Computational design of a pentapeptide inhibitor for fibroblast growth factor receptor (FGFR3) IIIB
Fibroblast büyüme faktörü reseptörü (FGFR3) IIIB için hesaplamalı yöntemlerle pentapeptid inhibitör tasarımı
- Tez No: 276991
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Fibroblast büyüme faktörü reseptörü (FGFR) ligand bağlanması ile aktive olan hücre dışı bileşeninin dimerleştiği, tayrozin kinaz ailesine mensup bir hücre zarı proteinidir. FGFR3 IIIb ve IIIc olmak üzere iki izoform yapısına sahiptir. FGFR3 IIIb izoformu epitel hücrelerde yüksek miktarda üretilen bir protein olup; R248C mutasyonu seborrheik keratoz, deri nevüsü ve akantozis nigrikans gibi cilt hastalıklarına yol açar. Bu mutasyon, hücre içi sinyalizasyonu arttırarak deri hastalıklarına neden olan ligand bağımsız reseptör dimerleşmesine yol açar. R248C mutasyonunun neden olduğu hücresel sinyalizasyonu engellemek için, mutasyonu tanıyan ve dimerizasyon bölgesine bağlanan beşli bir peptid inhibitör tasarlanmıştır. Bu amaca yönelik olarak moleküler yerleştirme (docking) ve moleküler dinamik (MD) simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Bağlanma serbest enerjileri, çekme moleküler dinamik (SMD) ve Moleküler Mekanik Genelleştirilmiş Born Yüzey Alanı (MM-GBSA) metodları kullanılarak hesaplanmıştır. Bulunan beşli peptid, FGFR3 IIIb R248C mutasyonunun yol açtığı cilt hastalıkları için etkili bir ilaç adayı özelliği taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
Fibroblast growth factor receptor (FGFR) is a cell membrane protein, a member of tyrosine kinase family, which has extracellular domains activated by ligand binding, followed by receptor dimerization. FGFR3 has two isoforms, IIIb and IIIc. The IIIb isoforom of FGFR3 is a highly expressed epithelial cell protein, whose R248C mutation causes different kinds of dermatological diseases like seborrheic keratoses (SK), acanthosis nigricans (AN) and epidermal nevi (EN). This mutation leads to ligand independent receptor dimerization, which increases intracellular signaling, resulting in skin diseases. In order to prevent R248C mutation-caused cellular signaling, a pentapeptide ligand is designed that recognizes the mutation and binds to the receptor dimerization site. For this purpose molecular docking and molecular dynamics simulations are conducted. Binding free energy is calculated with Steered Molecular Dynamics (SMD) and Molecular mechanics ? Generalized Born Surface Area (MM-GBSA) methods. The found pentapeptide sequence appears to be a possible drug candidate for FGFR3 IIIb R248C mutation related skin diseases.
Benzer Tezler
- Peptide based inhibitor design for interleukin 1 beta (IL-1ß)
İnterlökin 1 beta (IL-1ß) için peptid kökenli inhibitör dizaynı
ECE BULUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyomühendislikKoç ÜniversitesiBiyokimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Computational design of a protein-based coenzyme A biosensor
Protein temelli bir koenzim A biyosensörünün hesaplamalı dizaynı
DİLŞAH NUR ELMACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyofizikSabancı ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANAN ATILGAN
- Computational design of a peptide inhibitor for amyloid beta (Aß) aggregation in alzheimer's disease
Alzheimer hastalığındaki amyloid beta birikimi için hesaplamalı olarak peptid inhibitör tasarlanması
GÖZDE ESKİCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyokimyaKoç ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURAK ERMAN
- Mimari tasarım stüdyosunda işlemsel tasarım ve ekoloji tabanlı bir yaklaşım önerisi
A proposal for a computational design and ecology based approach to architectural design studio
DERYA KARADAĞ
Doktora
Türkçe
2018
MimarlıkMimar Sinan Güzel Sanatlar ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA ZEYNEP AYGEN
DOÇ. ÇETİN TÜKER
- Computational design of reciprocal frame structures: Incorporating force variables into design process
Kuvvet değişkenlerinin tasarım sürecine katılması ile karşılıklı çerçeve strüktürlerinin hesaplamalı tasarımı
HANIM GÜLSÜM KARAHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEVİL YAZICI