Geri Dön

G PROTEİNİ BETA/GAMA ALT BİRİMİNİN ÜÇÜNCÜL YAPISININ HOMOLOJİ (BENZEŞİM) MODELLEMESİ İLE BELİRLENMESİ

DETERMINING THE TERTIARY STRUCTURE OF BETA/GAMMA SUBUNITS OF G PROTEIN USING HOMOLOGY MODELLING

  1. Tez No: 310159
  2. Yazar: RUKİYE MACİT
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Biophysics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 44

Özet

Bu çalışmada, hücre içi sinyal iletiminde rol alan ve daha çok merkezi sinir sisteminde bulunan insan Go proteininin ?, ß ve ? altbirimlerinin yapısı benzeşim modellemesi ile modellendi. Elde edilen model daha sonra yapılması planlanan teorik yapı işlev çalışmalarında kullanılacaktır.Benzeşim modellemesi için MODELLER yazılımı kullanıldı. Kalıp dizileri olarak sıçan ve sığır proteinlerinin birleşiminden oluşa kimerik protein dizisi (PDB ID: 3AH8) ve insan protein dizisi (PDB ID: 2QNS) kullanıldı. Elde edilen en iyi modelin enerjisi moleküler dinamik simülasyon yöntemi kullanılarak minimize edildi. Enerji minimizasyonu için NAMD yazılımı kullanıldı.Elde edilen ß? dimer ve ?ß? heterotrimer üçüncül yapıların, X-ışını kristalografisinden elde edilen benzer protein yapıları ile uyumlu olduğu görüldü.

Özet (Çeviri)

In this study, tertiary structure of ?, ß and ? subunits of human Go protein which plays an important role in signal transduction and is found mostly in central nervous system was modelled by homology modelling. The tertiary structure obtained from modelling will be used for further studies on structure and function studies.Homology modelling was done by MODELLER. Chimeric rat/bovine (PDB ID: 3AH8) and human protein (PDB ID: 2QNS) sequences were used as template sequences. Energy of the best model was minimized by molecular dynamic simulation using NAMD.Tertiary structures of ß? dimer ve ?ß? heterotrimer are highly consistent with the tertiary structures obtained by X-ray crystallography.

Benzer Tezler

  1. Go proteini betagama alt biriminin etkileştiği olası efektörlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi

    Investigating the interactions between beta-gamma subunit of go protein and its candidate effector proteins by bioinformatics tools

    GONCA GÜZEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyofizikMarmara Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR

  2. Cloning and expression of beta subunit (AGB1) of heterotrimeric G-protein complex from a.thaliana

    A.thaliana heterotrimerik G proteini beta alt birimi(AGB1)nin klonlanmasi ve ekspres edilmesi

    ELİF MOLLAMEHMETOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyomühendislikSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEHRA SAYERS

  3. Characterization of A. thaliana G-protein gamma subunit (AGG2) and investigation of DTT effect on its oligomeric state

    A.thaliana G-proteini gama altbirimi (AGG2)nin karakterizasyonu ve DTT nin oligomerik durumu üstüne etkisinin incelenmesi

    ANIL AKTÜRK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyokimyaSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEHRA SAYERS

  4. Expression and purification of Arabidopsis thaliana heterotrimeric G protein alpha subunit (GPA1) using bacteria and yeast systems

    A.Thaliana G-proteini alfa altbirimi (GPA1)' ın bakteri ve maya sistemlerinde ekspresyonu ve saflaştırılması

    HAZAL BÜŞRA KÖSE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyofizikSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEHRA SAYERS

  5. Virtual functional profiling of variants of unknown significance in the GABRB3 gene associated with epilepsy

    Epilepsi ile ilişkili GABRB3 genindeki önemi bilinmeyen varyantların sanal fonksiyonel profili

    DERYA TÜRKMEN DELİOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyoteknolojiÜsküdar Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLA ARSLAN