Proteome analysis of hydrogen production mechanism of Rhodobacter capsulatus grown on different growth conditions
Farklı koşullarda büyütülen Rhodobacter capsulatus bakterisinin hidrojen üretim mekanizmasının proteomiks yöntemi ile analizi
- Tez No: 304944
- Danışmanlar: DR. YAVUZ ÖZTÜRK, PROF. DR. MERAL YÜCEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 140
Özet
Rhodobacter capsulatus, karbon kaynağı varlığında fotofermentasyon, aerobik solunum, DMSO gibi harici electron akseptötörü varlığında anaerobik solunum yapabilen, çok yönlü büyüyebilen bir organizmadır. Rhodobacter capsulatus'un fotofermentasyon ile büyümesi hidrojen üretimi ile sonuçlanır ki bu çevreye zarar vermeyen bir hidrojen üretme metodudur ve gelecek vaadeden bir yöntem olarak göze çarpmaktadır. Fosil yakıtların sebep olduğu küresel iklim değişikliği ve çevre kirliliği gibi ciddi problemlerden dolayı, temiz ve sürdürebilir bir enerji kaynağına ihtiyaç duyulmaktadır. Ayrıca Rhodobacter capsulatus azotu bağlaması ve solar enerjiyi kullanabilmesi gibi özellikleri dolayısıyla birçok metabolik olay için model bir organizmadır. Bu sebeplerden dolayı, bu çalışma fotofermentatif bakteri kullanarak biyohidrojen üretimini arttırmak ve farklı büyüme koşullarında büyüyen bakterilerde önemli rolleri olan proteinleri incelemek amaçlanmaktadır.Bu çalışmada, Rhodobacter capsulatus bakterisinin solunum, anaerobik solunum ve fotofermentatif büyüme koşullarındaki protein profilleri elde edilmiştir. Yüksek verimliliğe sahip LC-MS/MS sistemi proteomu incelemek için kullanılmıştır. Karbon kaynağının tüketimini analiz etmek için HPLC, GC analizi ve pigment analizi gibi fizyolojik analizler bakterinin içinde bulunduğu çevresel koşulları belirlemek için uygulanmıştır. Sonuç olarak, 17 tanesi belirli bir koşula özgü olmak üzere 460 tane protein tanımlanmıştır. Farklı koşullardaki proteinlerin oranları karşılaştırılmış ve önemli proteinler vurgulanmıştır.
Özet (Çeviri)
Rhodobacter capsulatus is a versatile organism capable of growing on different growth conditions including photofermentation in the presence of carbon source, aerobic respiration, anaerobic respiration in the presence of an external electron acceptor such as DMSO. The photofermentative growth of R.capsulatus results in hydrogen production which stands out as an environmentally harmless method to produce hydrogen and accepted as one of the most promising process. Due to the serious problems such as as global climate change and environmental pollution caused by the fossil fuels, there is an increasing requirement for a clean and sustainable energy source. Furtherrmore, the ability of R.capsulatus to fix nitrogen, to use solar energy makes it a model to study various aspects of its metabolism. Thus the goal of this study is to increase the potential in biohydrogen production with the photofermentative bacteria and to investigate the proteins playing roles in different growth modes of the bacteria.In the present study, protein profiles of Rhodobacter capsulatus grown on respiratory, anaerobic respiratory and photofermentative growth modes were obtained. LC-MS/MS system is used to analyze the proteome as a high throughput technique. Physiological analysis such as HPLC for the analysis of the carbon source consumption, GC and analysis of pigments were carried out to state the environmental conditions. As a result, total of 460 proteins were identified with 17 proteins being unique to particular growth condition. Ratios of the proteins in different growth conditions were compared and important proteins were highlighted.
Benzer Tezler
- Astenozoospermik hastalarda sperm proteomik yapısı ve bu olgularda antioksidan gıda desteğinin spermin proteomik yapısına ve semen parametrelerine etkisi: plasebo kontrollü çift kör randomize çalışma
Sperm proteomic profile in asthenozoospermic patients and the effect of antioxidant dietary support on sperm proteomic profile and semen parameters: a placebo-controlled double-blind randomized study
NACİ BURAK ÇINAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
ÜrolojiKocaeli ÜniversitesiÜroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA MELİH ÇULHA
- Proteomic analysis of heat and cold stress response of Rhodobacter capsulatus and evolutionary engineering of its heat resistant mutants
Rhodobacter capsulatus bakterisinin sicak ve soğuk stresi tepkilerinin proteomik analizleri ve sıcağa dayanıklı mutantlarının evrimsel mühendisliği
ABDULMECİT GÖKÇE
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
DR. YAVUZ ÖZTÜRK
- Proteome analysis of Blumeria graminis f. sp. hordei inoculated barley
Blumeria graminis f. sp. hordei ile enfekte edilmiş arpanın proteomik analizi
NEŞE ÖZGAZİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
YRD. DOÇ. DR. ASLIHAN GÜNEL
- Sıçan kemik iliği mezenkimal kök hücrelerinin proteom incelemesi
Proteome analysis of rat bone marrow mesenchymal stem cells
BETÜL ÇELEBİ
- Proteome analysis of Brachypodium distachyon leaves under drought stress
Kuraklık stresi altında Brachypodium distachyon yapraklarının proteom analizi
ÖZGE TATLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY