Geri Dön

Modal analysis of myosin II and identification of functionally important sites

Myosin II mod analizi ve fonksiyonel olarak önemli yapıların tespiti

  1. Tez No: 313579
  2. Yazar: ONUR VAROL
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. DENİZ YURET
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 91

Özet

Protein dinamiği analizlerinde yapısal ve dalgalanma özellikleri kullanan metodlar uygulanmaktadır. Dalgalanma analizi çalışmalarının sonuçları buradan elde edilecek bilgilerin ümit verici olduğunu göstermektedir. Bundan önceki çalışmalarda kütle ve yay sistemleri sıklıkla kullanılmaktadır. Ancak dalgalanma analizlerinde kullanılan modellerde sistemdeki titreşimlerim tamamen harmonik olmaları nedeniyle deneysel verilerle arasında önemli bir fark oluşmaktadır. Harmonik davranıştan farklılıklar daha çok yavaş ve kollektif modlarda meydana gelmektedir. Anharmonik mod ayrışımı yöntemi bu farkı kapatabilecek düzeltmelerin ilk aşamasıdır. Daha yüksek mertebeden düzeltmeler modların kendi aralarında olan etkileşimlerden dolayı limitlidir. Mode eşlenimi düzeltmeleri ise enerji transferi ve allosterik mekanizmaya yönelik önemli bilgiler içermektedir.Bu çalışmada, moleküler dinamik sonuçları Dictyostelium discoideum myosin II motor yapısını bir test ortamı olarak kabul edip incelenmiştir. Mod dalgalanma dağılımları MD kullanılarak oluşturulup, tamamen harmonik olan sistemlerin üzerine anharmonik düzeltmeler yapılması amacıyla kullanılmıştır. Hermite tensör polinomları ise mod dalgalanma dağılımlarının elde edilmesinde kullanılmıştır. Mod uzayındaki dalgalanmalar daha sonrasında gerçek uzay koordinatlarına dönüştürülüp KL metriği ile karşılaştırılmıştır. Ligand bağlı ve serbest protein durumlarına ait sonuçlar mod çiftlenmi etkisinin tekbaşına proteinin işlevsel olarak önemli kısımlarını gösterdiği görülmüştür.

Özet (Çeviri)

Analysis of protein dynamics uses structural and ? uctuation based methods. Fluctuation analysis of protein dynamics has proven to be a rewarding venue of research. Mass and spring models are used in previous research commonly. However, ? uctuations of this models are based on purely harmonic which has signi ? cant gap between the experimental results. Deviations from harmonicity mostly observe in slow, collective modes. Corrections like anharmonic modal decomposition are ? rst step in order to minimize this gap. The contribution of the higher-order corrections is limited because of the interacting modes.Mode-coupling corrections which yield valuable information on means of energy transfer and allostery.In this work, molecular dynamic results of Dictyostelium discoideum myosin II motor domain is used as test ground. Mode ? uctuation distributions produced using MD results, fully harmonic models and a model with anharmonic corrections. Tensorial hermite polynomials are used in order to obtain distributions of modal ? uctuations. Fluctuations onmodal space are transformed back into real space and distribution of residual ? uctuations is compared using KL divergence. Analysis results for ligand-bound and free myosin dynamics are used in order to demonstrate that the mode-coupling contributions alone highlight functionally important sites.

Benzer Tezler

  1. İskelet kaslarında titin ile aktif filamanlar etkileşiminin modellenmesi ve biyomekanik analizi

    Modeling and biomechanical analysis of the interaction between titin and active filaments in skeletal muscles

    FARUK ÖRTEŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Makine Mühendisliğiİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YUNUS ZİYA ARSLAN

  2. Deneysel otoimmün miyokardit modelinde erken dönemde verilen sakubitril-valsartan tedavisinin mortalite, morbidite ve miyokardiyal fibrozis parametreleri üzerine etkisi, hayvan çalışması

    The effect of sacubitril-valsartan treatment in the early period of experimental autoimmune myocarditis model on mortality, morbidity and myocardial fibrosis parameters, animal study

    ALİ DUYGU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    KardiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Kardiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMİNE GAZİ

  3. Sosis üretiminde kullanılan farklı yağ ikame maddelerin termal özellikleri ve ürün kalitesi üzerine etkisi

    Thermal properties of different fat replacers used in frankforter production and their effects on product quality

    REZA JAFARZADEH YADEGARİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Gıda MühendisliğiHacettepe Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALİL VURAL

  4. Sosis üretiminde kullanılan farklı hidrokolloidlerin termal özellikleri ve ürün kalitesi üzerine etkileri

    Thermal properties of different hydrocolloids used in frankfurters and their effects on product quality

    ESEN EYİLER YILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Gıda MühendisliğiHacettepe Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALİL VURAL

  5. Bir rotorun modal analizi ve yatak rijitlilerin etkisinin doğal frekanslar üzerindeki etkisinin incelenmesi

    Modal analysis of a rotor and investigation of the effect of bearing rigidities on the natural frequencies

    ADEM SERDAR ARIKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Makine MühendisliğiFırat Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ORHAN ÇAKAR