Cloning, characterization and expression of a novel metallothionein gene (mt-d) from Triticum durum
Triticum durum'dan yeni bir metalotionin (mt-d) klonlanması, karakterizasyonu ve gen anlatımı
- Tez No: 184160
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZEHRA SAYERS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 100
Özet
ÖZETmt-d ve mt-a olarak isimlendirilen iki farklı metallothionein geni buğday(T.aestivum ve T.durum) genomik DNAsında belirlenerek karakterize edilmiştir.Karşılaştırmalı olarak bakıldığında mt-d ve mt-a genlerinin 416 ve 399 nükleotide sahipolduğu belirlenmiştir. İki genin nükleik asit düzeyinde birbirleriyle %95 benzerliğesahip oldukları gösterilmiştir. Dizi analizi sonuçunda bu farkın T.durum' un intronbölgesinde bulunan 2 ekstra TTTTTA tekrarından kaynaklandığını belirlenmiştir.mt-genlerini kodlayan cDNA'ler RT-PCR yöntemi kullanılarak belirlenmiştir.Gen dizi algorithmaları hem mt-a hem de mt-d cDNA'larının açık okuma bölgelerinin75 amino asiti amino ve karboksi- uçlarının Cys-X-Cys motifine sahip olacak şekildekodladıklarını göstermektedir. mt-d ve mt-a genlerinden elde edilen amino acid dizileriSınıf II Tip 1 grubunda yer alan diğer MT proteinleri ile dikkat çekici bir benzerlikgöstermektedir. Ayrıca bu iki gen protein düzeyinde birbirlerine 100% benzerlikgöstermektedirler. Bu sonuçlarında belirttiği gibi T.durum'dan elde edilen mt-d geni?yeni bir tip 1? MTdir.Durum MT protein (dMT)'in ekspresyonu, lokalizasyonu ve diğer proteinler ileolan etkileşmlerin araştırılması için yapılacak ileriki çalışmalar için mt-d geni pGFPuvvectörünün 5' coklu klonlama bölgesine eklenmiştir. Klonlamanın doğrulanması enzimkesim analizleri ve dizi analizi sonuçlarına bakılarak yapılmıştır. Ancak, ne doğrudanGFP ekspresyonu ile ne de SDS-PAGE analizi ile mt-d genin ekpresyonugözlenememiştir. Detaylı bir dizi analizi bu probleme GFPuv kodlama dizisi üzerindeoluşan bir nokta mutasyonunun sebep olduğunu göstermiştir. Nokta mutasyonu erkenbir sonlanma kodonu oluşmasına, bu da füzyon proteininin erken sonlanmasına sebepolmuştur.Burada sunulan sonuçlar ile T.durum da metallothionein genin varlığıgösterilmiştir.GFP kullanarak meydana getirilen füzyon proteinin ekspresyonçalışmalarında başarısız olunsa da bu amaçın takip edilmesi ve ekspresiyonda başarısağlanması metallothioneinin bitki sistemlerindeki gerçek rolüne ışık tutması açısındançok önemlidir..
Özet (Çeviri)
ABSTRACTTwo different metallothionein genes, labelled as mt-d and mt-a were identified inwheat (Triticum durum and Triticum aestivum) genomic DNA sequences werecharacterized. mt-d and mt-a, were found to contain 416 and 399 nucleotides,respectively. Nucleic acid sequence alignment showed 95 % similarity between thetwo. Sequencing results showed that the difference resulted from two extra TTTTTArepeats in the intron regions.cDNAs encoding mt-genes were identifed by RT-PCR. Gene alignmentalgorithms strongly suggested that both of these cDNAs (mt-a and mt-d) encoded anopen reading frame of 75 amino acids with two cysteine-rich domains featuring Cys-X-Cys motifs at the amino- and carboxy termininus. The deduced amino acid sequences ofmt-a and mt-d genes show striking similarity to the MT-like proteins described withinthe Class II as Type 1 MTs and showed 100 % similarity with each other as deducedfrom cDNA sequencing results. These results indicate that mt-d from T.durum forms a?novel type 1? MT.For further studies of mt-d expression, localization of the durum metallothioneinprotein (dMT) and its interactions with other proteins mt-d gene was inserted into the 5?MCS of pGFPuv vector. Verification was based on sequence data and restrictionenzyme analysis. However, expression could not be validated by neither by visualdetection of GFP expression nor by SDS-PAGE analysis. A more detailed sequenceanalysis indicated that the problem was due to a point mutation within the codingsequence of the GFPuv, resulting in a stop codon and premature termination of thefusion protein.Results presented here show the presence of metallothionein gene in the wheatTriticum durum. Although our attempts to express the gene as a fusion protein togetherwith GFP to facilitate its localization in different systems was not successful it will beimportant in future studies to pursue this goal and achieve expression of labelled proteinin plant systems to gain insights into its exact function in plants.
Benzer Tezler
- Cloning, characterization and expression of a novel metallothionein gene from triticum durum and theoretical and experimental structure-function relationship prediction
Triticum durum'dan yeni bir melotionin geninin klonlanması karakterizasyonu ve gen anlatımı; ve teorik ve deneysel yapı-fonksiyon ilişki tahmini
KIVANÇ BİLECEN
- Isolation and characterization of a novel tyrosinase enzyme from native bacterial straine, production of the enzyme by cloning, characterization of the recombinant enzyme and analysis of its biotechnological applications such as production of l-dopa and melanin
Doğal bakteri suşlarından tirozinaz enzim izolasyonu, karakterizasyonu, üretici genin klonlanması, rekombinant enzimin karakterizasyonu ve l-dopa ve melanin üretimi gibi biyoteknolojide kullanılabilirliği
EBRAHİM VALİPOUR
Doktora
İngilizce
2015
BiyolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURHAN ARIKAN
- Hypoderma bovis hypodermin rekombinant antijenlerinin karakterizasyonu, ekspresyon profilleri ve serolojik teşhisteki etkinliklerinin değerlendirilmesi
Characterization and expression profiles of hypoderma bovis hypodermin recombinant antigens and assesment of their serodiagnostic efficiencies
MÜBECCEL OKUR
Doktora
Türkçe
2020
ParazitolojiErciyes ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULLAH İNCİ
- Termofilik Anoxybacillus genensis G2 suşunun fruktoz-1,6-bisfosfat aldolaz geninin klonlanması, ekspresyonu ve karakterizasyonu
Cloning, expression and characterization of the fructose-1,6-bisphosphate aldolase gene from thermophilic Anoxybacillus genensis G2 strain
NAGİHAN SAĞLAM ERTUNGA
- Cloning and characterization of a lipase enzyme isolated from metagenomic libraries
Metagenomik kütüphanelerinden izole edilen bir lipaz enziminin klonlanması ve karakterizasyonu
FATMA FEYZA ÖZGEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE ŞEKÜRE NAZLI ARDA