Yeni antiviral moleküllerin taranması için Hepatit Delta Virüsünün replike olabildiği hücre kültür sisteminin oluşturulması
Development of a novel cell culture system for Hepatitis Delta Virus genome replication to study new antiviral agents
- Tez No: 303178
- Danışmanlar: PROF. DR. A. MİTHAT BOZDAYI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Disiplinlerarası Hepatoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
Bu çalışmada yeni antiviral moleküllerin taranması için Hepatit delta virüsünün replike olabildiği hücre kültür sisteminin oluşturulması amaçlanmaktadır. Bunun için öncelikle hücre kültür sistemi için yaygın olarak kullanılan Huh-7 hücre hattı seçilmiş ve bu hücreler kültürde büyütülmüştür. Daha sonra transfeksiyona hazır hale gelen Huh-7 hücrelerine, HDV cDNA'sını içeren plazmit kimyasal yöntem kullanılarak transfekte edilmiştir. Transfeksiyonda pozitif kontrol olarak GFP kullanılmıştır ve HDV plazmiti ile GFP transfeksiyonu birlikte yapılmaktadır. GFP ışımaları transfeksiyonun başarılı olduğu anlamına gelmektedir. Daha sonra hücre kültür siteminden örnekler toplanıp, trizol kimyasalı yöntemi ile total RNA izolasyonu yapılmıştır. Bu örneklerden HDV Real-Time RT PCR yöntemi ile virüs kopya sayısı belirlenmiş ve HDV genomunun replikasyon oranına bakılmıştır. Real-Time RT PCR ve konvansiyonel PCR sonuçları incelendiğinde sistemde virüs replikasyonu gözlemlenmiştir, ancak istenilen yükseklikte kopya sayısı elde edilememiştir. Replikasyonun en çok olduğu günler ise 5. ve 6. günler olarak görülmüştür. Bu sistem ileri aşamalarda virüs üzerinde ilaç etkileşimlerinin gözlemlenmesi amacıyla kullanılabilir, ancak ilaç etkileşimlerini incelemek için virüs kopya sayısı yükseltilmelidir.
Özet (Çeviri)
The aim of this study is development of a novel cell culture system for hepatitis delta virus genome replication to study new antiviral agents. Firstly, common Huh-7 cell line was selected and they were cultured. After cultivation, plasmid wich contains HDV cDNA sequnce and GFP were cotransfected into the cell line chemically. Transfection was accepted succesful by controling GFP under fluorescence microscopy. After controling, samples were collected from cell culture and total RNA was extracted with Tri Reagent method. Total RNAs were amplified by Real-Time RT PCR and conventional PCR methods. According to Real-Time RT PCR results, HDV could replicate in system, but the viral load copy was not enuogh for studying antiviral agents. The highest viral load was seen in 5. and 6. days. This system is using for studying antiviral agents-virus interaction, but viral load must be increased.
Benzer Tezler
- Investigation of cellular pathways in HBV associated liver fibrosis
HBV bağımlı karaciğer fibrozunda hücresel yolakların araştırılması
ŞEYMA KATRİNLİ
Doktora
İngilizce
2016
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Doğu Karadeniz bölgesinde yayılış gösteren bazı Betula spp. endofitlerinin betülin biyotransformasyon ve tirozinaz inhibisyon kapasitelerinin araştırılması
Investigation of betulin biotransformation and tyrosinase inhibition capabilities of some Betula spp. endophytes distributed across the Eastern Black Sea region
PELİN GÖKFİLİZ YILDIZ
- Exploring the conformational transition between closed and open states of the sars-CoV-2 spike glycoprotein using molecular dynamics simulations
Sars-CoV-2 spike glikoproteininin kapalı ve açık halleri arasındaki konformasyonel geçişin moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması
CEREN KILINÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERT GÜR
- Covid-19 tedavisi için rna-bağımlı rna polimeraz (RDRP) inhibitörlerinin sanal ligand taraması yöntemiyle tasarlanması
Design of rna-dependent rna polymerase (RDRP) inhibitors by virtual ligand screening method for the treatment of Covid-19
BEKİR CAN UĞUR
- COVİD-19 tedavisi için papain-benzeri proteaz (PLpro) inhibitörlerinin in silico yöntemler kullanılarak araştırılması
Investigation of papain-like protease (PLpro) inhibitors for the treatment of COVİD-19 using in silico methods
OZAN ÇOBANOĞLU
