Examining the interaction partners of essential chromatin regulators in triple- negative breast cancer
Üçlü negatif meme kanserinde temel kromatin düzenleyicilerinin etkileşim partnerlerinin incelenmesi
- Tez No: 818884
- Danışmanlar: PROF. DR. TUĞBA BAĞCI ÖNDER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Tıbbi Biyoloji, Biology, Molecular Medicine, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Hücresel ve Moleküler Tıp Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 143
Özet
Üçlü negatif meme kanseri (TNBC) oldukça invazif olan ve HER2, östrojen ve progesteron reseptörlerinin yokluğu ile ortaya çıkan bir meme kanseri türüdür. Spesifik hormon reseptörlerinin eksikliği, geleneksel hedefe yönelik tedavilerin başarısız olmasına sebep olmaktadır. Tedavi seçeneklerinin yetersizliği ve genetik yolakların kompleksliği bizi üçlü negatif meme kanserinde epigenetik çalışmalara yönlendirmiştir. Önceki çalışmalarımızda, özgün bir epigenetik düzenleyici olan SS18L2'nun TNBC hücre canlılığında etkileri olduğu gözlemlenmiştir. SS18L2 (Synovial Sarcoma Translocation Gene on Chromosome 18- Like Protein 2), BAF (SWI/SNF) kompleksinde yer alan SS18 ve SS18L1 kromatin düzenleyicilerinin homoloğudur. Literatürde SS18L2 hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır ve SS18L2'nin kanser türleri üzerindeki etkileri henüz bilinmemektedir. SS18L2'nin TNBC hücrelerinin hayatta kalması üzerindeki etkilerini açığa çıkartmak için SS18L2'nin etkileşim partnerleri TNBC hücre modelinde incelenmiştir. SS18L2 etkileşim ağını incelemek için BioID (Proximity Dependent Biotin Identification) metodu uygulanmıştır. BioID füzyon proteinleri, SS18L2 ve homologları SS18 ve SS18L1 için tasarlanmıştır ve hücre temelli deneyler ile teyit edilmiştir. Öncelikle, western blot deneyleri tasarlanmış olan BioID füzyon proteinlerinin etkili ve spesifik olarak üretildiğini göstermiştir. SS18L2, SS18 ve SS18L1 füzyon proteinleri immünofloresan boyamalar ile tespit edilmiş ve temel olarak çekirdekte lokalize olduğu gösterilmiştir. Füzyon proteinlerinin stabil ekspresyonu ile oluşan hücre hatlarının biyotinlenme verimliliği ve pull-down deneyleri test edilmiş, N-BioID füzyonları gelecek deneyler için seçilmiştir. SS18L2'nin özgün ve homologları SS18 ve SS18L1'den farklı olan etkileşim partnerlerinin seçilmesi için kütle spektrometresi deneyleri üç homolog için de gerçekleştirilmiştir. Sonuçlar SS18L2 için LogFC değeri 2'den yüksek 169 adet etkileşim partneri ile birlikte 15 adet LogFC değeri 5' den yüksek ve p değeri 0.001'den düşük olan etkileşim partneri belirlemiştir. Bu etkileşimler çoğunlukla SMARCC1, SMARCD1, SMARCA2/4, ARID1B, GLTSCR1, DPF2, ARID1A, SMARCB1, SMARCC2 ve BCL7 gibi BAF (SWI/SNF) kompleksi üyelerinden oluşmaktadır. SS18 ve SS18L1' in etkileşim partnerleri SS18L2 ile benzer çıkmış, ancak daha fazla protein tanımlanmıştır (sırası ile 374 ve 267). SS28L2 için 17 adet özgün etkileşen protein bulunmuştur, ancak etkileşimlerin önem değerleri düşük olduğundan çalışmalar ilerletilmemiştir. Tümü ile ele alındığında, bu çalışma SS18L2'nin TNBC hücrelerinde BAF kompleks ile etkileştiğini göstermiştir. SS18L2'nin özgün hücrelerde hayatta kalım düzenleyici rolünün arkasındaki mekanizmalar henüz yanıtlanmamıştır ve farklı yaklaşımlar ile daha fazla çalışmaya ışık tutmaktadır. Bu tez, SS18L2'nin kanser üzerindeki rolünü çözmek için güçlü bir temel sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Triple Negative Breast Cancer (TNBC) is a highly invasive breast cancer subtype, which occurs with the absence of HER2, Estrogen and Progesterone receptors. The lack of specific hormone receptors causes the conventional targeted therapies to fail. The absence of such therapeutic options and the complexity of the genetic pathways led us to study the epigenetics of TNBC. From our previous studies, a novel epigenetic regulator SS18L2 was identified to be affecting TNBC cell viability and cell cycle. SS18L2 (Synovial Sarcoma Translocation Gene on Chromosome 18- Like Protein 2) is a homolog of SS18 and SS18L1, chromatin regulators found in BAF (SWI/SNF) complex. There is limited knowledge on SS18L2 and the roles of SS18L2 in cancer are elusive. To decipher the roles of SS18L2 in TNBC cell survival, we aimed to reveal the interaction partners of SS18L2 in a TNBC cell line model. To examine the interactome of SS18L2, BioID (Proximity Dependent Biotin Identification) method was utilized. The BioID fusion proteins were engineered for SS18L2 and its homologs, SS18 and SS18L1; which were all further examined with cell-based assays. First, western blot experiments revealed efficient and specific production of engineered BioID fusion proteins. The SS18L2, SS18L1, and SS18 fusion proteins were mainly localized to nucleus, as gauged by immunofluorescence staining. Biotinylation efficiencies of the cell lines overexpressing the fusion proteins and the pull-down efficiency were all tested; and N-BioID fusion constructs were chosen for further experiments. To identify the unique interaction partners of SS18L2, different than its homologs, SS18 and SS18L1, mass spectrometry was performed for all three homologs. The results showed 169 interacting partners of SS18L2, with LogFC higher than 2 and 15 hit proteins with LogFC higher than 5 and p value smaller than 0.001. These interactions were mainly from the BAF (SWI/SNF) complex, such as SMARCC1, SMARCD1, SMARCA2/4, ARID1B, GLTSCR1, DPF2, ARID1A, SMARCB1, SMARCC2 and BCL7. The interactomes of SS18 and SS18L1 were similar to that of SS18L2, although a higher number of proteins were identified (374 and 267 respectively). There were 17 unique interacting proteins for SS18L2, however the significance values for these interactions were low, prompting further studies. Overall, the study shows that SS18L2 forms complexes within BAF complex in TNBC cells. The mechanisms behind the selective cell survival regulatory role of SS18L2 remains unanswered, prompting more studies with different approaches. This thesis provides a strong groundwork for deciphering the role of SS18L2 in cancer.
Benzer Tezler
- Ekolojik çiftliklerin yönetim ve örgütlenme pratikleri üzerine bir araştırma
A research on management and organizational practices of ecological farms
NUR CEREN ALTUNSOY
- Sürdürülebilir tedarik zinciri performansının değerlendirilmesinde SCOR modelinin incelenmesi
An analysis of the SCOR model in evaluating sustainable supply chain performance
CEYDA ÇALIŞIR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLAY ÇELEBİ GONIDIS
- A new approach to corporate social responsibility: Corporate digital responsibility, analysis of Turkish banking and e-commerce sectors
Kurumsal sosyal sorumluluğa yeni bir yaklaşım: Kurumsal dijital sorumluluk, Türk bankacılık ve e-ticaret sektörlerinin analizi
CEYDA CİHAN AYDOĞDU
Doktora
İngilizce
2024
BankacılıkGalatasaray ÜniversitesiRadyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BANU MÜJDE BASKAN KARSAK
- Türkiye – AB dış ticaret istatistiklerinin karşılaştırılması:2002 – 2014
A comparison of the foreign trade statistics between Turkey and the EU: 2002 - 2014
MEHMET METİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
EkonomiKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesiİktisat Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ENVER GÜNAY
- Initial characterization of CXXC5 as a putative DNA binding protein
Potensiyel olarak DNA'ya bağlanan CXXC5 proteininin ön karakterizasyonu
PELİN YAŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT MUYAN