Rhizoctonia solani ve binükleat Rhizoctonia anastomosis grupları arasındaki filogenetik ilişkilerin 18S rDNA dizi analizi ile belirlenmesi
Determination of phylogenetic relationships in Rhizoctonia solani and binucleate Rhizoctonia anastomosis groups with 18S rDNA sequence analysis
- Tez No: 300953
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM ÖZKOÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 104
Özet
Bu çalışmada, multinükleat ve binükleat Rhizoctonia spp. anastomoz grupları ve intraspesifik gruplar arasındaki filogenetik ilişkilerin belirlemesi amaçlanmıştır.Bu amaçla, dünyanın farklı bölgelerinden izole edilmiş olan, 45 Rhizoctonia spp. temsilci izolatı kullanılmıştır. Temsilci izolatların 18S rDNA baz dizileri belirlenmiş ve filogenetik analizleri yapılmıştır. Bu amaçla, 18S rDNA bölgesinin amplifikasyon ve dizi analizi için oligonükleotit primerler NS1, NS3, NS4 ve NS8 kullanılmıştır. Filogenetik analizler ise, PAUP V. 40b10 programında maksimum parsimoni ve neighbour joining algoritmaları kullanılarak gerçekleştirilmiştir.Evrimsel olarak korunmuş olması sebebiyle 18S rDNA, Rhizoctonia spp.'deki genetik çeşitliliğin anlaşılması için önemli bir bilgi kaynağıdır.Bu gruptaki filogenetik ilişkilerin belirlenmesinde daha önce ITS ve 28S rDNA dizileri kullanılmıştır. Bu çalışmada, ilk defa 18S rDNA dizisinin tamamı kullanılarak sonuçlar değerlendirilmiştir.Elde edilen sonuçlar, geleneksel anastomoz grubu sınıflandırmasını büyük ölçüde desteklemektedir. Fakat binükleat AG Fa, AG Fb ve AG I izolatlarının filogenetik açıdan multinükleat Rhizoctonia izolatları ile daha yakın ilişkili olduğu ve belirli anastomoz gruplarının monofiletik olmadıkları gözlenmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, we aimed to determine phylogenetic relationships in different anastomosis groups and intraspecific groups of multinucleate and binucleate Rhizoctonia spp.For this purpose, 45 representative isolates of multinucleate and binucleate Rhizoctonia were used. We determined the base sequences of 18S rDNA and performed the phylogenetic analysis. The oligonucleotide primers NS1, NS3, NS4 and NS8 were used for amplification and sequencing of the small subunit 18S rDNA region. The phylogenetic analysis was performed using the maximum parsimony and neighbour joining algorithm in PAUP v. 4.0b10.This region was found to be more conserved and informative for understanding genetic diversity in Rhizoctonia.In this group, the phylogenetic relationships studied with ITS ve 28S sequences earlier, were firstly assessed with the full 18S rDNA sequence data.Our results supported the classic anastomosis groups classification. But it seemed that, BN AG Fa, AG Fb and AG I isolates were more closer to multinucleate Rhizoctonia spp. isolates and certain AGs are not monophyletic.
Benzer Tezler
- Samsun ili kırmızı baş lahana alanlarından izole edilen Rhizoctonia grubu fungusların anastomosis gruplarının, karakteristik özelliklerinin ve patojenitelerinin belirlenmesi
Determination of anastomosis groups, characteristic traits and pathogenicities of Rhizoctonia groups fungi isolated from the red head cabbage growing area in Samsun province
ŞİRİN AVCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSMAİL ERPER
- Samsun ili örtü altı sebze yetiştirilen alanlarda Rhizoctonia spp.'ne ait fungusların anastomosis gruplarının, karakteristik özelliklerinin ve patojenitelerinin belirlenmesi
Characterization, anastomosis groups and pathogenicity of Rhizoctonia spp. isolated from vegetable crops grown in greenhouses in Samsun province, Turkey
ELİF YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSMAİL ERPER
- Erzincan ilinde biber (Capsicum annuum L.)bitkilerinden izole edilen Rhizoctonia solani Kühn ve iki nükleuslu rhizoctonia'ların anostomosis grupları ve patojeniteleri
Anastomosis groups and pathogenicity of Rhizoctonia solani Kühn and binucleate rhizoctonia isolates from pepper (Capsicum annuum L.) in Erzincan
SERDAR TUNCER
- Ordu ili yaprak lahana ekim alanlarından izole edilen Rhizoctonia grubu fungusların anastomozis gruplarının, karakteristik özelliklerinin ve patojenisitelerinin belirlenmesi
Determination of anastomosis groups, characteristic traits and pathogenicities of Rhizoctonia groups fungi isolated from kale growing areas in Ordu province
HALİL İBRAHİM BENLİ
- İç Anadolu Bölgesi buğday üretim alanlarındaki rhızoctonıa türlerinin, anastomosis gruplarının ve bazı buğday çeşitlerinin reaksiyonlarının belirlenmesi
Determination of rhizoctonia species, anastomosis groups and the reactions of some wheat cultivars on wheat production areas of Central Anatolia Region
FİLİZ ÜNAL