G PROTEİNİ BETA/GAMA ALT BİRİMİNİN ÜÇÜNCÜL YAPISININ HOMOLOJİ (BENZEŞİM) MODELLEMESİ İLE BELİRLENMESİ
DETERMINING THE TERTIARY STRUCTURE OF BETA/GAMMA SUBUNITS OF G PROTEIN USING HOMOLOGY MODELLING
- Tez No: 310159
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 44
Özet
Bu çalışmada, hücre içi sinyal iletiminde rol alan ve daha çok merkezi sinir sisteminde bulunan insan Go proteininin ?, ß ve ? altbirimlerinin yapısı benzeşim modellemesi ile modellendi. Elde edilen model daha sonra yapılması planlanan teorik yapı işlev çalışmalarında kullanılacaktır.Benzeşim modellemesi için MODELLER yazılımı kullanıldı. Kalıp dizileri olarak sıçan ve sığır proteinlerinin birleşiminden oluşa kimerik protein dizisi (PDB ID: 3AH8) ve insan protein dizisi (PDB ID: 2QNS) kullanıldı. Elde edilen en iyi modelin enerjisi moleküler dinamik simülasyon yöntemi kullanılarak minimize edildi. Enerji minimizasyonu için NAMD yazılımı kullanıldı.Elde edilen ß? dimer ve ?ß? heterotrimer üçüncül yapıların, X-ışını kristalografisinden elde edilen benzer protein yapıları ile uyumlu olduğu görüldü.
Özet (Çeviri)
In this study, tertiary structure of ?, ß and ? subunits of human Go protein which plays an important role in signal transduction and is found mostly in central nervous system was modelled by homology modelling. The tertiary structure obtained from modelling will be used for further studies on structure and function studies.Homology modelling was done by MODELLER. Chimeric rat/bovine (PDB ID: 3AH8) and human protein (PDB ID: 2QNS) sequences were used as template sequences. Energy of the best model was minimized by molecular dynamic simulation using NAMD.Tertiary structures of ß? dimer ve ?ß? heterotrimer are highly consistent with the tertiary structures obtained by X-ray crystallography.
Benzer Tezler
- Go proteini betagama alt biriminin etkileştiği olası efektörlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi
Investigating the interactions between beta-gamma subunit of go protein and its candidate effector proteins by bioinformatics tools
GONCA GÜZEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyofizikMarmara ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR
- Cloning and expression of beta subunit (AGB1) of heterotrimeric G-protein complex from a.thaliana
A.thaliana heterotrimerik G proteini beta alt birimi(AGB1)nin klonlanmasi ve ekspres edilmesi
ELİF MOLLAMEHMETOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA SAYERS
- Characterization of A. thaliana G-protein gamma subunit (AGG2) and investigation of DTT effect on its oligomeric state
A.thaliana G-proteini gama altbirimi (AGG2)nin karakterizasyonu ve DTT nin oligomerik durumu üstüne etkisinin incelenmesi
ANIL AKTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyokimyaSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA SAYERS
- Expression and purification of Arabidopsis thaliana heterotrimeric G protein alpha subunit (GPA1) using bacteria and yeast systems
A.Thaliana G-proteini alfa altbirimi (GPA1)' ın bakteri ve maya sistemlerinde ekspresyonu ve saflaştırılması
HAZAL BÜŞRA KÖSE
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyofizikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEHRA SAYERS
- Virtual functional profiling of variants of unknown significance in the GABRB3 gene associated with epilepsy
Epilepsi ile ilişkili GABRB3 genindeki önemi bilinmeyen varyantların sanal fonksiyonel profili
DERYA TÜRKMEN DELİOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoteknolojiÜsküdar ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLA ARSLAN