Geri Dön

Patojen ilişkili protein 1 (pr-1) genlerinin karpuz bitkisinde (Citrullus lanatus (Thumb.) Matsum. & Nakai) genom çapında in-silico analizi

Genome-wide in-silico evaluation of pathogen-related protein 1 (pr-1) genes in watermelon (Citrullus lanatus (Thumb.) Matsum. & Nakai)

PDF İndir

  1. Tez No: 945128
  2. Yazar: TAMELLA SULEYMANOVA
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET EMİN URAS, DR. ÖĞR. ÜYESİ MUSTAFA ZAFER KARAGÖZLÜ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Belirtilmemiş.
  6. Anahtar Kelimeler: Biyotik faktör, bitki patojeni, tolerans, moleküler yanıt, Biotic factor, plant pathogens, tolerance, molecular response
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Haliç Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 87

Özet

Karpuz (Citrullus lanatus (Thumb.) Matsum. & Nakai) ekonomik açıdan önemli ve dünya çapında sevilerek tüketilen bir tarım bitkisidir. Karpuz üretiminde abiyotik faktörlerle beraber biyotik faktörler önemli derecede sınırlayıcı etkiler gösterebilmektedir. Patojen ilişkili (PR) proteinler biyotik faktörler sınırlayıcı stres faktörlerine karşı bitki savunma sisteminde önemli görevler yapan proteinlerdir. Biyotik faktörlere karşı dirençli bitkilerin geliştirilmesi ve seçimi amacıyla PR ailesinden olan PR1 proteinlerinin C. lanatus genomunda in-silico analizi gerçekleştirilmiştir. Gerçekleştirilen analizlerde 19 adet PR1 geni tanımlanmıştır. Çoğunlukla tek ekzon taşıyan genler 14-25 kDa aralığında PR1 proteinlerinin (CsPR1) üretimini sağlamaktadır. PR1 proteinlerinin genellikle suda çözünebilir ve hücre dışı boşlukta yer alan proteinler olduğu tahmin edilmiştir. Proteinler antifungal, antibakteriyel ve antiviral özellikler kazandıran CAP_PR-1 (IPR001283/ Allergen V5/ Tpx-1-related) domaini taşıdığı belirlenmiştir. Proteinlerin korunmuş motifler içerdiği görülmüştür. ClPR1 proteinlerinde patojen-protein etkileşiminde önem arz eden CAP1, CAP2, CAP3 CAP4 ve CBM bölgeleri proteinlerde yer aldığı görülmüştür. ClPR1 proteinlerinin NJ tabanlı filogenisinde 3 ana gruba ayrıldığı ve genlerinin çoğunun 2. kromozomda kümelendiği ve 2, 3, 4, 6, ve 10. kromozomlarda konumlandığı görülmüştür. Proteinlerin 3D yapıları daha 1CFE kodlu PR14A (Solanum lycopersicum) proteini homolojisine dayalı olarak üretilmiş ve analiz edilmiştir. Çalışmada özetle karpuz genomunda yer alan PR1 proteinlerinin identifikasyonu ve karakterizasyonu in-silico yöntemle gerçekleştirilerek elde edilen bilgiler daha sonraki moleküler geliştirme çalışmalarına katkı sağlanması amacıyla literatüre sunulmuştur.

Özet (Çeviri)

Watermelon (Citrullus lanatus (Thumb.) Matsum. & Nakai) is an economically significant and popular agricultural crop worldwide. The production of watermelons is subject to limitations imposed by biotic and abiotic factors, which can exert a substantial impact on the yield. Pathogenesis-related (PR) proteins are a class of proteins that play critical roles in the plant defense system against biotic stress factors that limit plant growth and development. In order to develop and select plants resistant to biotic factors, in-silico analysis of PR1 proteins from the PR family was performed in the C. lanatus genome. In the course of the analysis, 19 PR1 genes were identified. The majority of genes that carry a single exon are capable of producing PR1 proteins (CsPR1) with a molecular weight range of 14–25 kDa. The PR1 proteins in question are typically predicted to be water-soluble and located in the extracellular space. The proteins were found to carry the CAP_PR-1 (IPR001283/ Allergen V5/ Tpx-1-related) domain, which has been demonstrated to confer antifungal, antibacterial, and antiviral properties. The proteins were found to contain conserved motifs. The CAP1, CAP2, CAP3, CAP4, and CBM regions of the ClPR1 proteins were identified as being critical in pathogen-protein interactions. The NJ-based phylogeny of ClPR1 proteins revealed the presence of three major groups. The majority of their genes were found to be clustered on chromosome 2, with additional genes located on chromosomes 2, 3, 4, 6, and 10. The 3D structures of the proteins were further generated and analyzed based on the homology of the 1CFE-encoded PR14A (Solanum lycopersicum) protein. In summary, the identification and characterization of PR1 proteins in the watermelon genome was carried out by in-silico method, and the information obtained was presented to the literature to contribute to further molecular breeding studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    927060

    Salatalıkta (Cucumis sativus) patojen ilişkili protein 1 (PR-1) gen ailesinin genom çapında in-silico analizi ve karekterizasonu

    Genome-wide in-silico analysis and characterization of the pathogen-related protein 1 (PR-1) gene family in cucumber (Cucumis sativus)

    HAMIZ NASRULLAZADE

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    BiyolojiHaliç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET EMİN URAS

  2. Tez No

    464833

    Küllemeye tolerant üzüm çeşitlerinin patojenez ilişkilendirilmiş protein gen ifadesi analizleri ile belirlenmesi

    Determination of powdery mildew (Erysiphe necator) tolerant grape cultivars based on pathogenesis related protein gene expression analysis

    SİNEM DEMİREL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ ERGÜL

  3. Tez No

    316435

    Sarı pas enfeksiyonuna dirençli buğday (Triticum aestivum L.)'da proteomik analizler

    Proteomic analyses in yellow rust-resistant wheat (Triticum aestivum L.)

    CİHAN İNAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. SEMRA HASANÇEBİ

    PROF. DR. NAZLI ARDA

  4. Tez No

    151140

    Phytophthora capsici Leon.(kök boğazı yanıklığı) etmeni ile enfekrte edilen biberlerin (Capsicum annnuum L.) yaprak ve gövdelerinde PR proteinlerinin incelenmesi

    Pathogenesis related (PR) proteins in stems and leaves tissues of peppers (Capsicum annnuum L.) infected by the root rot fungus (Phytophthora capsici Leon)

    ESRA KOÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. SÜLÜN ÜSTÜN

  5. Tez No

    324486

    Çinko eksik koşullarda yetiştirilmiş Hordeum spontaneum C. Koch gövdesinden kurulmuş baskılayıcı çıkarım hibridizasyon kütüphanesinden seçilen cDNA'ların moleküler ve biyoinformatik analizleri

    Molecular and bioinformatics analysis of cDNA's selected from stem suppression subtractive hybridization library of Hordeum spontaneum C. Koch grown under zinc deficient conditions

    BAHAR IŞIK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    GenetikYıldız Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ŞENAY VURAL KORKUT

Geri Dön