Blind docking simulations of benzothiazoles on triosephosphate isomerase
Benzotiyazollerin trioz fosfat izomeraz üzerinde yerleştirme simulasyonları
- Tez No: 286442
- Danışmanlar: PROF. DR. PEMRA DORUKER TURGUT, YRD. DOÇ. DR. EBRU DEMET AKTEN AKDOĞAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mühendislik Bilimleri, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Benzotiyazoller, Enzim aktivitesi, Enzim inhibitörleri, Enzimler, Ligandlar, Protein bağlama, Proteinler, Benzothiazoles, Enzyme activity, Enzyme inhibitors, Enzymes, Ligands, Protein binding, Proteins
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tezde uygulanan yerleştirme çalışmalarının amacı, TcTIM'i inhibe eden benzotiyazollerin, enzime bağlanma modlarını ortaya çıkarmaktır. Beş benzotiyazolün TcTIM ve hTIM üzerine yerleştirme çalışmaları, Autodock v.4 paket programının Lamarckian Genetik Algoritması kullanılarak yapılmıştır. Moleküler dinamik simulasyonlardan enzimin farklı konformasyonları alınarak, protein esnekliği çalışmalara dahil edilmiştir. Ligandların bağlanma konumlarının belirlenmesi için, en düşük enerjili konformasyon ve onun 1 kkal/mol yakınında bulunan konformasyonlar analiz edilmiştir. Etkili ligandlar bağlanmak için genelde TcTIM'in arayüzeyinde bulunan tünel şekilli kısmı tercih ederken, etkisiz ligandların enzimin başka kısımlarına bağlandığı gözlemlenmiştir. TcTIM monomer üzerinde yapılan yerleştirme çalışmalarının sonuçlarına gore, etkili ligandların dimerin ayrışması sırasında açık hale gelen arayüzey bölgesine bağlanma eğilimleri çok yüksek değildir. Bu yüzden önceki çalışmalarla uyumlu olarak, TcTIM dimerin arayüzeyinde bulunan tünel şekilli kısmın etkili ligandlar için başlıca bağlanma yeri olduğu görülmüştür. Etkili ligandların sülfonat içermeyen türevleri ve etkisiz ligandın sülfonat içeren türevi ile TcTIM dimer üzerinde yerleştirme çalışmaları, sülfonat grubunun ligandların arayüzey üzerindeki tünel şekilli kısımda doğru yerleşmelerine yardımcı olduğununu göstermiştir. hTIM dimer üzerindeki yerleştirme çalışmalarında, etkili ligandlar arayüzey bölgesi (ulaşılabilinen tünel şekilli kısım yoktur ) için seçici değillerdir.
Özet (Çeviri)
The aim of this docking study is to uncover the binding modes of benzothiazoles, reported as effective inhibitors of TcTIM. Blind dockings of five benzothiazoles are performed on both TcTIM and hTIM by using the Lamarckian genetic algorithm of AutoDock v4.0. Protein flexibility is incorporated via docking to multiple, distinct conformations that are obtained from extended molecular dynamics simulations. The clusters that fall within 1 kcal/mol of the lowest energy poses from docking are analyzed for determination of alternative binding sites. The inhibitors mostly bind to the tunnel-shaped region formed at the interface of the subunits in TcTIM, whereas other sites are preferred by the non-inhibitors. Moreover, blind dockings to equilibrated conformers of TcTIM monomer indicate no distinct tendency of inhibitors for binding to the interface region that becomes solvent accessible upon dissociation to monomers. Thus, the tunnel-shaped cavity on the TcTIM dimer interface is the most distinct site for the action of inhibitors, consistent with previous studies. Further blind dockings of sulfonate-free derivatives of inhibitors and a sulfonate-added derivative of a non-inhibitor on TcTIM have indicated that the sulfonate group aids the correct positioning of benzothiazoles in the tunnel-shaped cavity. The inhibitors docked on hTIM conformers show a non-selective behavior for the interface of hTIM dimer, which does not present an accessible tunnel-shaped cavity as TcTIM.
Benzer Tezler
- Potansiyel USP7 inhibitörlerinin MDM2-P53 moleküler etkileşimi üzerindeki etkilerinin seçili katı tümörlerde moleküler kenetlenme çalışmaları ile değerlendirilmesi
Evaluation of the effects of potential USP7 inhibitors on MDM2-P53 molecular interaction by molecular docking studies in selected solid tumours
BUSE MERİÇ AÇAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Biyolojiİstinye ÜniversitesiKanser Biyolojisi ve Farmakolojisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUTLU
- Computational investigation of allostery in dihydroorotate dehydrogenase(DHODH)
Dihidroorotat dehidrojenaz'da (DHODH) allosterinin hesaplamalı incelenmesi
HATİCE TUĞBA BAYER
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU UYAR
- Kalsinörin proteinini hedefleyerek kandidiyaz hastalığının tedavisine yönelik peptit tabanlı moleküllerin bilgisayar ortamında tasarımı
In silico design of peptide-based molecules targeting calcineurin protein for the treatment of candidiasis
YAĞMUR DİCLE ALTUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Identification of allosteric binding sites of the Allatostatin receptor type-C of pine processionary moth
Çam kese böceğinin Allatostatin C-tipi reseptörünün allosterik bağlanma ceplerinin belirlenmesi
KÜBRA KAHVECİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NECLA BİRGÜL
- Investigating allosteric modulators for pathogenic enzymes using molecular docking and molecular dynamics simulations
Patojenik enzimler ıçin allosterik modülatörlerin moleküler yerleştirme ve moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması
MERVE YÜCE
Doktora
İngilizce
2025
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS