Identification of key transcription factors in glucose sensing pathway in S. cerevisiae
S. cerevisiae?da glikoz algılama yolizindeki anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi
- Tez No: 270440
- Danışmanlar: PROF. BETÜL KIRDAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 202
Özet
Glikoz, Saccharomyces cerevisiae'da en çok tercih edilen karbon kaynağıdır. Bu çalışmada, S. cerevisiae'da genom ölçekli bir yazılım düzenleyici ağ oluşturulmuş ve bu ağ S. cerevisiae'nın glikoz algılama yolizi mutantlarının literatürde mevcut olan gen ekspresyonu verisi ile bütünleştirilerek anahtar yazılım etmenleri (etraflarındaki gen ekspresyonunda, çevresel ve genetik pertürbasyonlara tepki olarak önemli toplu bir değişim meydana gelen yazılım etmenleri) belirlenmiştir. Anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi, hücrede başlatılan düzenleyici mekanizmaları ve olası biyolojik göstergeleri, yazılım etmenlerinin yazılım düzeylerinde değişim gözlenmese de gösterir. Kullanılan yaklaşımla belirlenmiş biyolojik olarak anlamlı anahtar yazılım etmenleri S. cerevisiae'nın glikoz algılamasını kontrol eden yazılım düzenleyici mekanizmaya ışık tutmuştur. Örneğin, ?SNF1'da belirlenen anahtar yazılım etmenleri, kullanılan yaklaşımın ve geniş genom ölçekli bir yazılım düzenleyici ağın verimliliğini vurgulayarak, Snf1p'in öngörülen rolünü açığa çıkarmıştır. Bu çalışmada, anahtar yazılım etmenleri belirlendikten sonra, anahtar yazılım etmenleri ile onların aynı değişimlere istatistiksel olarak anlamlı yanıt veren hedef genleri birbirlerine bağlanarak, değişimlere yanıt veren altağlar da oluşturulmuştur. Anahtar yazılım etmenlerinin, değişimlere istatistiksel olarak anlamlı yanıt verip vermediklerine dayanarak, yazılım etmenlerinin başlıca yazılım sırasında mı yoksa başlıca yazılım sonrası mı düzenlendikleri araştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, a genome-scale transcriptional regulatory network (TRN) in S. cerevisiae was constructed and integrated with the transcriptome data available in literature for the mutants of the glucose signaling pathway of S. cerevisiae to identify key transcription factors (transcription factors around which a considerable collective change in the expression of the genes occur in response to environmental and genetic perturbations). Identification of key transcription factors demonstrates the regulatory mechanisms invoked in the cell and potential biomarkers, without a priori requirement of change in the transcription level of the transcription factors. Biologically meaningful key transcription factors identified with this approach shed light on the transcriptional regulatory mechanism controlling the glucose signaling in S. cerevisiae. For example, key transcription factors identified in ?SNF1 reveal the predicted role of Snf1p kinase, highlighting the effectiveness of the approach used and a large genome-scale TRN. In this study, after the key transcription factors were identified, the perturbation-responsive subnetworks were constructed by interconnecting key transcription factors and their differentially expressed target genes responsive to the same perturbation. Based on whether the key transcription factors have their differential expression changed significantly, it was investigated if the transcription factors are regulated mainly transcriptionally or mainly post-transcriptionally.
Benzer Tezler
- Integrated analysis of drug resistance in Saccharomyces cerevisiae and identification of key transcription factors involved in drug resistance
Saccharomyces cerevısiae?da ilaç direncinin bütünleştirilmiş analizi ve ilaç direncine dahil olan anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi
ŞEBNEM ÖÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- The use of different statistical tools in the identification of perturbation-responsive transcription factors in yeast
Değişimlere yanıt veren transkripsiyonel faktörlerin belirlenmesinde istatistiksel araçların kullanımı
NİL ÇINAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
BiyoistatistikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- Identification of perturbation-responsive key transcription factors in transcriptional regulatory networks
Transkripsiyonel düzenleyici ağlarda genetik ve çevresel değişimlere en anlamlı yanıt veren transkripsiyon faktörlerinin saptanması
FATMA BESTE KINIKOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. BETÜL KIRDAR
PROF.DR. ZEYNEP İLSEN ÖNSAN
- Akut myeloid lösemide epigenetik ajanlarin 'Epitelyal Mezenkimal Geçiş - EMT' transkripsyon faktörleri üzerindeki etkisinin araştırılması
Investigating the effect of epigenetic agents on Epithelial Mesenchymal Transition (EMT) transcription factors in acute myeloid leukemia
BOUBACAR BALDE
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURÇİN KAYMAZ
- Deri dokusunda insizyon yarası oluşturulmuş sıçanlarda (rattus norvegicus) yara iyileşmesiyle ilişkili bazı mikroRNA ekspresyon düzeylerinin analazi
Analysis of some microRNA expression levels associated with wound healing in rats (rattus norvegicus) with skin incision wound
BUKET KALFA
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiMersin ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET EMİN ERDAL