Computational design of a pentapeptide inhibitor for fibroblast growth factor receptor (FGFR3) IIIB
Fibroblast büyüme faktörü reseptörü (FGFR3) IIIB için hesaplamalı yöntemlerle pentapeptid inhibitör tasarımı
- Tez No: 276991
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Fibroblast büyüme faktörü reseptörü (FGFR) ligand bağlanması ile aktive olan hücre dışı bileşeninin dimerleştiği, tayrozin kinaz ailesine mensup bir hücre zarı proteinidir. FGFR3 IIIb ve IIIc olmak üzere iki izoform yapısına sahiptir. FGFR3 IIIb izoformu epitel hücrelerde yüksek miktarda üretilen bir protein olup; R248C mutasyonu seborrheik keratoz, deri nevüsü ve akantozis nigrikans gibi cilt hastalıklarına yol açar. Bu mutasyon, hücre içi sinyalizasyonu arttırarak deri hastalıklarına neden olan ligand bağımsız reseptör dimerleşmesine yol açar. R248C mutasyonunun neden olduğu hücresel sinyalizasyonu engellemek için, mutasyonu tanıyan ve dimerizasyon bölgesine bağlanan beşli bir peptid inhibitör tasarlanmıştır. Bu amaca yönelik olarak moleküler yerleştirme (docking) ve moleküler dinamik (MD) simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Bağlanma serbest enerjileri, çekme moleküler dinamik (SMD) ve Moleküler Mekanik Genelleştirilmiş Born Yüzey Alanı (MM-GBSA) metodları kullanılarak hesaplanmıştır. Bulunan beşli peptid, FGFR3 IIIb R248C mutasyonunun yol açtığı cilt hastalıkları için etkili bir ilaç adayı özelliği taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
Fibroblast growth factor receptor (FGFR) is a cell membrane protein, a member of tyrosine kinase family, which has extracellular domains activated by ligand binding, followed by receptor dimerization. FGFR3 has two isoforms, IIIb and IIIc. The IIIb isoforom of FGFR3 is a highly expressed epithelial cell protein, whose R248C mutation causes different kinds of dermatological diseases like seborrheic keratoses (SK), acanthosis nigricans (AN) and epidermal nevi (EN). This mutation leads to ligand independent receptor dimerization, which increases intracellular signaling, resulting in skin diseases. In order to prevent R248C mutation-caused cellular signaling, a pentapeptide ligand is designed that recognizes the mutation and binds to the receptor dimerization site. For this purpose molecular docking and molecular dynamics simulations are conducted. Binding free energy is calculated with Steered Molecular Dynamics (SMD) and Molecular mechanics ? Generalized Born Surface Area (MM-GBSA) methods. The found pentapeptide sequence appears to be a possible drug candidate for FGFR3 IIIb R248C mutation related skin diseases.
Benzer Tezler
- Türkçenin yabancı dil olarak öğretiminde orta seviye (B1 - B2 Düzeyi) hedef sözcük belirleme çalışması
Determining the word study objectives in intermediate level (B1 - B2 Level) in teaching Turkish as a foreign language
BAYRAM BOZKURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
DilbilimMarmara ÜniversitesiTürkçe Eğitimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEHMET ALİ EROĞLU
- Secure and efficient biometric authentication based on advanced cryptographic primitives
Gelismiş kriptografik öğelere dayalı güvenli ve verimli biyometrik kimlik doğrulama
ZİYA ALPER GENÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Şehir ÜniversitesiBilgisayar Ana Bilim Dalı
DR. MEHMET SABIR KİRAZ
DR. OSMANBEY UZUNKOL
- Low-Complexity Supervised Learning for Gesture and Shape Recognition
Hareket ve Şekil Tanıma için Az Karmaşıklıklı Gözetimli Öğrenme
SAİT ÇELEBİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Şehir ÜniversitesiElektronik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TARIK ARICI
- AO* and Penalty Based Algorithms for the Canadian Traveler Problem
Kanadalı Gezgin Problemi İçin AO* ve Ceza Tabanlı Algoritmalar
ÖMER FURKAN ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Şehir ÜniversitesiEndüstri ve Sistemler Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VURAL AKSAKALLI
- Jeotermal uygulamalardaki plakalı tip bir ısı değiştiricinin çeşitli plaka kaplamaları için çalışma performansının sayısal incelenmesi
Numerical analysis of operating performance for various plate coatins of a plate type heat exchanger in geothermal applications
KUTAY AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
EnerjiMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiEnerji Sistemleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ KEÇEBAŞ