Geri Dön

Protein domain networks: Analysis of attack tolerance under varied circumstances

Protein domain ağları: Farklı koşullar altında saldırı toleransının analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 275847
  2. Yazar: ŞAZİYE DENİZ OĞUZ
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. HAKAN ÖKTEM
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Matematik, Mathematics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Uygulamalı Matematik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilimsel Hesaplama Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 107

Özet

Karmaşık ağların hatalar ve saldırılar karşısında nasıl davrandığı birçok bilim adamının ilgisini çekmektedir. Ağların dayanıklılığı üzerine çalışmalar birçok açıdan önemlidir. Örneğin, iletişim ağlarında bilgi akışının düzgün sağlanabilmesi için hatalara ve saldırılara karşı dayanıklılığının yüksek olması istenmektedir. Diğer yandan, ağları parçalamak için en az sayıda en onemli yapı taşlarını çıkartarak kısıtlı sayıda saldırı planlamak ilaç tasarımında onemli kullanım alanı bulmaktadır.WWW, internet, sosyal ağlar ve protein ağları gibi birçok gerçek ağların scale free topolojik yapısına sahip olduğu bulunmuştur. Son zamanlarda yapılan çalışmalarda bu ağların şaşırtıcı derecede hatalara karşı dayanıklı oldukları bulunurken diğer yandan scale free topolojik yapısına sahip olmalarından ötürü saldırılara karşı çok hassas oldukları gözlenmiştir. Bu durum bilimadanlarını bu tür özellik gösteren ağların saldırılara karşı dayanıklılığının nasıl arttırılabileceği sorusu ile karşı karşıya bırakmıştır.Bu tezde mayanın (S. cerevisiae) scale free topolojik yapıya sahip protein domain ağları üzerine calıştık. Çalışmalarımız sırasında Pfam veri bankasına ulaşmamazı sağlayan Biomart' taki verileri kullandık. Bu ağdan aynı bağlantı dağılımına sahip birçok ağ elde ettik. Aynı dağılıma sahip farklı ağların saldırılar altında aynı saldırı toleransını göstermemesi gerektiği varsayımı incelemek için bu birçok ağın saldıralar altında saldırı dayanaklılığını karşılaştırdık. Buna ek olarak, kaynakları daha iyi organize etttikçe aynı bağlantı dağılımına sahip ağların daha yüksek saldırı toleransına sahip olabileceği üzerinde durduk. Sonra, aynı bağlantı dağılımına sahip ağların saldırı toleransı değişimini kontrol ettik. Son olarak, yüksek ya da düşük saldırı toleransına sahip ağların varolması için evrimsel (gelişiminden kaynaklanan) bir mekanizma olup olmadığını baktık. Bütün bu araştırmaların sonucunda, aynı bağlantı dağılımına sahip ağların aynı saldırı toleransını göstermediği belirlendi. Ek olarak, kaynakları daha iyi organize etttikçe aynı bağlantı dağılımına sahip ağların daha yüksek saldırı toleransına sahip olduğu ve bununda yüksek saldırı toleransına sahip ağların varolması için evrimsel bir mekanizma olduğuna işaret ettiği sonucuna varıldı.

Özet (Çeviri)

Recently, there has been much interest in the resilience of complex networks to random failures and intentional attacks. The study of the network robustness is particularly important by several occasions. In one hand a higher degree of robustness to errors and attacks may be desired for maintaining the information flow in communication networks under attacks. On the other hand planning a very limited attack aimed at fragmenting a network by removal of minimum number of the most important nodes might have significant usage in drug design.Many real world networks were found to display scale free topology including WWW, the internet, social networks or regulatory gene and protein networks. In the recent studies it was shown that while these networks have a surprising error tolerance, their scale-free topology makes them fragile under intentional attack, leaving the scientists a challenge on how to improve the networks robustness against attacks.In this thesis, we studied the protein domain co-occurrence network of yeast which displays scale free topology generated with data from Biomart which links to Pfam database. Several networks obtained from protein domain co-occurrence network having exactly the same connectivity distribution were compared under attacks to investigate the assumption that the different networks with the same connectivity distribution do not need to have the same attack tolerances. In addition to this, we considered that the networks with the same connectivity distribution have higher attack tolerance as we organize the same resources in a better way. Then, we checked for the variations of attack tolerance of the networks with the same connectiviy distributions. Furthermore, we investigated whether there is an evolutionary mechanism for having networks with higher or lower attack tolerances for the same connectivity distribution. As a result of these investigations, the different networks with the same connectivity distribution do not have the same attack tolerances under attack. In addition to this, it was observed that the networks with the same connectivity distribution have higher attack tolerances as organizing the same resources in a better way which implies that there is an evolutionary mechanism for having networks with higher attack tolerance for the same connectivity distribution.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    436163

    Veri madenciliği tekniklerini kullanarak sosyal ağ tabanlı sınıflandırıcı geliştirilmesi

    Development of a classifier based on social network analysis using data mining techniques

    YUNUSCAN KOÇAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolTOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TANSEL ÖZYER

  2. Tez No

    232636

    Reconstruction of protein-protein and domain-domain interaction networks of Wnt signaling in C. Elegans

    Wnt sinyal ileti ağyapısının C. Elegans canlısında protein ve ilmik etkileşimlerinin yeniden kurulması

    MUHAMMED ENES ORUÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. KUTLU ÜLGEN

  3. Tez No

    400719

    Modelling, simulation, and inferring regulatory networks

    Başlık çevirisi yok

    MAKSAT ASHYRALYYEV

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolUniversiteit van Amsterdam

    Matematik Bilgisayar Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. D. C. VAN DEN BOOM

  4. Tez No

    752917

    Targeting bag-1S/C-raf interaction for therapeutic intervention in cancer

    Bag-1S/C-raf etkileşiminin kanserde terapötik bir yaklaşım olarak kullanılmak üzere hedeflenmesi

    ÖZGE TATLI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  5. Tez No

    401193

    Investigation of structural and functional properties of the betaine transporter BetP from Corynebacterium glutamicum by using infrared spectroscopy

    Başlık çevirisi yok

    GÜNNUR GÜLER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Fizik ve Fizik MühendisliğiJohann-Wolfgang-Goethe-Universität

    PROF. DR. WERNER MANTELE

Geri Dön