Identification of perturbation-responsive key transcription factors in transcriptional regulatory networks
Transkripsiyonel düzenleyici ağlarda genetik ve çevresel değişimlere en anlamlı yanıt veren transkripsiyon faktörlerinin saptanması
- Tez No: 196850
- Danışmanlar: PROF.DR. BETÜL KIRDAR, PROF.DR. ZEYNEP İLSEN ÖNSAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
ÖZETÖkaryot hücrelerde, çoğu genin ekspresyonunun, aktivite seviyeleri genetik veyaçevresel değişimlere yanıt olarak değişen çeşitli geçici ya da kalıcı transkripsiyon faktörleritarafindan düzenlendiği bilinmektedir. Günümüzde değişimlere verilen yanıtların altındayatan karmaşık mekanizmayı keşfetmek büyük bir mücadeledir. Bu yüksek lisans tezinde,Saccharomyces cerevisiae' deki genetik ve çevresel değişimlere en anlamlı şekilde yanıtveren transkripsiyon faktörleri (etraflarında en anlamlı transkripsiyon değişimleri meydanagelen transkripsiyon faktörleri) varsayıma dayalı bir algoritma ile belirlenmiştir. Varolanyaklaşımlardan farklı olarak, bu tezde önerilen yaklaşım transkripsiyon faktörlerininaktivitelerini belirlemede ağ yapısını kullanmaktadır. Bu çalışma çerçevesinde, S.cerevisiae' de çok kapsamlı bir transkripsiyonel düzenleyici ağ oluşturuldu ve genekspresyonu verisi ile bütünleştirildi. Maya verisinin analizi, kullanılan metodundeğişimlere en anlamlı şekilde yanıt veren transkripsiyon faktörlerini belirlemede başarılıolduğunu göstermektedir. Buna ek olarak, bu metodla transkripsiyon faktörlerinin şartlarabağlı/geçici davranışları ile ilgili değerli bilgiler elde edilebilmiştir. Bu tez çalışmasında,değişimlere yanıt veren transkripsiyon faktörleri bulunduktan sonra değişimlere yanıtveren altağların da ortaya çıkarılabileceği gösterilmiştir. Altağlar değişimlere en anlamlıyanıt veren transkripsiyon faktörleri ve aynı değişimlere en anlamlı yanıt veren hedefgenlerin birbirlerine bağlanmaları ile oluşturulmuştur. laveten, değişimlere en anlamlıyanıt veren her bir transkripsiyon faktörü için, aday hedef genleri öngörülmüştür (bu genlerve transkripsiyon faktörleri arasındaki etkileşimler henüz deneysel olarakkanıtlanmamıştır). Bu genler, transkripsiyon faktörleri ile aynı değişimlere yanıt vermişolup aynı zamanda bu genlerde transkripsiyon faktörlerinin bağlanma yerleribulunmaktadır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACTIDENTIFICATION OF PERTURBATION-RESPONSIVE KEYTRANSCRIPTION FACTORS IN TRANSCRIPTIONALREGULATORY NETWORKSIn eukaryotic cells, most genes are found to be regulated by various temporary andpermanent transcription factors whose activity levels change as response to perturbations.Discovering the underlying mechanism of complex cellular processes and responses toperturbations is a major challenge in post-genomic research. In this M.S. study, so-called`key? transcription factors (transcription factors around which the most significanttranscriptional changes occur) responding significantly to genetic and environmentalperturbations were identified in yeast Saccharomyces cerevisiae by an algorithm based onhypothesis-driven data analysis. In contrast to existing approaches, the proposed approachuses network topology for determining the activity levels of transcription factors. Theidentification of the perturbation-responsive key transcription factors provides a dynamicperspective of transcriptional regulation which has central role in cellular function andstructure. An extensive genome-scale map of transcriptional regulatory network in S.cerevisiae was constructed and integrated with gene expression data. The analysis of yeastdata suggests that the method is capable of successfully identifying perturbation-responsivekey transcription factors and it provides valuable information about transcription factorsand their conditional/temporal behavior. In this study, it was also showed that once the keytranscription factors are identified, the perturbation-responsive subnetworks might berevealed by interconnecting the key transcription factors and their target genesdifferentially expressed when the same perturbation is introduced. Furthermore, for eachkey transcription factor, its best candidate target genes were predicted (their regulatoryinteractions are not experimentally justified yet), which are differentially expressed afterthe same perturbations and their promoter regions contain bindig site(s) for the keytranscription factor.
Benzer Tezler
- The use of different statistical tools in the identification of perturbation-responsive transcription factors in yeast
Değişimlere yanıt veren transkripsiyonel faktörlerin belirlenmesinde istatistiksel araçların kullanımı
NİL ÇINAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
BiyoistatistikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- Identification of key transcription factors in glucose sensing pathway in S. cerevisiae
S. cerevisiae?da glikoz algılama yolizindeki anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi
EBRU ALAZİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. BETÜL KIRDAR
- Integrated analysis of drug resistance in Saccharomyces cerevisiae and identification of key transcription factors involved in drug resistance
Saccharomyces cerevısiae?da ilaç direncinin bütünleştirilmiş analizi ve ilaç direncine dahil olan anahtar yazılım etmenlerinin belirlenmesi
ŞEBNEM ÖÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BETÜL KIRDAR
- Perturbation-response and noise dynamics in proteins and representation learning for biomolecular simulations
Proteinlerde pertürbasyon-tepki ve gürültü dinamiği ve biyomoleküler simülasyonlarda temsil öğrenme
YASEMİN BOZKURT VAROLGÜNEŞ
Doktora
İngilizce
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPER DEMİR
- Revealing the dynamic changes induced by various peptides on TCR-pMHC via molecular dynamics simulation techniques
TCR-pMHC'de çeşitli peptidlerin neden olduğu dinamik değişimlerin moleküler dinamik simülasyon teknikleri ile ortaya çıkarılması
ELİF NAZ BİNGÖL AKSOY
Doktora
İngilizce
2024
BiyofizikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PEMRA ÖZBEK SARICA