Development of a web application/database for the integrative analysis of microRNA expression
MikroRNA ifade örüntülerinin bütünleştirici analizi için ağ aracı/veri tabanı geliştirilmesi
- Tez No: 285745
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ÖZLEN KONU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Genetik, Biostatistics, Genetics
- Anahtar Kelimeler: mESAdb, veritabanı, mikroRNA, dizi, gen ifade very setleri, very madenciliği, çok değişkenli analiz, referans isimlendirme veritabanları, HuGE, KEGG, CHRNA5, östrojen duyargaçı, hepatosellüler karsinom and meme kanseri, mESAdb, database, microRNA, sequence, expression data sets, data mining, multivariate analysis, annotation databases, HuGE, KEGG, CHRNA5, estrogen receptor, hepatocellular carcinoma and breast cancer
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 160
Özet
mikroRNA'lar protein kodlamayan, küçük ve hücrelerdeki mekanizmalarda önemli rolleri olan RNA molekülleri olup genellikle mesajcı RNA'ların protein kodlamayan 3' bölgesine kısmi baz eşlemesi yoluyla bağlanır ve onların proteine çevrilmesine engel olur. Bu nedenle dizilerinde benzerlik gösteren mikroRNA'lar fonksiyonel ve/veya ifade düzeyi olarak da benzerlik gösterebilirler. Bu çalışmada, değişik taksonlardan gelen mikroRNA'ların dizi ve ifadelerinin çok değişkenli analizlerini yapmak için modüler bir araç/veritabanı olan mESAdb (http://konulab.fen.bilkent.edu.tr/mirna/) geliştirilmiştir. Omurgası, PHP, JavaScript, R paketleri ve ağırlıklı olarak, insan, fare ve zebrabalığı için, mikroRNA'ların olgun dizilerini, onların hedef genlerini ve seçilmiş mikrodizin veri setlerini depolayan bir veritabanından oluşur. mESAdb üç önemli kullanıma olanak verir: (i) dizi motifi veya seçilen mikroRNA'lar ile ifade veri madenciliği; (ii) taxonlar arası ikili veri setlerinin çok değişkenli analizi; (iii) mikroRNA gruplarının referans isimlendirme veri tabanları, örneğin HuGE, KEGG ve GO, ile ilişkilendirilmesi. mESAdb kullanıcıların özgün ifade veri setlerini yükleyip analiz etmelerine de izin vermektedir. Bu çalışmada, mESAdb kullanımı değişik veri setleri ve örnek durumlar ile anlatılmıştır. İlk olarak, embriyoya özgü kök hücre mikroRNA çekirdek dizisi AAGTGC'yi taşıyan mikroRNA'ların, GSE10694 veri seti kullanılarak, hepatosellüler karsinom hastalarından alınan tümörlü ve normal karaciğer dokularını ayrıştırabildiği gösterildi. İkinci olarak, karaciğere özgün bir gurup mikroRNA'nın hedef aldığı mRNA'lar HuGE Navigator veri tabanı esas alınarak insan hastalıklarına ait referans terimlerle ilişkilendirildi. Üçüncü olarak, seçilen bir gurup mikroRNA, insan ve fare için doku iyeliği bakımından karşılaştırıldı. Dördüncü olarak, GSE15885 veri-seti kullanılarak, CHRNA5 genini hedef alan mikroRNA'lar östrojen duyargaç (ER) gen ifadesi bakımından farklılık gösteren meme kanseri örnekleri ile ilişkilendirildi. Son olarak, mESAdb ile benzer omurga kullanılarak mRNA dizin çalışmalarının analizi için tasarlanan ve yapımı devam eden bir başka çalışma tanıtıldı.
Özet (Çeviri)
microRNAs, small non-coding RNA molecules with important roles in cellular machinery, target mRNAs for silencing by binding generally to their 3? UTR sequences via partial base complementation. Thus, microRNAs with similar sequences also might exhibit expression and/or functional similarities. In this study, a modular tool, mESAdb (http://konulab.fen.bilkent.edu.tr/mirna/), was developed allowing for multivariate analysis of sequences and expression of microRNAs from multiple taxa. Its framework comprises PHP, JavaScript, packages in the R language, and a database storing mature microRNA sequences along with microRNA targets and selected expression data sets for human, mouse and zebrafish. mESAdb allows for: (i) mining of microRNA expression data sets for subsets of microRNAs selected manually or by a sequence motif; (ii) pair-wise multivariate analysis of expression data sets within and between taxa; and (iii) association of microRNA subsets with annotation databases, HuGE Navigator, KEGG and GO. mESAdb also permits user specified dataset upload for these analyses. Herein, utility of mESAdb was illustrated using different datasets and case studies. First, it was shown that microRNAs carrying the embryonic stem cell specific seed sequence, `AAGTGC?, were able to discriminate between normal and tumor tissues from hepatocellular carcinoma patients using dataset GSE10694. Second, mRNA targets of a set of liver specific microRNAs were annotated with human diseases based on HuGE Navigator. Third, the similarity between mouse and human tissue specificity of a given set of microRNAs was demonstrated. Forth, CHRNA5 targeting microRNAs were associated with estrogen receptor status in breast cancer using dataset GSE15885. Finally, a related tool under development for mRNA arrays planned for integration with mESAdb was presented.
Benzer Tezler
- Çoklu-proje ortamında web-tabanlı bütünleşik yapım yönetim sistemi modeli
Web-based integrated construction management system model in multi-project environment
İBRAHİM YİTMEN
Doktora
Türkçe
2002
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ATTİLA DİKBAŞ
- İnşaat firmalarında bilgi yönetimi
Başlık çevirisi yok
AHMET ALTUNBAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiBina Yapım Yönetimi Bilim Dalı
PROF. DR. YILDIZ SEY
- Enhancement of situational awareness in physical security using mixed reality
Fiziksel güvenlikte karma gerçeklikle durumsal farkındalığın artırılması
NAZIM YİĞİT KAVASOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖKHAN İNCE
- An improved spatio-relational database design for urban conservation and its performance analysis
Kentsel koruma için iyileştirilmiş bir mekan-ilişkisel veritabanı tasarımı ve performans değerlendirmesi
BURAK BALCIOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Bilim ve TeknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeodezi ve Coğrafi Bilgi Teknolojileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET COŞAR
DOÇ. DR. AYŞE GÜLİZ BİLGİN ALTINÖZ
- Web uygulamalarında farklı verim tabanı erişim yöntemlerinin karşılaştırılması ve performans analizinin çıkarılması
Comparison of different database access methods in web applications and performance analyisis
CEM ÇUHADAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolTrakya ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. CAVİT TEZCAN