Go proteini betagama alt biriminin etkileştiği olası efektörlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi
Investigating the interactions between beta-gamma subunit of go protein and its candidate effector proteins by bioinformatics tools
- Tez No: 394161
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 60
Özet
Amaç: Sinyal iletisinde görev alan G proteini βγ alt biriminin etkileştiği efektör proteinlerin bir kısmı belirlenmiş olmasına karşın, elde edilen deneysel bulgular eksik ve yetersizdir. Bu çalışmada, βγ alt biriminin etkileştiği efektör proteinler ve bu proteinlerle olası etkileşimleri hesaplamalı yöntemlerle belirlenmeye amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: Tez çalışması kapsamında öncelikle olası efektör proteinlerin amino asit dizileri elde edilmiş, bu diziler çoklu olarak hizalanmış ve spesifik motifler araştırılmıştır. Bu veriler kullanılarak veri tabanlarından benzer proteinler belirlenmiştir. Üçüncül yapısı bilinmeyen proteinlerin üçüncül yapısı benzeşim modellemesi ile elde edilmiştir. Elde edilen yapılar sulu ortamda moleküler dinamik simülasyon yöntemi kullanılarak iyileştirilmiştir. Daha sonra bu yapıların βγ alt birimi ile etkileşimi docking yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Bulgular ve sonuçlar: Docking simülasyonu sonrasında elde edilen veriler, olası bazı efektör proteinlerin βγ alt birimi ile etkileşime girme potansiyelleri olduğunu düşündürmektedir. Bu potansiyel etkileşimlerin deneysel yöntemlerle doğrulanması gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Aim: Although potential effectors that interact with βγ subunits of G proteins in signal transduction are partially known, experimental findings are not enough to elucidate the complete interactions. The aim of this study is to determine the other probable effectors of βγ subunits of G protein and the interactions between βγ subunits and effector proteins using computational methods. Materials and methods: During the study, amino acid sequences of potential effector proteins were obtained and aligned by multiple alignment tools to determine the specific motifs in the protein family. Using these data, similar protein sequences were obtained from biological databases. The tertiary structure of effectors was determined using homology modeling and refined by molecular dynamics simulation. Then possible interactions between Go protein and effector proteins were studied using docking simulation method. Results and conclusions: Results obtained from docking simulations point out some specific interactions between Go protein and effector proteins. All these potential interactions need to be confirmed by experimental studies.
Benzer Tezler
- G PROTEİNİ BETA/GAMA ALT BİRİMİNİN ÜÇÜNCÜL YAPISININ HOMOLOJİ (BENZEŞİM) MODELLEMESİ İLE BELİRLENMESİ
DETERMINING THE TERTIARY STRUCTURE OF BETA/GAMMA SUBUNITS OF G PROTEIN USING HOMOLOGY MODELLING
RUKİYE MACİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyofizikMarmara ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR
- Go proteini alfa alt biriminin etkileştiği olası efektör proteinlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi
Determination of possible effectors of go protein alpha sub-type by bioinformatic tools
SİBEL DENİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyofizikMarmara ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR
- G-proteini-kenetli-reseptörler ve Go proteini arasındaki etkileşimlerin moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmesi
Research of interactions between g protein coupled receptors and Go protein with molecular dynamics simulation
MEHMET HAKAN ALBAYRAK
- Üç farklı durumdaki G proteini alfa altbiriminin üçüncül yapısının benzeşim modellemesi ve moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmesi
Investigating the tertiary structure of ALPHA subunit of the G protein in three different states using homology modelling and molecular dynamics simulation
AYDIN KARAGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyofizikMarmara ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CEVDET NACAR
- Go proteininin alfa altbiriminin üçüncül yapısının deneysel ve kuramsal olarak incelenmesi
Studies on the tertiary structure of alpha subunit of go protein by experimintal and theoretical methods
CEVDET NACAR