A drawing tool for protein interaction maps in Kohn notation
Kohn notasyonu ile protein etkileşim haritalarını çizme aracı
- Tez No: 286441
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CAN ÖZTURAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyokimya, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kanser gunumuzun en sık gorulen ve en olumcul hastalıklarından biridir. Bu nedenle,kanserin nedenleri en cok araştırılan konulardandır. Kanserin nedenlerinden birtanesi, cesitli sebeplerle, tumor baskılayıcı proteinlerin, işlevlerini gerektiği gibi yerinegetirememesidir. Bu proteinler genellikle işlevlerini karşılıklı etkileşimlerle gerçekleştirirler.Bu sebeple, baskılayıcı proteinleri anlamak için , bu etkileşimleri incelemek önemlidir.Bu incelemenin sonuçlarının, kanser aratırması, ilaç tasarımı ve protein mühendisliğigibi alanlarda önemli etkileri olacaktir. Bu nedenle, protein etkileşimleri ProteinEtkileşim Haritalarının aracılığıyla görselleştirilmekte ve bu sayede daha iyi incelenebilmektedir.Günümüzde protein etkileşimlerinin toplu ifadesini gösterecek bir sembol standardınaihtiyacı vardır. Bu sebepten, Kohn ve grubunun MIM notasyonunun, buihtiyacı karşılayacağı ön görülmektedir. Protein etkileşimlerinin grafik gösterimi içinyazılmış bazı yazılımlar olmasına rağmen, MIM notasyonunu tüm ayrıntıları ile destekleyenbir araç daha geliştirilmemiştir. Bu nedenle, bu tezde, Kohn notasyonu ile proteinetkileşimlerini çizebilen bir araç geliştirmeyi hedefledik. Öncelikle, elle çizebilen biraraç geliştirdik. Daha sonra bu araca, araştırmamızın en önemli kısımlarından biriolan, yarı otomatik grafik çizme kısmını ekledik. Bu kısımda Dijkstra'nın en kısayol bulma algoritmasını kullandık. Bu sayede, fiziksel varlıklar arasındaki etkileşimlerotomatik olarak çizilebiliniyor.Bu araç sayesinde, Protein Etkileşim Haritalarınıçizmek, güncellemek ve değiştirmek çok daha hızlı olacak. Bu da, harcanan zamanı vegereksiz iş yükünü azaltacaktır.
Özet (Çeviri)
Cancer is one of the most lethal and common diseases of today. Causes of cancerhave been studied widely as it is an essential part of cancer research. Cancer is mainlycaused by malfunctioning of the tumor suppressor proteins. Generally, these proteinstake part in protein-protein interaction networks. Hence, to understand the suppressorproteins, it is important to study these networks. Results from this study will havegreat impact on the cancer research, drug design and protein engineering. For thatreason, these networks are represented in network diagrams called Protein InteractionMaps to visualize and understand them better.Today, there is still a need for the standard for visualization of the protein interactions.For this reason, Kohn and his group?s MIM (Molecular Interaction Map)notation is considered to be the answer to that need. Even though there are some toolsfor graphical visualization of protein interactions, there is no tool that can draw proteininteractions with MIM notation with full support. Thus, in this study we aimed todesign a tool that can draw with Kohn?s notation. We developed MIMTool; a drawingtool for manually drawing protein interaction maps in Kohn notation. Later, as one ofthe most important part of our study, we added a semi-automatic map drawing featureto the tool. This feature automatically draws the interactions between physical entitiesusing Dijkstra?s shortest path algorithm.With MIMTool, it will be much faster to draw, update and exchange molecularinteraction maps. Use of this tool will save time and decrease work load.
Benzer Tezler
- Optimization of sample preparation methods for the mechanical characterization of tissue architectures
Doku yapılarının mekanik incelenmesi için örnek hazırlama yöntemlerinin optimizasyonu
ALPER DEVRİM ÖZKAN
Doktora
İngilizce
2017
Biyofizikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
YRD. DOÇ. AYŞE BEGÜM TEKİNAY
YRD. DOÇ. AYKUTLU DANA
- Ovulasyon indüksiyonu tedavisinde folliküler gelişimin ultrasonografik takibi
Başlık çevirisi yok
MERİH BAYRAM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kadın Hastalıkları ve DoğumGazi ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜLAZIM YILDIRIM
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Bazı esterlerin kinetik incelenmesi ve termodinamik parametrelerin belirlenmesi
Kinetic study and detesmination of thermodnamic parameters of some esters
İBRAHİM TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- İzmir'de bazı yolların kapatılarak yaya bölgeleri oluşturma da kent peyzajını geliştirme açısından yeniden planlanması üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
BAHAR TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Şehircilik ve Bölge PlanlamaEge ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı