Çukurova bölgesinde izole edilen akciğer tüberkülozlu hastalara ait Mycobacterium tuberculosis suşlarının Spoligotyping ve Mycobacterial İnterspersed Repetetive Unit-Variable Number Of Tandem Repeat (MIRU-VNTR)) yöntemiyle tiplendirilmesi
Genotyping of Mycobacterium Tuberculosis strains isolated from pulmonary tuberculosis patients by Spoligotyping and MIRU-VNTR (Mycobacterial İnterspersed Repetitive Unit-Variable Number of Tandem Repeat) methods in cukurova region
- Tez No: 271599
- Danışmanlar: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: MIRU-VNTR, Mycobacterium tuberculosis, Spoligotyping, MIRU-VNTR, Mycobacterium tuberculosis, Spoligotyping
- Yıl: 2010
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Amaç: Tüberküloz gelişmekte olan tüm dünyada görülen ve giderek önem kazanan halk sağlığı problemleri arasındadır. HIV epidemisi ile birlikte gelişmiş ülkelerde de yeniden artış trendine giren Mycobacterium tuberculosis enfeksiyonlarının kontrolünde; yeni, daha hızlı, ucuz, sensitif ve spesifik tanı yöntemleri ile daha etkili anti-tüberküloz ilaçların yaratılması ve mikroorganizmanın toplum içerisindeki hareketleri ile bulaş yollarının tespitine imkan sağlayacak genom düzeyinde tanımlama yapabilen epidemiyolojik yöntemlerin geliştirilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Özellikle riskli bölgelerde tüberküloz epidemiyolojisi ile ilgili Spoligotyping ve Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit (MIRU) - Variable Number Tandem Repeats (VNTR) yöntemleri gibi moleküler bazlı yöntemlerin kullanıldığı birçok araştırma yapılmasına rağmen, ülkemizde ve bölgemizde Mycobacterium tuberculosis'in epidemiyolojik özelliklerini tespite yönelik çalışma yok denecek kadar azdır. Bu çalışma ile moleküler epidemiyolojik yöntemler kullanılarak Mycobacterium tuberculosis'in Çukurova bölgesindeki epidemiyolojik özelliklerinin tespiti amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ocak 2007- Haziran 2010 yılları arasında Çukurova bölgesinde bulunan farklı hastane ve verem savaş dispanserlerinden akciğer tüberkülozu veya temas kuşkusu ile laboratuarımıza gönderilen hastalara ait klinik materyalden izole edilen 467 Mycobacterium tuberculosis kompleks suşu dahil edilmiştir. Suşlar klonal düzeyde tanı amacı ile Spoligotyping ve 12 lokus MIRU-VTR yöntemleri ile değerlendirilmiştir.Bulgular: Spoligotyping yöntemi ile 467 izolatın izolatın 443'ünün (% 94,9) 21 küme içerisinde yoğunlaştığı, 24'ünün (% 5,1) ise SpolDB4 veri bankasındaki suşlarla karşılaştırma sonucunda bilinen hiçbir kümeye uymayan orphan suşlar oldukları belirlenmiştir. Bölgemizde en yaygın olan ailenin 239 izolat (% 51,9) ile T1 ailesi olduğu bunu 54 izolat (% 11,5) ile LAM7 TUR ailesinin izlediği görülmüştür.Sonuç:Bu çalışma sonunda, ülkemizde yapılan 5 çalışmaya ait sonuçlardan farklı olarak bölgemizde LAM7 TUR ailesinin değil T1 ailesinin daha yaygın olduğu görülmüştür.
Özet (Çeviri)
Objectives: : Tuberculosis is one of the major public health issues in the developing countries of the world. In control of Mycobacterium tuberculosis, which has begun to increase together with the HIV epidemic in developed countries, specific diagnosis methods which is new, faster, cheap, sensetive and creation more effective anti-tuberculosis medicines, which can identify the public travel route and the transmission ways in genome level, epidemiological methods are required . Although there are many research methods based on the use of molecular methods like Spoligotyping and Mycobacterial interspersed Repetitive Units (MIRU) - Variable Number Tandem Repeats (VNTR) especially in high risk areas, there is not enough researches for determination of epidemiological characteristics of Mycobacterium tuberculosis in our country and our region. With this study, identification of epidemiyologic features of Mycobacterium tuberculosis in the Cukurova Region by using moleculer epidemiyologic methods is aimed.Materials and Methods: In this study, 467 Mycobacterium tuberculosis complex strains isolated from the clinical materials of patients that have pulmoner tuberculosis or contact suspicious which were sent our laboratory from the different hospitals and Tuberculosis Dispansery in the Cukurova Region between the dates of January 2007 to June 2010 were used. Strains were evaluated with Spoligotyping and 12 loci MIRU-VNTR methods for clonal level diagnosis.Results: Among the 467 isolates for spoligotyping analysis, 443 (94,9 %) genotype was in 21 cluster, 24 (5,1 %) of these isolates described as orphan strains according to SpolDB4 database. Result of this study, 239 strains (51,9 %) belong to T1 genotype and 54 strains (11,5 %) belong to LAM7 TUR genotype are the most common families in our regionConclusion: According to this study, different from the results of 5 study in our country, T1 family is more common LAM7 TUR family.
Benzer Tezler
- Çukurova bölgesinde elde edilen Mycobacterium tuberculosis izolatlarının tür tayininde IS6110-RFLP yönteminin kullanılması
Molecular typing of Mycobacterium tuberculosis isolates from Çukurova area on IS6110 element polymorphism using RFLP analysis
AYŞE KARACALI
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Çukurova Bölgesindeki akciğer tüberkülozlu hastaların mononükleer hücrelerindeki mikrorna düzeylerinin incelenmesi
Detection of microrna levels in mononuclear cells from patients with pulmoner tuberculosis in Çukurova Region
FIRAT KARSLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Mycobacterium bovis izolatlarının MIRU - VNTR ve spoligotyping ile surveyansı
The surveillance of mycobacterium bovis isolates with MIRU - VNTR and spoligotyping
NEVİN TUZCU
Doktora
Türkçe
2013
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) mycobacterium tuberculosis izolatlarının filogenetik ilişkilendirilmesinde kullanılan IS6110, MIRU-VNTR ve spoligotyping yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparison of IS6110, MIRU-VNTR and spoligotyping methods which are used for associating of phylogenetic relations of multi drug resistant (MDR) mycobacterium tuberculosis isolates
GÜLFER YAKICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Çukurova bölgesinde izole edilen M. tuberculosis suşlarında rifamisin ve izoniazid direncinin yeni bir yöntem olan Multi - PCR - SSCP ile tespiti
Detection of rifampicine and isoniazide resistance in Mycobacterium tuberculosis with new method Multi̇ - PCR - SSCP in Çukurova regi̇on
M. BEGÜM KAYAR
Doktora
Türkçe
2010
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL