Geri Dön

Computational design of a pentapeptide inhibitor for fibroblast growth factor receptor (FGFR3) IIIB

Fibroblast büyüme faktörü reseptörü (FGFR3) IIIB için hesaplamalı yöntemlerle pentapeptid inhibitör tasarımı

PDF İndir

  1. Tez No: 276991
  2. Yazar: MEHMET ALİ ÖZTÜRK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Moleküler dinamik, Molecular dynamic
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Fibroblast büyüme faktörü reseptörü (FGFR) ligand bağlanması ile aktive olan hücre dışı bileşeninin dimerleştiği, tayrozin kinaz ailesine mensup bir hücre zarı proteinidir. FGFR3 IIIb ve IIIc olmak üzere iki izoform yapısına sahiptir. FGFR3 IIIb izoformu epitel hücrelerde yüksek miktarda üretilen bir protein olup; R248C mutasyonu seborrheik keratoz, deri nevüsü ve akantozis nigrikans gibi cilt hastalıklarına yol açar. Bu mutasyon, hücre içi sinyalizasyonu arttırarak deri hastalıklarına neden olan ligand bağımsız reseptör dimerleşmesine yol açar. R248C mutasyonunun neden olduğu hücresel sinyalizasyonu engellemek için, mutasyonu tanıyan ve dimerizasyon bölgesine bağlanan beşli bir peptid inhibitör tasarlanmıştır. Bu amaca yönelik olarak moleküler yerleştirme (docking) ve moleküler dinamik (MD) simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Bağlanma serbest enerjileri, çekme moleküler dinamik (SMD) ve Moleküler Mekanik Genelleştirilmiş Born Yüzey Alanı (MM-GBSA) metodları kullanılarak hesaplanmıştır. Bulunan beşli peptid, FGFR3 IIIb R248C mutasyonunun yol açtığı cilt hastalıkları için etkili bir ilaç adayı özelliği taşımaktadır.

Özet (Çeviri)

Fibroblast growth factor receptor (FGFR) is a cell membrane protein, a member of tyrosine kinase family, which has extracellular domains activated by ligand binding, followed by receptor dimerization. FGFR3 has two isoforms, IIIb and IIIc. The IIIb isoforom of FGFR3 is a highly expressed epithelial cell protein, whose R248C mutation causes different kinds of dermatological diseases like seborrheic keratoses (SK), acanthosis nigricans (AN) and epidermal nevi (EN). This mutation leads to ligand independent receptor dimerization, which increases intracellular signaling, resulting in skin diseases. In order to prevent R248C mutation-caused cellular signaling, a pentapeptide ligand is designed that recognizes the mutation and binds to the receptor dimerization site. For this purpose molecular docking and molecular dynamics simulations are conducted. Binding free energy is calculated with Steered Molecular Dynamics (SMD) and Molecular mechanics ? Generalized Born Surface Area (MM-GBSA) methods. The found pentapeptide sequence appears to be a possible drug candidate for FGFR3 IIIb R248C mutation related skin diseases.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    297782

    Peptide based inhibitor design for interleukin 1 beta (IL-1ß)

    İnterlökin 1 beta (IL-1ß) için peptid kökenli inhibitör dizaynı

    ECE BULUT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    BiyomühendislikKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  2. Tez No

    276938

    Computational design of a peptide inhibitor for amyloid beta (Aß) aggregation in alzheimer's disease

    Alzheimer hastalığındaki amyloid beta birikimi için hesaplamalı olarak peptid inhibitör tasarlanması

    GÖZDE ESKİCİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyokimyaKoç Üniversitesi

    Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  3. Tez No

    759551

    Computational design of a protein-based coenzyme A biosensor

    Protein temelli bir koenzim A biyosensörünün hesaplamalı dizaynı

    DİLŞAH NUR ELMACI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyomühendislikSabancı Üniversitesi

    Malzeme Bilimi ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CANAN ATILGAN

  4. Tez No

    384929

    A research on the effects of the computational design on optimization of the louver systems of office buildings

    Ofis binalarındaki panjur sistemlerinin optimizasyonu sürecinde, bilgisayar destekli tasarımın etkileri üzerine bir çalışma

    FATİH GÜLPINAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilişim Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SİNAN MERT ŞENER

  5. Tez No

    639243

    Design and computational optimization of a kinetic facade

    Kinetik bir cephenin tasarımı ve hesaplamalı optimizasyonu

    MÜMİN BAYAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    MimarlıkYaşar Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FERAY MADEN

Geri Dön