Mixed effects models for time series gene expression data
Zaman serisi gen ifade verileri için karma etkili modeller
- Tez No: 305086
- Danışmanlar: DOÇ. DR. İNCİ BATMAZ, YRD. DOÇ. DR. ÖZLEM İLK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: İstatistik, Statistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İstatistik Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hücre türü ve ilaç gibi deneysel faktörler, genlerin mikrodizinlerden elde edilen nicel ölçümleri olan bireysel ifade düzeylerini etkilemektedir. Yapılan ölçümler eşit aralıklı olmayan birkaç zaman noktasında ve tekrarlı şekilde toplanabilir. Bu çalışmanın amacı hücre türü, ilaç etkisi ve kısa zaman serisi gibi unsurları inceleyip, bunların genler üzerindeki bireysel etkileri üzerine çıkarsama yapmaktır. Gen ifade verisinin hiyerarşik yapısını modellemek üzere karma etkili bir model (LME) önerilmiş ve bir benzetim çalışmasıyla modelin başarımı doğrulanmıştır. Benzetim verileri, Nymark vd. (2007) tarafından yapılan çalışmada kullanılan gerçek verinin yapısına uygun olarak türetilmiştir. Modelin tahmin edici başarımı doğruluk, hassasiyet ve özgüllük ölçüleri ile değerlendirilmiş ve Smyth (2004) tarafından önerilen Limma isimli seçenek yöntemle karşılaştırılmıştır. Ayrıca her iki yöntem gerçek veriler üzerinde de karşılaştırılmıştır. Benzetim sonuçları önerilen modelin tahmin edici başarımının %99 gibi çok yüksek bir düzeyde olduğunu, hatta Hatalı Keşif Oranı (FDR) değerlerinin %0.4 kadar düşük olup, aynı değerin Limma'da en az %32 kadar olduğunu göstermiştir. Dahası, LME'nin sürekli bir bağımsız değişken olan zaman parametresi üzerindeki tahmin edici başarımı %99 düzeyinde iken, Limma sadece %67 düzeyinde kalmış olup sürekli bağımsız değişkenlerin kullanımına bile uygun değildir.
Özet (Çeviri)
The experimental factors such as the cell type and the treatment may have different impact on expression levels of individual genes which are quantitative measurements from microarrays. The measurements can be collected at a few unevenly spaced time points with replicates. The aim of this study is to consider cell type, treatment and short time series attributes and to infer about their effects on individual genes. A mixed effects model (LME) was proposed to model the gene expression data and the performance of the model was validated by a simulation study. Realistic data sets were generated preserving the structure of the sample real life data studied by Nymark et al. (2007). Predictive performance of the model was evaluated by performance measures, such as accuracy, sensitivity and specificity, as well as compared to the competing method by Smyth (2004), namely Limma. Both methods were also compared on real life data. Simulation results showed that the predictive performance of LME is as high as 99%, and it produces False Discovery Rate (FDR) as low as 0.4% whereas Limma has an FDR value of at least 32%. Moreover, LME has almost 99% predictive capability on the continuous time parameter where Limma has only about 67% and even it cannot handle continuous independent variables.
Benzer Tezler
- Karıştırıcılar ve karıştırma kabındaki akım olaylarının incelenmesi
Başlık çevirisi yok
NADİR İLTEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ÖMER SAMİH MERTBAŞ
- Marmara bölgesindeki kavun ve karpuz yetiştiriciliğinin bugünkü durumu, sorunları ve öneriler
The Status of melon and water melongrowing in Marmara region at present and its Problems and recommedations
MEHMET GÜLER
- Üzüm sularının pastörizasyonu ve kontsantresi sırasında hidroksimetilfurfural oluşumu üzerinde bir araştırma
Başlık çevirisi yok
ŞERİFE ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiTarım Ürünleri Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYDIN URAL
- Computer aided design of lumped and distributed broadband matching and filtering networks
Başlık çevirisi yok
ADNAN KÖKSAL
Yüksek Lisans
İngilizce
1987
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEVZAT YILDIRIM
- Pastörizasyondan sonra kültür ilavesinin ekşi kremadan yapılan tereyağlarının özelliklerine etkisi üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
SERAP TAMER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiSüt Teknolojisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ERGİN OKTAR
- Şeker şurubunun inversiyonuna etki eden kimi faktörlerin araştırılması
Başlık çevirisi yok
SAİDE GÜNERİ
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiTarım Bilimleri ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÜNAL YURDAGEL