A drawing tool for protein interaction maps in Kohn notation
Kohn notasyonu ile protein etkileşim haritalarını çizme aracı
- Tez No: 286441
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CAN ÖZTURAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyokimya, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Kanser gunumuzun en sık gorulen ve en olumcul hastalıklarından biridir. Bu nedenle,kanserin nedenleri en cok araştırılan konulardandır. Kanserin nedenlerinden birtanesi, cesitli sebeplerle, tumor baskılayıcı proteinlerin, işlevlerini gerektiği gibi yerinegetirememesidir. Bu proteinler genellikle işlevlerini karşılıklı etkileşimlerle gerçekleştirirler.Bu sebeple, baskılayıcı proteinleri anlamak için , bu etkileşimleri incelemek önemlidir.Bu incelemenin sonuçlarının, kanser aratırması, ilaç tasarımı ve protein mühendisliğigibi alanlarda önemli etkileri olacaktir. Bu nedenle, protein etkileşimleri ProteinEtkileşim Haritalarının aracılığıyla görselleştirilmekte ve bu sayede daha iyi incelenebilmektedir.Günümüzde protein etkileşimlerinin toplu ifadesini gösterecek bir sembol standardınaihtiyacı vardır. Bu sebepten, Kohn ve grubunun MIM notasyonunun, buihtiyacı karşılayacağı ön görülmektedir. Protein etkileşimlerinin grafik gösterimi içinyazılmış bazı yazılımlar olmasına rağmen, MIM notasyonunu tüm ayrıntıları ile destekleyenbir araç daha geliştirilmemiştir. Bu nedenle, bu tezde, Kohn notasyonu ile proteinetkileşimlerini çizebilen bir araç geliştirmeyi hedefledik. Öncelikle, elle çizebilen biraraç geliştirdik. Daha sonra bu araca, araştırmamızın en önemli kısımlarından biriolan, yarı otomatik grafik çizme kısmını ekledik. Bu kısımda Dijkstra'nın en kısayol bulma algoritmasını kullandık. Bu sayede, fiziksel varlıklar arasındaki etkileşimlerotomatik olarak çizilebiliniyor.Bu araç sayesinde, Protein Etkileşim Haritalarınıçizmek, güncellemek ve değiştirmek çok daha hızlı olacak. Bu da, harcanan zamanı vegereksiz iş yükünü azaltacaktır.
Özet (Çeviri)
Cancer is one of the most lethal and common diseases of today. Causes of cancerhave been studied widely as it is an essential part of cancer research. Cancer is mainlycaused by malfunctioning of the tumor suppressor proteins. Generally, these proteinstake part in protein-protein interaction networks. Hence, to understand the suppressorproteins, it is important to study these networks. Results from this study will havegreat impact on the cancer research, drug design and protein engineering. For thatreason, these networks are represented in network diagrams called Protein InteractionMaps to visualize and understand them better.Today, there is still a need for the standard for visualization of the protein interactions.For this reason, Kohn and his group?s MIM (Molecular Interaction Map)notation is considered to be the answer to that need. Even though there are some toolsfor graphical visualization of protein interactions, there is no tool that can draw proteininteractions with MIM notation with full support. Thus, in this study we aimed todesign a tool that can draw with Kohn?s notation. We developed MIMTool; a drawingtool for manually drawing protein interaction maps in Kohn notation. Later, as one ofthe most important part of our study, we added a semi-automatic map drawing featureto the tool. This feature automatically draws the interactions between physical entitiesusing Dijkstra?s shortest path algorithm.With MIMTool, it will be much faster to draw, update and exchange molecularinteraction maps. Use of this tool will save time and decrease work load.
Benzer Tezler
- Ordu ili (Türkiye) tatlısu Gammaridea (Crustacea, Amphipoda) faunası üzerine bir araştırma
Study on freshwater Gammari̇dea (Crustacea, Amphipoda) fauna of Ordu (Turkey)
MEHMET EKİNCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Balıkçılık TeknolojisiOrdu ÜniversitesiBalıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ MİROĞLU
- Enerji ihtiyacının karşılanmasında doğalgaz ve rüzgâr kaynaklı enerji çevrim santralleri; yatımlar üzerine stratejik bir analiz
Natural gas and wind based cycle plant in supplying the needs of energy reguirement; a strategic analysis on investments
GÜVEN KARAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
İşletmeOrdu ÜniversitesiYenilenebilir Enerji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KADİR AKSAY
- Ordu ekolojik koşullarında bazı kuru fasulye (Phaseolus vulgaris L.) çeşit ve genotiplerinin verim, verim öğeleri ile tohum ve teknolojik özelliklerinin belirlenmesi
Determination of yield and components with seed and technological characteristics of some dry beans (Phaseolus vulgaris L.) varieties and genotypes on in ecological conditions of Ordu
YAŞAR ÖZBEKMEZ
- Yaş ve kuru çayda, verim ve önemli kalite parametrelerine sarı çay akarı (Polyphagotarsonemus latus (Banks, 1904)) (Prostigmata: Tarsonemidae)'nın etkisi
Effect of yellow tea mite (Polyphagotarsonemus latus (Banks, 1904))(Prostigmata: Tarsonemidae) on yield and important quality parameters of fresh and dried tea
BİRSEN AŞIK ÇUHADAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
ZiraatOrdu ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAİM ZEKİ BOSTAN
YRD. DOÇ. DR. RANA AKYAZI
- Doğu Karadeniz Bölgesi'ndeki amatör balıkçılığın sosyo ekonomik analizi
Socio-economic analysis of amateur fishing in the Eastern Black Sea region
MUHAMMET KARAPİÇAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Balıkçılık TeknolojisiOrdu ÜniversitesiBalıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET AYDIN