Proteome analysis of Blumeria graminis f. sp. hordei inoculated barley
Blumeria graminis f. sp. hordei ile enfekte edilmiş arpanın proteomik analizi
- Tez No: 259203
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA, YRD. DOÇ. DR. ASLIHAN GÜNEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 172
Özet
Biotrof patojen olan Blumeria graminis f. sp. hordei arpada külleme hastalığının etmenidir. Bu çalışmamızda Pallas01 ve Pallas03 arpa ırkları Blumeria graminis f. sp. hordei nin Bgh103(64/01) ırkı ile enfekte edilmesiyle 12, 24, 48 inci saatlerde toplanan örekler Rampitsch ve arkadaşları nın kullandığı protein izolasyonu yontemi kullanılarak izole edildi.Çalışmada üç biyolojik ve her biyolojik replika için üç teknik replika kullanılarak yapılan 2D-PAGE esnasında pH 4-7 IPG stripler kullanıldı. Elde edilen jellerin görüntü analizi PdQuest (Bio Rad) ile yapılarak artan yada azalan proteinler tespit edildi. Bu analiz sonucunda farklılaşması tespit edilen 38 proteinden 18 tanesinin anlatım seviyesinin yükseldiği, 8 tanesinin ise anlatım seviyesinin düştüğü gözlenmiştir.Tespit edilen proteinler el ile kesildikten sonra nano-LC-ESI-MS/MS ile kütle analizi yapılması için Proteome Factory'e gönderilmiştir. Analiz sonuçları MASCOT algoritması kullanılarak proteinlerin tanımlanmasında kullanılmıştır.Eksperimental moleküler agırlık ve pI değerleri kullanılarak imaj analizi ile tespit ettiğimiz 38 farklılaşmış proteinin identifikasyonu sağlanmış oldu. Identifiye edilmiş proteinler arasından karbonhidrat metabolizması sınıfından olan proteinlerin külleme hastalığı ile ekspresyon seviyesi değişmiş proteinler arasında en çok farklılaşma gösteren protein sınıfı olduğu tespit edilmiştir.Ekspresyon seviyelerindeki değişimler istatistik testleri kullanılarak birkez daha doğrulanarak sonuçlarımızın tutarlılığı gösterilmiştir.WoLF PSORT kullanılarak proteinlerin subselüler lokalizasyonu tahmin edilmiştir. Bu doğrultuda farklılaşan proteinlerin birçoğunun sitoplazma ya da kloroplastta bulunduğu tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Blumeria graminis f. sp. hordei is a biotroph pathogen that causes powdery mildew disease in barley. In this study, Pallas01 and Pallas03 barley lines having Mla1, Ml (Al2) and Mla6, Mla14 R-genes were inoculated with Bgh103(64/01) race of the Blumeria graminis f. sp. hordei having avirulence and virulence to Pallas01 and Pallas03, respectively.The proteins were isolated from the three biological replicates of 12, 24, and 48 hpi samples following the method in Rampitsch et al., 2006. These there biological replicates of three time points together with the mock inoculated plant proteins were separated on 2D-PAGE using IPG strips of 4-7 pH values as three technical replicates, resulting 108 gels.The gels were analyzed using PdQuest (Bio Rad) in order to assess up- or down-regulated protein spots by comparing against controls and the samples having resistance or susceptible responses with each other. According to the analysis, 36 proteins were found to be differentiated and among them 18 proteins were found up-regulated and 8 proteins were found down-regulated. The spots were manually excised and subjected to the nano-LC-ESI-MS/MS analysis (Proteome Factory, Germany). The MASCOT algorithm was used for identification of the possible proteins. The experimental pI and MW values were used for selecting the differentiated proteins from the mass results.The relative abundance of each of the 38 identified polypeptides was calculated in terms of spot intensity. The majority of the most abundant proteins were found to be carbohydrate metabolism related. The relative distribution of the proteins into four main functional categories was taken into consideration.Statistical tests (Students? T-test) were carried among the identified proteins in order to reveal statistically significant proteins throughout the study.By making a WoLF PSORT search, subcellular localization of the proteins was predicted. Accordingly, most of the proteins were found to be located in cytoplasm or chloroplast.
Benzer Tezler
- Sıçan kemik iliği mezenkimal kök hücrelerinin proteom incelemesi
Proteome analysis of rat bone marrow mesenchymal stem cells
BETÜL ÇELEBİ
- Proteome analysis of hydrogen production mechanism of Rhodobacter capsulatus grown on different growth conditions
Farklı koşullarda büyütülen Rhodobacter capsulatus bakterisinin hidrojen üretim mekanizmasının proteomiks yöntemi ile analizi
BEGÜM PEKSEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
DR. YAVUZ ÖZTÜRK
PROF. DR. MERAL YÜCEL
- Proteome analysis of Brachypodium distachyon leaves under drought stress
Kuraklık stresi altında Brachypodium distachyon yapraklarının proteom analizi
ÖZGE TATLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Tütün bitkisinde abiyotik stres koşullarında mitokondri proteomunun incelenmesi
Mitochondrial proteome analysis of tobacco under abiotic stress conditions
LEVENT SOYLU
- Mass spectrometry-based proteome analysis of Leishmania Major parasite in two clinical isolates which exhibit different impact on virulence
Leishmania Major parazitinin farklı virülens etki gösteren iki klinik vakada kütle spektrometresine dayalı proteomik analizi
NAZLI GÜVENÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TALAT YALÇIN
