Genetic diversity of Turkish spinach cultivars (Spinacia oleracea L.)
Türk ıspanak (Spinacia oleracea L.) çeşitlerinde genetik çeşitliliğin incelenmesi
- Tez No: 299185
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SAMİ DOĞANLAR, PROF. DR. ANNE FRARY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Morfoloji, Genetik, Biotechnology, Morphology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, 95 tane Türk ıspanak hattı PCR tabanlı bir moleküler işaretleyici yöntemi olan SRAP (Sequence Related Amplified Polymorphism) ile incelenmiştir.Yine aynı çalışma içerisinde 81 tane Türk ıspanak hattının Wageningen Üniversitesi Genetik Kaynaklar Merkezinden alınan bilgiler ile morfolojik analizleri yapılmıştır. Çalışma içerisinde 25 adet SRAP işaretleyicisi kombinasyonu kullanılmış ve bunlardan 19 işaretleyici iyi sonuçlar vermiştir. Bu 19 tane işaretleyici ile toplamda 123 SRAP fragmenti elde edilmiş ve bu fragmenlerin 67 tanesi polimorfik bulunmuş ve bunlarla genetik uzaklığı ve hatların birbirleriyle olan ilişkisini gösteren ağaç çizilmiştir. Genetik uzaklık belirten ağaç analizi DICE martriks oluşturulmasına dayanan UPGMA (Unweighted Pair Group Method) yöntemi ile yapılmıştır. Yapılan analizler sonucunda Türk ıspanak hatlarının genetik olarak birbirlerine olan uzaklarının aralığı 0.30 ve 0.95 olarak bulunmuştur. Genetik ağaç içerisindeki gruplardan olan B grubundaki bireylerin benzerlik oranı 0.77, A, C ve D grubu bireylerinin benzerlik oranı ise 0.60 olarak belirlenmiştir. Yine PCA (Principal Component Analysis) yöntemiyle yapılan genetik ve morfolojik analizlerde de genetik çeşitliliğin fazla olduğu bireylerin iki boyutlu grafik alanında oldukça fazla bir dağılım gösterdiği belirlenmiştir. Bir başka deyişle tüm bu analizlerde bireyler arasında belli bir gruplaşma gözlenmemiştir. Tüm bu sonuçlar SRAP işaretleyici yöntemiyle Türk ıspanak türlerinde genetik çeşitlilik analizlerin yapılabilirliğini göstermiştir. Genetik çeşitlilik açısından zengin olan bu ıspanak türleri ülkemizde korunmalıdır. Bu çalışma Türk ıspanak türleri ile yapılan ilk ve tek çalışma olarak önem kazanmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, 95 Turkish spinach (Spinacia oleracea L.) accessions were used for genetic diversity analysis by using the SRAP (Sequence Related Amplified Polymorphism) marker system and also 81 of the spinach accessions were used for morphological data analysis using data from the Centre for Genetic Resources, Wageningen University, The Netherlands. In the study, a total of 25 SRAP marker combinations were used and 19 of these were suitable for genetic analysis because they gave amplification and they were polymorphic. For the 19 SRAP markers, 123 bands were amplified and 67 were polymorphic. These polymorphic bands were used to construct a dendogram for spinach cultivars and to determine the genetic distance. Dendrogram analysis was done UPGMA method which was calculated using DICE matrix. Genetic similarity ranged between 0.30 and 0.95. Group B had most related accessions, 0.77 similar, and Group A, C and D had more distinct accessions, 0.60 similarity.For the morphological data PCA(Principal Component Analysis) was performed and no any apparent group was seen so high diversity was indicated by the 2D plot. All these results showed that the SRAP marker system was a suitable marker to determine genetic diversity, that Turkish spinach germplasm is diverse and that accessions should be preserved. Another importance of this results is that it is the first and only study that has been done with Turkish spinach germplasm.
Benzer Tezler
- Genetic diversity of scald (rhynchosporium secalis) disease resistant and sensitive Turkish barley seed sources as determined with simple sequence repeats
Yaprak lekesi hastalığına (rhynchosporıum secalis) karşı dirençli ve hassas olan Türk arpa tohum kaynaklarında, basit dizi tekrarları kullanılarak genetik çeşitliliğin belirlenmesi
AYTEN DİZKIRICI
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ZEKİ KAYA
- The conservation of genetic diversity in turkish native horse breeds
Türk atlarının genetik çeşitliliğinin korunması
ÖZGÜR ASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEZEN ARAT
YRD. DOÇ. DR. RAŞİT BİLGİN
- Reassessment of genetic diversity in native turkish sheep breeds with large numbers of microsatellite markers and mitochondrial DNA (MTDNA)
Yerli türk koyun ırklarının genetik çeşitliliklerinin yüksek sayıda mikrosatelit belirteçleri ve mitokondriyal DNA (MTDNA) ile yeniden araştırılması
ŞÜKRÜ ANIL DOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- The nuclear genetic diversity of Turkish native horse breeds and its conservation implications
Türk yerli at ırklarının nükleer genetik çeşitliliği ve koruma alanındaki etkileri
MELİS DENİZCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Çevre MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. BERRİN ERDAĞ
YRD. DOÇ. DR. İ. RAŞİT BİLGİN
- Bioinformatic analyses in microsatellite-based genetic diversity of Turkish sheep breeds
Türk koyun ırklarının genetik çeşitliliklerinin mikrosatelit belirteçler kullanılarak biyoenformatik yöntemlerle incelenmesi
HANDE ACAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoenformatik Bölümü
PROF. DR. İNCİ TOGAN