Identification of novel proteins that interact with BRI3, a putative transcriptional target of the Wnt/ß-catenin signaling pathway
Wnt/ß-katenın sinyal yolağının varsayılan transkripsiyonel hedef genlerinden biri olan BRI3 ile iletişim kuran yeni proteinlerin tanımlanması
- Tez No: 246244
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. NECLA BRİGÜL İYİSON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
Evrim süresince korunmuş bir yolak olan Wnt/ß-katenin sinyal yolağının omurgalı erken gelişiminde, eksen oluşumunda, hücre çoğalması ve morfojenezde önemli görevleri vardır. Bu yolağın aktivasyonu, transkripsiyonel aktivatör olan ß-kateninin çekirdeğe girmesine ve orada gelişimsel ve hücre döngüsü bağlantılı genlerin anlatımını düzenleyen Tcf/Lef transkripsiyon faktörlerini aktive etmesine yol açar. Labımızda önceden gerçekleştirilen SAGE analizi sonuçlarının ortaya koyduğu üzere, BRI3, ß-kateninin mutant formunun varlığında anlatımı önemli derecede artış gösteren genlerden bir tanesidir. Önceki çalışmalarda, BRI3 anlatımının lityum ile işlemden geçirilen Huh7 hücre hatlarında arttığı tespit edilmiştir. Öte yandan, yayınlanmış olan makaleleri göz önüne alırsak, BRI3'ün TNF-? aracılı hücre ölüm yolağında çok önemli bir rolü olduğu ortaya konulmuştur. BRI3'ün promotör aktivitesi lüsiferaz raportör deneyleri ile analiz edilmiş ve ß-kateninin aşırı anlatımından dolayı bu promotör aktivitesinin arttığı tespit edilmiştir. Bu çalışmada, BRI3 proteini yem olarak kullanılarak, insan karaciğeri cDNA kütüphanesi maya iki hibrit yöntemi kullanılarak taranmış ve BRI3'ün Wnt/ß-katenin sinyal yolağı dahilindeki işlevini açığa çıkartmaya olanak sağlayacak yeni bağlanma partnerlerinin keşfedilmesi amaçlanmıştır. Maya çiftleştirilmesi yoluyla kütüphane taramasının sonucunda tanımlanan 2 aday klon, kompetan maya hücrelerinde gerçekleştirilen kotransformasyon yöntemiyle doğrulanmıştır, fakat sonuçların memeli hücreleri kullanılarak yapılacak olan birlikte immün çöktürme yöntemi ile de doğrulanması gerekmektedir. Sonuç olarak, bu çalışma en başta, BRI3'ün Wnt/ß-katenin sinyal yolağındaki aksiyon mekanizmasının tanımlanması için gerekli olan, BRI3 ile iletişime geçen yeni proteinlerin keşfedilmesine öncülük edecektir. Buna ilaveten, Wnt/ß-katenin yolağı ile TNF-? aracılı hücre ölüm yolağı arasındaki olası bir etkileşimin açığa çıkmasına olanak sağlanacaktır.
Özet (Çeviri)
The Wnt/ß-catenin signaling pathway is an evolutionary conserved pathway which has important functions in vertebrate early development, axis formation, cellular proliferation and morphogenesis. The activation of this pathway leads to translocation of the transcriptional activator ß-catenin into the nucleus where it activates T-cell factor/Lymphoid enhancer factor (Tcf/Lef) family of transcription factors, which regulate expression of developmental and cell cycle-related genes. The results of SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) performed recently in our lab indicated that BRI3 (Brain Protein I3) is one of the genes displaying increased expression in the presence of mutant -and thus more stable- form of ß-catenin. In previous studies, BRI3 expression was found to be upregulated in Huh7 cell lines upon lithium treatment. Moreover, with regard to previous literature, BRI3 was found to have a very important role in the TNF-? mediated cell death pathway. Also, its promoter activity was analyzed by luciferase reporter assays and found to have been increased due to overexpression of ß-catenin. In this study, we screened a human liver cDNA library by yeast two-hybrid assay using BRI3 as bait, with the aim to find novel binding partners of BRI3 and provide clues for the functional study of BRI3 with respect to the Wnt/ß-catenin pathway. Library screening by yeast mating resulted in the identification of 2 candidate positive clones, which have been confirmed by cotransformation to the competent yeast cells, but the results still need to be verified by co-immunoprecipitation using mammalian cells. In conclusion, this study mainly will lead to the discovery of novel BRI3-interacting proteins which is essential for identification of the action mechanism of BRI3 in Wnt/ß-catenin signaling. Furthermore, any possible interaction between Wnt/ß-catenin pathway and TNF-? mediated cell death pathway can be revealed ultimately.
Benzer Tezler
- Identification of novel transcription factors that modulate BMAL1: CLOCK transactivation
CLOCK-BMAL1 transaktivasyonunu etkileyen yeni transkripsiyon faktorlerinin tanımlanması
SELMA BULUT
Doktora
İngilizce
2017
BiyokimyaKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI
- Identification gastric epithelial cell surface proteins that interact with Helicobacter pylori outer inflammatory protein A
Helicobacter pylori inflamatuvar protein A (OipA) ile etkileşime giren gastrik epitel hücre yüzey proteinlerin tanımlanması
ELİF KILIÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyoteknolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiMedikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNEM ÖKTEM OKULLU
- Investigation of proteins associated with circadian rhythms using CRISPR-CAS9 technology and proximity labeling
CRISPR-CAS9 teknolojisi ve yakınlık etiketlendirmesi kullanılarak sirkadiyen ritim ile ilgili proteinlerin incelenmesi
FATMA YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURİ ÖZTÜRK
- The role of CD3 delta interacting proteins in T cell receptor assembly and signaling
CD3 delta ile etkileşimde bulunan proteinlerin T hücresi reseptörü oluşumu ve sinyallemesindeki rolü
ŞAFAK IŞIL ÇEVİK
Doktora
İngilizce
2010
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BATU ERMAN
- The quest for better cancer therapies:Identification of transcription factor involvement in ATP7B regulation via dCas9-Apex2 (Caspex), TOX4 as a potential regulator of Cisplatin resistance
Cisplatin direncini aşma arayışı: ATP7B düzenlemesinde transkripsiyon faktörlerinin dCas9-Apex2 (Caspex) Aracılığıyla Belirlenmesi ve Cisplatin Direncinde Bir Düzenleyici Olarak TOX4'ün tanımlanması
BATUHAN ALTAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEYDA AÇILAN AYHAN
DOÇ. DR. NATHAN ALLAN LACK