Exploiting fragment-ion complementarity for peptide de novo sequencing from collision induced dissociation tandem mass spectra
Peptit de novo dizilimi için çarpışmalı-indüklenmiş tandem kütle spektrumlarındaki parçalanmış iyonların tamamlayıcılığından yararlanılması
- Tez No: 299184
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. JENS ALLMER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kütle spekrumu verilerinden peptit tanımlaması proteomik çalışmalarında temel bir adımdır. Çünkü bu alan, ifade olmuş proteinin dizi, niceliksel ve modifikasyon çalışmalarında kullanıldığından biyolojik sistemlerin anlaşılmasına katkı sağlar. İki yaklaşım deneysel tandem kütle spektrum verilerine uygulanır, bunlar veritabanı araması ve de novo dizilemedir. Veritabanı arama metodu, genomu tümüyle çalışılmış organizmaların proteomik projelerinde etkili bir şekilde kullanılmaktadır. Fakat, aranan peptit dizisi protein veritabanında bulunmuyor ise bu yaklaşım uygulanamaz. Veritabanında bulunmama bazı nedenlerden dolayı olabilir. Örneğin, çalışılan protein yeni ise, mutasyon ve tranlasyon sonrası modifikasyon içeriyorsa protein veritabanında bulunmaz. Bu dezavantaj nedeniyle, birçok araştırma de novo dizilimi metoduna odaklanmıştır. Çünkü, de novo dizilimi metodu tandem kütle spektrumlarınn peptide dizisini hiçbir veritabanına vereksinim duymadan belirleyebilir.Bu çalışmanın amacı, de novo dizileme algoritmalarının doğruluğunun geliştirilmesidir. Fragment iyonlarını isimlendirme tüm de novo dizileme algoritmalarnın (genellikle ima edilir) ortak bir adımıdır. Çünkü, spektrum grafik kullanarak tandem kütle spektrumunu en iyi ifade eden amino asit dizisini bulmak için, fragment iyonlarının hangi iyon tipini gösterdiğinin bilinmesi gerekmektedir. Farklı yaklaşımlar iyon isimlendirme için denenmiştir ve bazıları b-tipi iyonları ve y-tipi iyonlarını isimlendirerek başarılı olmuştur.Yeni bir yaklaşımla, sadece b-iyon tipi yada y-iyon tipi isimlendirerek değil, diğer rastgele seçilmiş iyon tiplerini de isimlendirerek sonuçta b-iyon tipi merdivenini saptamayı hedefledik. Ayrıca, eksik ve peptit dizilemede önemli olan iyonları da diğer isimlendirilmiş iyon tipleriyle bazı spektrumlarda saptadık. Bunlara ek olarak, tandem kütle spektralarındaki anlaşılmayan veriler mümkün olduğunca azaltılmıştır. Böylece, b-iyon tipi merdivenini kullanarak tam peptit dizisini bulmak mümkün olabilecekiır.
Özet (Çeviri)
Peptide identification from mass spectrometric data is a key step in proteomics. This field contributes to the understanding of biological systems, since it provides sequence, quantitative, and modification data of actually expressed proteins. Two approaches are generally deployed to interpret experimental MS/MS data, database searching and de novo sequencing. Database search method approach has been used successfully in proteomics projects for organisms with well-studied genomes. However, it is not applicable in situations where a target sequence is not in the protein database. This can happen for a number of reasons, including novel proteins, protein mutations and post-translational modifications. Because of the disadvantages of database searching method, a lot of research has focused on de novo sequencing method which assigns amino acid sequences to MS/MS spectra without the need for a database.The aim of this study is to enhance the accuracy of de novo sequencing tools which assign amino acid sequences to tandem mass spectra without the need for a database. One step commonly employed in all de novo sequencing tools is (usually implicit) naming of fragment ions. It is essential to know which peak represents which ion type in order to traverse a spectrum graph to find an amino acid sequence that best explains the MS/MS spectrum. Different approaches have been tried to name ions and some success has been achieved in naming b-type ions and y-type ions.We have presented a new approach which enables the naming of not only b- and y-type ions but other arbitrary ion types as well. This enabled the detection of b-ion ladder. In the latter case, missing fragments were determined by using other named ion types. Furthermore, unexplained data in tandem mass spectra were reduced as much as possible. Therefore, a complete sequence will be derived by the new approach.
Benzer Tezler
- Ağır iyon çarpışmalarında açısal Momentum ve Coulomb etkileşmelerinin atomik çekirdeğin çok katlı parçalanmasına etkileri
Effects of angular Momentum and Coulomb interaction of atomic nuclei on their multifragmentation in heavy ion collisions
AYŞEGÜL KAYA
Doktora
Türkçe
2017
Fizik ve Fizik MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAL BÜYÜKÇİZMECİ
- Türk makam müziğinde farklı dinleyici grupları ve hesaplamalı modellerden elde edilen melodik gruplama sınırlarının karşılaştırmalı incelemesi
A comparison of makam music segmentation by three computational models and trained and not-trained listeners
ZEYNEP FUNDA YAZICI
Doktora
Türkçe
2016
Müzikİstanbul Teknik ÜniversitesiMüzikoloji ve Müzik Teorisi Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NİLGÜN DOĞRUSÖZ DİŞİAÇIK
- Altun Yaruk Sudur, V. Kitap, Berlin Koleksiyonundaki fragmanların transliterasyonu ve transkripsiyonu açıklamalar ve dizin
Altun Yaruk Sudur, v. book, transliteration and transcription of fragments in Berlin collection, commentaries and index
ERDEM UÇAR
Doktora
Türkçe
2009
Türk Dili ve EdebiyatıEge ÜniversitesiTürk Dünyası Araştırmaları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYMAZ
- Bir mimesis olarak mimarlık ve emsal bilgisi
Architecture as a mimesis and precedent knowledge
FATMA SİNEM ÖZGÜR
Doktora
Türkçe
2019
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BELKIS ULUOĞLU
