Blind docking simulations of benzothiazoles on triosephosphate isomerase
Benzotiyazollerin trioz fosfat izomeraz üzerinde yerleştirme simulasyonları
- Tez No: 286442
- Danışmanlar: PROF. DR. PEMRA DORUKER TURGUT, YRD. DOÇ. DR. EBRU DEMET AKTEN AKDOĞAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mühendislik Bilimleri, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 85
Özet
Bu tezde uygulanan yerleştirme çalışmalarının amacı, TcTIM'i inhibe eden benzotiyazollerin, enzime bağlanma modlarını ortaya çıkarmaktır. Beş benzotiyazolün TcTIM ve hTIM üzerine yerleştirme çalışmaları, Autodock v.4 paket programının Lamarckian Genetik Algoritması kullanılarak yapılmıştır. Moleküler dinamik simulasyonlardan enzimin farklı konformasyonları alınarak, protein esnekliği çalışmalara dahil edilmiştir. Ligandların bağlanma konumlarının belirlenmesi için, en düşük enerjili konformasyon ve onun 1 kkal/mol yakınında bulunan konformasyonlar analiz edilmiştir. Etkili ligandlar bağlanmak için genelde TcTIM'in arayüzeyinde bulunan tünel şekilli kısmı tercih ederken, etkisiz ligandların enzimin başka kısımlarına bağlandığı gözlemlenmiştir. TcTIM monomer üzerinde yapılan yerleştirme çalışmalarının sonuçlarına gore, etkili ligandların dimerin ayrışması sırasında açık hale gelen arayüzey bölgesine bağlanma eğilimleri çok yüksek değildir. Bu yüzden önceki çalışmalarla uyumlu olarak, TcTIM dimerin arayüzeyinde bulunan tünel şekilli kısmın etkili ligandlar için başlıca bağlanma yeri olduğu görülmüştür. Etkili ligandların sülfonat içermeyen türevleri ve etkisiz ligandın sülfonat içeren türevi ile TcTIM dimer üzerinde yerleştirme çalışmaları, sülfonat grubunun ligandların arayüzey üzerindeki tünel şekilli kısımda doğru yerleşmelerine yardımcı olduğununu göstermiştir. hTIM dimer üzerindeki yerleştirme çalışmalarında, etkili ligandlar arayüzey bölgesi (ulaşılabilinen tünel şekilli kısım yoktur ) için seçici değillerdir.
Özet (Çeviri)
The aim of this docking study is to uncover the binding modes of benzothiazoles, reported as effective inhibitors of TcTIM. Blind dockings of five benzothiazoles are performed on both TcTIM and hTIM by using the Lamarckian genetic algorithm of AutoDock v4.0. Protein flexibility is incorporated via docking to multiple, distinct conformations that are obtained from extended molecular dynamics simulations. The clusters that fall within 1 kcal/mol of the lowest energy poses from docking are analyzed for determination of alternative binding sites. The inhibitors mostly bind to the tunnel-shaped region formed at the interface of the subunits in TcTIM, whereas other sites are preferred by the non-inhibitors. Moreover, blind dockings to equilibrated conformers of TcTIM monomer indicate no distinct tendency of inhibitors for binding to the interface region that becomes solvent accessible upon dissociation to monomers. Thus, the tunnel-shaped cavity on the TcTIM dimer interface is the most distinct site for the action of inhibitors, consistent with previous studies. Further blind dockings of sulfonate-free derivatives of inhibitors and a sulfonate-added derivative of a non-inhibitor on TcTIM have indicated that the sulfonate group aids the correct positioning of benzothiazoles in the tunnel-shaped cavity. The inhibitors docked on hTIM conformers show a non-selective behavior for the interface of hTIM dimer, which does not present an accessible tunnel-shaped cavity as TcTIM.
Benzer Tezler
- Identification of allosteric binding sites of the Allatostatin receptor type-C of pine processionary moth
Çam kese böceğinin Allatostatin C-tipi reseptörünün allosterik bağlanma ceplerinin belirlenmesi
KÜBRA KAHVECİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NECLA BİRGÜL
- Computational investigation of potential allosteric ERK5 kinase inhibitors
Potansiyel allosterik ERK5 kinaz inhibitörlerinin hesaplamalı araştırılması
İLAYDA ERDOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR SERÇİNOĞLU
PROF. DR. ASUMAN DEMİROĞLU ZERGEROĞLU
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- Computational evaluation of molecularly imprinted monomers that selectively bind alzheimer's disease apoE4 protein
Alzheimer hastalığı apoE4 proteine seçiçi olarak bağlanan moleküler baskı monomerlerinin hesaplamalı değerlendirilmesi
MİRAY ÇAKIROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoteknolojiGebze Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET ÖZBİL
- Synthesis of some novel phthalazine-1,4-dione derivatives, DFT calculation, and biological activity
Bazı yeni ftalazin-1,4-dion türevlerinin sentezi, DFT hesaplaması ve biyolojik aktivitesi
DEMOKRAT NUHA
Doktora
İngilizce
2023
KimyaEskişehir Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HALİL BERBER
PROF. DR. AHMET ÇAĞRI KARABURUN