Anaplastik beyin tümörlerinde baskılayıcı element 1 susturucu transkripsiyon faktörü ve baskılayıcı element 1 susturucu transkripsiyon kofaktörü genlerinin araştırılması
Repressor element 1 sılencıng transcrıptıon factor and repressor element 1 sılencıng transcrıptıon co-factor gene promotor actıvatıon research ın anaplastıc braın tumors
- Tez No: 301360
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CUMHUR GÜNDÜZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Beyin Tümörü, REST, CoREST, Sinapsin I, ChIP, Brain tumors, REST, CoREST, Synapsin I, ChIP
- Yıl: 2010
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 128
Özet
Bu çalışmada, merkezi sinir sistemi tümörlerinin gelişiminde transkripsiyon faktörü olan ?Baskılayıcı Element 1 Susturucu Transkripsiyon Faktörü? (REST) ve onun ortak baskılayıcısı ?Baskılayıcı Element 1 Susturucu Transkripsiyon Kofaktörü? (CoREST)' nün aktivasyonlarının, Synapsin I geninin promotor bölgesindeki nicelik bakımından yansımalarının kromatin immunopresipitasyon (ChIP) yöntemi ile belirlenmesi ve kanser fenotipi ile REST ve CoREST gen ekspresyonu arasındaki ilişkinin belirlenmesi amaçlanmıştırEge Üniversitesi Nöroşirurji Anabilim Dalı'nda beyin tümörü tanısı almış 49 olguya (11 olgu Diffüz Astrositom, 8 olgu Anaplastik Oligodendrogliom ve 30 olgu Glioblastom) ait rezeke edilen tümör dokusu örnekleri ile eksplant hücre kültürü yapılmıştır. Kültürde çoğalan kanser hücrelerinden DNA, total RNA ve protein izolasyonları yapılmıştır. Gen ekspresyonları QRT-PCR, gen kopya sayıları ve ChIP analizleri Q-PCR ile gerçekleştirilmiştir.Ortalama REST gen ekspresyonu oranları Diffüz Astrositom, Anaplastik Oligodendrogliom ve Glioblastom gruplarında benzer olarak bulunurken, REST ekspresyonu medyan değerinin altında olan olguların yüzdesi Grade II' de % 27, III' te % 50 ve IV' te % 60 olarak belirlenmiştir. CoREST ekspresyonu ise Glioblastom grubundaki olguların % 93'ünde düşük olarak saptanmıştır.Anaplastik Oligodendrogliom ve Glioblastom'lu olguların % 25'inde Sinapsin I genin eksprese olmadığı tespit edilmiş olup, bu bulgu ilk kez çalışmamızda gösterilmiştir. ChIP analizi ile elde edilen REST kopya sayısı ile Sinapsin I gen ekspresyon oranları karşılaştırıldığında, Anaplastik Oligodendrogliom grubunda % 30 oranında bir korelasyon saptanmıştır. Bu bulgu REST' in Sinapsin I gen ekspresyonu baskılamasından ziyade regüle ettiği şeklinde değerlendirilmiştir.Sonuç olarak, REST, CoREST ve Sinapsin I' in gen ekspresyonları, gen kopya sayıları kromatin immunopresipitasyon kantitatif analiz sonuçlarının, Diffüz Astrositom, Anaplastik Oligodentrogliom ve Glioblastom gibi beyin tümörü fenotiplerini belirgin bir şekilde tanımlayabilmekte yardımcı olacağı ortaya konmuştur.
Özet (Çeviri)
In this study we aimed to determine the quantitative response in the promoter region of Synapsin I, by the activation of the repressor element-1 silencing transcription factor (REST) and repressor element-1 silencing transcription corepressor (CoREST), which are the transcription factors in development of central nervous system tumors, using chromatin immunoprecipitation (ChIP) method. The relation between cancer phenotype and REST-CoREST gene expression is analyzed.Tissue samples from 49 confirmed brain tumor cases (diffuse astrocytoma n=11, anaplastic oligodendroglioma n=8, glioblastoma n=30) were incubated in explant cell culture and DNA, total RNA and proteins were isolated from the grown cells. QRT-PCR was performed for gene expression, while Q-PCR was used to determine the gene copy numbers and ChIP analysis.Average REST gene expression ratios were found to be similar in diffuse astrocytoma, anaplastic oligodendroglioma and glioblastoma groups. The percentage of cases with REST values lower than the median was 27, 50, and 60 percent for Grades II, III and IV, consequently. CoREST expression ratio was found to be low in 93% of the cases with glioblastoma.No expression of the Synapsin I gene is found in 25% of the anaplastic oligodendroglioma and glioblastoma cases, to be reported for the first time. In comparison of the REST results by ChIP with Synapsis I gene expression ratios, 30% correlation was found. These results indicated that, REST is responsible for regulating, rather than repressing, the expression of the Synapsin I gene.
Benzer Tezler
- Glial beyin tümörlerinde ve lenfoma dışı metastazlarda otofaji ile ilişkili miRNA'ların serum ve doku değerlerinin karşılaştırılması
Compare serum and tissue miRNA level associated with autophagy in the patient who has glial tumor or metastatic tumor except lymphoma
MERT NAZİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
GenetikGaziantep ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ABİDİN MURAT GEYİK
- Beyin tümörlerinde radyolojik ve patolojik bulguların karşılaştırılması
Radiologic and pathologic correlation of brain tumors
BURCU KEMAL OKATAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
PatolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULKADİR REİS
- Anaplastik oligodendrogliomda kromozom 1P ve 19q'daki kombine delesyonun, IDH-1 gen mutasyonu ve p53 protein ekspresyonu ile korelasyonu ve klinikopatolojik parametrelerle ilişkisi
The correlation between chromosome 1P/19q combined deletion, IHD1 gene mutation P53 protein overexpression and clinicopathologic parameters in anaplastic oligodendroglioma
UĞURAY PAYAM AHMEDMAULID
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Moleküler Tıpİstanbul ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİLGE BİLGİÇ
- Non-astrositik primer santral sinir sistemi tümörlerinde DSC perfüzyon MR görüntüleme
DSC perfusion MR imaging in non-astrocytic primer central nervous system tumors
HUSEYN GULIYEV
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Radyoloji ve Nükleer TıpEge ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. ÖMER KİTİŞ
- Menenjiyom tümörlerinde bazı spesifik mikroRNA'ların tanısal ve prognostik değerlerinin araştırılması
Investigation of the diagnostic and prognostic values of some specific microRNAs in meningiom tumors
HASAN DAĞLI