yeast

    Değişimlere yanıt veren transkripsiyonel faktörlerin belirlenmesinde istatistiksel araçların kullanımı

    NİL ÇINAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    BiyoistatistikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BETÜL KIRDAR

  3. Identification of perturbation-responsive key transcription factors in transcriptional regulatory networks

    Transkripsiyonel düzenleyici ağlarda genetik ve çevresel değişimlere en anlamlı yanıt veren transkripsiyon faktörlerinin saptanması

    FATMA BESTE KINIKOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. BETÜL KIRDAR

    PROF.DR. ZEYNEP İLSEN ÖNSAN

  4. Akut myeloid lösemide epigenetik ajanlarin 'Epitelyal Mezenkimal Geçiş - EMT' transkripsyon faktörleri üzerindeki etkisinin araştırılması

    Investigating the effect of epigenetic agents on Epithelial Mesenchymal Transition (EMT) transcription factors in acute myeloid leukemia

    BOUBACAR BALDE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Tıbbi BiyolojiEge Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BURÇİN KAYMAZ

  5. Deri dokusunda insizyon yarası oluşturulmuş sıçanlarda (rattus norvegicus) yara iyileşmesiyle ilişkili bazı mikroRNA ekspresyon düzeylerinin analazi

    Analysis of some microRNA expression levels associated with wound healing in rats (rattus norvegicus) with skin incision wound

    BUKET KALFA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Tıbbi BiyolojiMersin Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET EMİN ERDAL