Geri Dön

Go proteini betagama alt biriminin etkileştiği olası efektörlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi

Investigating the interactions between beta-gamma subunit of go protein and its candidate effector proteins by bioinformatics tools

  1. Tez No: 394161
  2. Yazar: GONCA GÜZEL
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Biophysics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 60

Özet

Amaç: Sinyal iletisinde görev alan G proteini βγ alt biriminin etkileştiği efektör proteinlerin bir kısmı belirlenmiş olmasına karşın, elde edilen deneysel bulgular eksik ve yetersizdir. Bu çalışmada, βγ alt biriminin etkileştiği efektör proteinler ve bu proteinlerle olası etkileşimleri hesaplamalı yöntemlerle belirlenmeye amaçlanmıştır. Gereç ve yöntem: Tez çalışması kapsamında öncelikle olası efektör proteinlerin amino asit dizileri elde edilmiş, bu diziler çoklu olarak hizalanmış ve spesifik motifler araştırılmıştır. Bu veriler kullanılarak veri tabanlarından benzer proteinler belirlenmiştir. Üçüncül yapısı bilinmeyen proteinlerin üçüncül yapısı benzeşim modellemesi ile elde edilmiştir. Elde edilen yapılar sulu ortamda moleküler dinamik simülasyon yöntemi kullanılarak iyileştirilmiştir. Daha sonra bu yapıların βγ alt birimi ile etkileşimi docking yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. Bulgular ve sonuçlar: Docking simülasyonu sonrasında elde edilen veriler, olası bazı efektör proteinlerin βγ alt birimi ile etkileşime girme potansiyelleri olduğunu düşündürmektedir. Bu potansiyel etkileşimlerin deneysel yöntemlerle doğrulanması gerekmektedir.

Özet (Çeviri)

Aim: Although potential effectors that interact with βγ subunits of G proteins in signal transduction are partially known, experimental findings are not enough to elucidate the complete interactions. The aim of this study is to determine the other probable effectors of βγ subunits of G protein and the interactions between βγ subunits and effector proteins using computational methods. Materials and methods: During the study, amino acid sequences of potential effector proteins were obtained and aligned by multiple alignment tools to determine the specific motifs in the protein family. Using these data, similar protein sequences were obtained from biological databases. The tertiary structure of effectors was determined using homology modeling and refined by molecular dynamics simulation. Then possible interactions between Go protein and effector proteins were studied using docking simulation method. Results and conclusions: Results obtained from docking simulations point out some specific interactions between Go protein and effector proteins. All these potential interactions need to be confirmed by experimental studies.

Benzer Tezler

  1. G PROTEİNİ BETA/GAMA ALT BİRİMİNİN ÜÇÜNCÜL YAPISININ HOMOLOJİ (BENZEŞİM) MODELLEMESİ İLE BELİRLENMESİ

    DETERMINING THE TERTIARY STRUCTURE OF BETA/GAMMA SUBUNITS OF G PROTEIN USING HOMOLOGY MODELLING

    RUKİYE MACİT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyofizikMarmara Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR

  2. Go proteini alfa alt biriminin etkileştiği olası efektör proteinlerin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi

    Determination of possible effectors of go protein alpha sub-type by bioinformatic tools

    SİBEL DENİZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyofizikMarmara Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR

  3. G-proteini-kenetli-reseptörler ve Go proteini arasındaki etkileşimlerin moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmesi

    Research of interactions between g protein coupled receptors and Go protein with molecular dynamics simulation

    MEHMET HAKAN ALBAYRAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyofizikMarmara Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEVDET NACAR

  4. Üç farklı durumdaki G proteini alfa altbiriminin üçüncül yapısının benzeşim modellemesi ve moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmesi

    Investigating the tertiary structure of ALPHA subunit of the G protein in three different states using homology modelling and molecular dynamics simulation

    AYDIN KARAGÖZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyofizikMarmara Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ CEVDET NACAR

  5. Go proteininin alfa altbiriminin üçüncül yapısının deneysel ve kuramsal olarak incelenmesi

    Studies on the tertiary structure of alpha subunit of go protein by experimintal and theoretical methods

    CEVDET NACAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyofizikMarmara Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BEKİ KAN