Yapay Arı Koloni (ABC) ve diferansiyel gelişim algoritmaları kullanılarak optimum protein katlanmasının belirlenmesi
Determining optimum protein folding using Artificial Bee Colony (ABC) and differential evolution algorithms
- Tez No: 317811
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET FATİH TAŞGETİREN, YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA DANACI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyokimya, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Protein Katlanması Problemi, Yapay Arı Koloni Algoritması, Diferansiyel Gelişim Algoritması, 2D-HP Modeli, Protein Folding Problem, Artificial Bee Colony Algorithm, Differential Evolution Algorithm, 2D-HP Model
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 136
Özet
Proteinler, mikro büyüklükten makro büyüklüğe kadar bütün organizmaların hayati bileşenidir. Amino asit adı verilen daha küçük yapılar peptit bağları ile birbirine bağlanarak protein zincirlerini oluşturmaktadırlar. Bu zincirler hücre içerisinde en düşük enerji seviyesini teşkil edecek şekilde doğal durumuna katlanarak, proteini meydana getirmektedirler. Proteinin her bir katlanması ?konformasyon? adını almaktadır. Proteinin yanlış katlanması sonucu organizma içerisinde Alzheimer, kistik fibrozis ve hatta kanser gibi birçok hastalık meydana gelmektedir. Proteine ait amino asit diziliminden, alt katlanma yolları takip edilerek proteinin katlanacağı doğal yapının tahmin edilmesi ?protein katlanması problemi? olarak bilinmektedir. Bu çalışmada daha önce geliştirilen 2D-HP (iki boyutlu hidforobik-polar) modeli referans alınarak Yapay Arı Koloni (ABC) ve Diferansiyel Gelişim (DE) algoritmaları ile minimum enerji seviyesine sahip alt konformasyonlar araştırılmıştır.Bu tez çalışmasında ABC ve DGA, 2D-HP modeli ile 4 protein zinciri (Benchmark zinciri) üzerinde uygulanmıştır. Bu uygulamalar sonucundaki performanslara göre parametrelerin başarılı bir şekilde optimize edildiği ABC ve DGA'nın, MC ve GA'ya olan bariz üstünlüğü gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Proteins are vital components of all organisms from micro to macro size. A smaller structures called amino acids sequentially connected by peptide bonds to each other to form protein chains. These chains are folded to form the lowest energy level to generate proteins within the cell. Each folding of protein called ?conformation?. Protein misfolding, cause many important diseases in organisms such as Alzheimer, cystic fibrosis and cancer. Given the amino acid sequence of a protein, the prediction of a protein?s tertiary structure is known as the ?protein folding problem?. In this study, with reference to previously developed 2D-HP model, the minimum energy conformations investigated with the help of Artificial Bee Colony (ABC) and Differential Evolution Algorithm (DEA).In this thesis, 2D-HP model is employed in the artificial bee colony and differential evolution algorithms to solve 4 benchmark protein chains. Experimental results showed that Artifical Bee Colony and Differential Evolution algorithms were superior to Monte Carlo method and Genetic algorithm.
Benzer Tezler
- Derin öğrenme ile insan edimlerinin tanınması
Human action recognition using deep learning
TAYYİP ÖZCAN
Doktora
Türkçe
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolErciyes ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALPER BAŞTÜRK
- Yapay arı koloni algoritması kullanılarak diyabetik retinopati hastalığının tespiti
Diagnosis of diabetic retinopathy by using artificial bee colony algorithm
HÜSEYİN EMRE CIKIT
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mekatronik MühendisliğiErciyes ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET BAHADIR ÇETİNKAYA
- Yapay arı koloni algoritması kullanılarak çeyrek ayna süzgeç bankası tasarımı
Quadrature mi̇rror filter design by using artificial bee colony algorithm
TÜRKER KOZA
Doktora
Türkçe
2019
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiErciyes ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURHAN KARABOĞA
- İmar uygulamalarında dağıtım ve parselasyon işlemlerinin yapay zeka optimizasyon algoritmaları kullanılarak gerçekleştirilmesi
Implementation of land redistribution and readjustment processes in zoning applications using artificial intelligence optimization algorithms
İSMAİL KOÇ
Doktora
Türkçe
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKonya Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSMAİL BABAOĞLU
- Yapay arı koloni algoritması kullanılarak iki boyutlu sayısal süzgeçlerin tasarımının incelenmesi ve geliştirilmesi
Examination and improving of two dimensional digital filters design by using artificial bee colony algorithm
SERDAR KOÇKANAT
Doktora
Türkçe
2015
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiErciyes ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURHAN KARABOĞA