Molecular phylogenetic position of Turkish abies (Pinaceae) based on noncoding trn regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Türkiye göknarının filogenetik analizi
- Tez No: 305121
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Abies türleri, Türkiye, cpDNA, trn, moleküler filogenetik, Abies spp, Turkey, cpDNA, trn regions, molecular phylogenetic
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 97
Özet
Pinaceae (Pinus' dan sonra) ailesinin 51 türden oluşan ikinci en büyük cinsi Abies olup kuzey yarım kürede yayılış göstermektedir.Bu cinsin 6 doğal taksonu ülkemizde saf ve karışık meşçereler halinde bulunmaktadır. Abies cilicica subsp. isaurica, Abies nordmanniana subsp. bornmülleriana, Abies nordmanniana subsp. equi-trojani, Abies x olcayana endemik olup az tehdit altında (LR: lower risk) tür kategorisinde değerlendirilmektedir.Türkiye' deki göknar türlerinin genetik ilişkisini belirlemek için, göknar türlerini temsilen 18 farklı göknar populasyonu Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplandı ve kloroplast DNA' sının kodlanmayan trn bölgesi çalışıldı. Türlerin genetik yapısının değerlendirilmesi için trnL, trnF ve trnV bölgeleri incelendi. Dünyadaki tüm göknar türlerinin (Uluslararası Bitki Adları İndeksi' nde yer alan yaklaşık 300 tür) trn bölgeleri NCBI veritabanında (Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi, 2010) araştırıldı. Türkiye göknarlarının filogenetik konumunu netleştirmek için 23 tane göknar türünün trn dizileri analiz edildi. Bu çalışmadaki bütün moleküler analizler MEGA bilgisayar yazılımı ile yapılmıştır.Kloroplast DNA'sının trn bölgelerinin verileriyle elde edilen filogenetik ağaca göre; Türkiye göknarlarının monofiletik bir grup oluşturduğu gözlemlenmiştir.trnL bölgesi ile elde edilen filogenetik ağaca göre, en önemli bulgulardan biri Türkiye-Avrupa türlerininin aynı grupta yer almasıdır. Aynı zamanda, tek Japon türü olan A. veitchii onlardan farklı grupta yer almaktadır. trnF bölgesi verileriyle elde edilen filogenetik ağaca göre ise; Türkiye göknar türleri aynı grupta yer alarak Asya-Amerikan göknar türlerinden ayrıldığı görülmüştür.Sonuçlar Türkiyedeki göknar türlerinin tek bir ata göknar türünden (muhtemelen Abies nordmanniana) evrimleşmiş olabileceğini düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
Abies is the second largest genus of family Pinaceae (after Pinus), consisting of about 51 species, all native to the Northern Hemisphere.There are six native taxa belonging to this genus growing in pure and mixed stands in Turkey. Abies cilicica subsp. isaurica, Abies nordmanniana subsp. bornmülleriana, Abies nordmanniana subsp. equi-trojani, Abies x olcayana are endemic and considered as lower risk (LR) species.To determine the genetic relationships in Turkish firs, 18 populations of different subspecies of Abies were collected from different regions of Turkey and non-coding trn regions of chloroplast DNA were sequenced to assess the genetic structure of the studied species. trnL, trnF and trnV region were examined. All the trn regions of Abies species in the world (aproximately 300 species that found in the IPNI (The International Plant Names Index) were investigated in the database of NCBI. The available trn sequences of 23 Abies species worldwide included into the analyses. All analyses to estimate molecular diversity parameters were carried out with the MEGA software.The constructed phylogenetic tree with the trn sequences revealed that Turkish firs formed a monophyletic group with almost no sequence divergence.Since sequence data for all three sectors of trn were not available from the NCBI data base, the phylogentic analysis with the sequence data of trnL regions were compartively analyzed in all firs. The results showed that Turkish- European species formed a single clade, which clearly differentiated them from the others, such as Japanese species, A. veitchii. Similarly, according to the sequence data of trnF, Turkish fir species were grouped together and distinctly separated from Asian-American Fir species.The results suggest that all Turkish firs may have evolved from single ancestral fir species, most likely from Abies nordmanniana.
Benzer Tezler
- Acanthobrama thisbeae'nin filogenetik konumunun moleküler verilerle belirlenmesi
Determination of Acanthobrama thisbeae's phylogenetic status by molecular data
BİLGE ÇELİK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Su ÜrünleriKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ALP
PROF. DR. EMİN ÖZKÖSE
- Türkiye kıyılarında yaşayan denizel horozbina (Blennidae, Perciformes) türlerinin filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of marine blennies (Blennidae, Perciformes) living on the coasts of Turkey
SERDAR DENİZ ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiHaliç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MEHMET BAKİ YOKEŞ
- Phylogenetic analysis of 16S rRNA for determination of microbial community in anoxic marin sediments of Haliç
Mikrobiyal komünitenin belirlenmesi ile Haliç anoksik deniz sedimentlerinde 16S rRNA'nın filogenetik analizi
SEHER BAHAR AÇIKSÖZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
DOÇ. DR. HAKAN BERMEK
PROF. DR. ORHAN İNCE
- Cytochrome oxidase 1 (cox1) moleküler beli̇rteci̇ kullanılarak Accanthopus Dejean, 1821 (Tenebrionidae, Helopini) ci̇nsi̇ni̇n taksonomi̇k durumunun beli̇rlenmesi̇
Using the molecular marker cytochrome oxidase 1 (cox1) to identify the taxanomic position of genus Accanthopus Dejean, 1821 (Tenebrionidae, Helopini)
AYŞE NUR PEKTAŞ
- Kronik hepatit b virüs (HBV) hastalarında hepatit d virüs (HDV) genotiplendirilmesi ve filogenetik analizi
Genotypes and phylogenetic characterization of hepatitis delta virus (HDV) in patients with chronic hepatitis B virus
PINAR DEMİREL ÖNER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Tıbbi BiyolojiFırat ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN BULUT