Modal analysis of myosin II and identification of functionally important sites
Myosin II mod analizi ve fonksiyonel olarak önemli yapıların tespiti
- Tez No: 313579
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. DENİZ YURET
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Protein dinamiği analizlerinde yapısal ve dalgalanma özellikleri kullanan metodlar uygulanmaktadır. Dalgalanma analizi çalışmalarının sonuçları buradan elde edilecek bilgilerin ümit verici olduğunu göstermektedir. Bundan önceki çalışmalarda kütle ve yay sistemleri sıklıkla kullanılmaktadır. Ancak dalgalanma analizlerinde kullanılan modellerde sistemdeki titreşimlerim tamamen harmonik olmaları nedeniyle deneysel verilerle arasında önemli bir fark oluşmaktadır. Harmonik davranıştan farklılıklar daha çok yavaş ve kollektif modlarda meydana gelmektedir. Anharmonik mod ayrışımı yöntemi bu farkı kapatabilecek düzeltmelerin ilk aşamasıdır. Daha yüksek mertebeden düzeltmeler modların kendi aralarında olan etkileşimlerden dolayı limitlidir. Mode eşlenimi düzeltmeleri ise enerji transferi ve allosterik mekanizmaya yönelik önemli bilgiler içermektedir.Bu çalışmada, moleküler dinamik sonuçları Dictyostelium discoideum myosin II motor yapısını bir test ortamı olarak kabul edip incelenmiştir. Mod dalgalanma dağılımları MD kullanılarak oluşturulup, tamamen harmonik olan sistemlerin üzerine anharmonik düzeltmeler yapılması amacıyla kullanılmıştır. Hermite tensör polinomları ise mod dalgalanma dağılımlarının elde edilmesinde kullanılmıştır. Mod uzayındaki dalgalanmalar daha sonrasında gerçek uzay koordinatlarına dönüştürülüp KL metriği ile karşılaştırılmıştır. Ligand bağlı ve serbest protein durumlarına ait sonuçlar mod çiftlenmi etkisinin tekbaşına proteinin işlevsel olarak önemli kısımlarını gösterdiği görülmüştür.
Özet (Çeviri)
Analysis of protein dynamics uses structural and ? uctuation based methods. Fluctuation analysis of protein dynamics has proven to be a rewarding venue of research. Mass and spring models are used in previous research commonly. However, ? uctuations of this models are based on purely harmonic which has signi ? cant gap between the experimental results. Deviations from harmonicity mostly observe in slow, collective modes. Corrections like anharmonic modal decomposition are ? rst step in order to minimize this gap. The contribution of the higher-order corrections is limited because of the interacting modes.Mode-coupling corrections which yield valuable information on means of energy transfer and allostery.In this work, molecular dynamic results of Dictyostelium discoideum myosin II motor domain is used as test ground. Mode ? uctuation distributions produced using MD results, fully harmonic models and a model with anharmonic corrections. Tensorial hermite polynomials are used in order to obtain distributions of modal ? uctuations. Fluctuations onmodal space are transformed back into real space and distribution of residual ? uctuations is compared using KL divergence. Analysis results for ligand-bound and free myosin dynamics are used in order to demonstrate that the mode-coupling contributions alone highlight functionally important sites.
Benzer Tezler
- İskelet kaslarında titin ile aktif filamanlar etkileşiminin modellenmesi ve biyomekanik analizi
Modeling and biomechanical analysis of the interaction between titin and active filaments in skeletal muscles
FARUK ÖRTEŞ
Doktora
Türkçe
2022
Makine Mühendisliğiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YUNUS ZİYA ARSLAN
- Deneysel otoimmün miyokardit modelinde erken dönemde verilen sakubitril-valsartan tedavisinin mortalite, morbidite ve miyokardiyal fibrozis parametreleri üzerine etkisi, hayvan çalışması
The effect of sacubitril-valsartan treatment in the early period of experimental autoimmune myocarditis model on mortality, morbidity and myocardial fibrosis parameters, animal study
ALİ DUYGU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
KardiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiKardiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EMİNE GAZİ
- Sosis üretiminde kullanılan farklı yağ ikame maddelerin termal özellikleri ve ürün kalitesi üzerine etkisi
Thermal properties of different fat replacers used in frankforter production and their effects on product quality
REZA JAFARZADEH YADEGARİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL VURAL
- Sosis üretiminde kullanılan farklı hidrokolloidlerin termal özellikleri ve ürün kalitesi üzerine etkileri
Thermal properties of different hydrocolloids used in frankfurters and their effects on product quality
ESEN EYİLER YILMAZ
Doktora
Türkçe
2013
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALİL VURAL
- Bir rotorun modal analizi ve yatak rijitlilerin etkisinin doğal frekanslar üzerindeki etkisinin incelenmesi
Modal analysis of a rotor and investigation of the effect of bearing rigidities on the natural frequencies
ADEM SERDAR ARIKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Makine MühendisliğiFırat ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN ÇAKAR