Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü EST (Expressed Sequence Tag) koleksiyonlarından üzüm mikrosatellit lokuslarının tanımlanması
Description of grape microsatellite loci rom EST (Expressed Sequence Tag) data set belongs to Ankara University Biotechnology Institute
- Tez No: 318390
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ ERGÜL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 63
Özet
Bitkilerde SSR (Simple Sequence Repeat) tespiti için; genomik DNA kütüphaneleri kullanılarak SSR tespiti ve EST (Expressed Sequence Tag) koleksiyonları analiz edilerek SSR tespiti olmak üzere iki yaklaşım kullanılmaktadır.Bitki EST verilerinden tespit edilen SSR' lar ile birçok bitki türünde geniş bir veri tabanı oluşturulmuştur. Bu çalışmada NCBI (National Center for Biotechnology Information) veri tabanlarında bulunan Vitis cinsine ait stresle ilgili kök gen dizileri kullanılarak EST koleksiyonlarından etkin ve hızlı bir şekilde SSR tespiti yapabilmek amacıyla ?AUBiotek-EST-Analyzer? programı geliştirilmiştir.NCBI veritabanında yer alan TSeq_taxid = 29760 numaralı Cabernet Sauvignon (Vitis vinifera L.) üzüm çeşidinin stres uygulanmış köklerine ait EST koleksiyonu *.xml formatında ?AUBiotek-EST-Analyzer? programına yerleştirilerek (input edilerek) bu koleksiyonda bulunan tek tip motif içeren düzenli tekrar SSR bölgeleri taranmıştır. Program ile her bir EST dizisi *.xml formatında okunup, ilgili dizide bulunan tekrarlar en az 12 baz uzunluğunda olacak şekilde listelenmiş, EST sekansında bulunan her bir tekrar bölgesinin hangi motifi içerdiği, kaç tekrar yaptığı, tekrarların ilgili dizide kaçıncı bazdan başladığı ve tamamlandığı belirlenmiştir. 16452 EST dizisinin kısa sürede analizi yapılarak tüm tekrar bölgelerinin listesi çıkarılmış, analiz sonunda bulunan veriler excel formatında kaydedilmiştir. DesignerPCR programı kullanılarak 75 çift kök SSR primeri dizayn edilmiştir. Tespit edilen primerin test edilmesi için, TTG, AAC, CAT, ATG, GAT, GA olmak üzere 6 farklı tekrar motifinden rastgele seçilen 14 adet lokus primeri ile Şam Büzgülü (Vitis vinifera L.)' üzüm çeşidinde gerçekleştirilen PCR analizlerinde ilgili lokus bölgeleri başarı ile çoğaltılmıştır.Bu tezde geliştirilen yazılım ile EST koleksiyonlarından kısa sürede, maliyetsiz, kolay ve başarılı bir şekilde SSR bölgelerinin tespitini yapmak mümkün olmuştur.
Özet (Çeviri)
SSR (Simple Sequence Repeat) isolation from plants is performed based on two approaches, one of which is using genomic DNA libraries and the other is analyzing the EST (Expressed Sequence Tag) data collections.A large database for many plant type has been developed with the SSRs determined from plant EST data. In this study, the stress-related root gene sequences belonging to the genus Vitis in the NCBI (National Center for Biotechnology Information) databases have been used and in order to make effective and rapid detection of SSR from EST collections,“AUBiotek-EST-Analyzer”software was developed.The EST collection, belonging to the stressed-roots of Cabernet Sauvignon (Vitis vinifera L.) grape numbered as TSeq_taxid = 29 760 that is placed in the NCBI database, has been placed (by input) in“AUBiotek-EST-Analyzer”program in *. xml format, and the only type of perfect repeat motif SSR regions were screened in this collection. With the program, each EST sequence has been read in *.xml format and the repeats placed in relevant sequence in the base length to be at least 12 are listed and the repeat area placed in each EST sequence contains which motif, how many repeats are occurred, in which base the repeats in relevant sequence started and completed have been determined. A list of all repeat regions have been created by analyzing the 16452 EST sequence in a short time, and the data were recorded at the end of the analysis in excel format. 75 double-roots of SSR primers were designed using the DesignerPCR program. In order to test the identified primer, the relevant locus regions have been succesfully accrued after the analysis of the PCR that has been conducted on the 14 loci primers Şam Büzgülü (Vitis vinifera L.) grape variety selected randomly from 6 repeat motif composed of TTG, AAC, CAT, ATG, GAT, GA.Determination of SSR regions from EST collections has been achived in a short time, cost- effective, simply and succesfully with the program developed within this study.
Benzer Tezler
- Güneydoğu Anadolu bölgesi pamuk ekiliş alanlarında bulunan pamuk yaprakbiti [Aphis gossypii Glover (Hemiptera: Aphididae)] popülasyonlarının neonikotinoidli insektisitlere direncinin incelenmesi
Determination of neonicotinoid resistance in the cotton aphid [Aphis gossypii Glover (Hemiptera: Aphididae)] populations in cotton plantation areas of Southern East Anatolian region
CAHİT KAYA
- Kara (siyah) üzüm gruplarının SSR (Simple Sequence Repeat) markörlere dayalı karakterizasyonu ve ülke asma kaynakları ile genetik ilişkisi
Characterization of kara(siyah) üzüm groups based on SSR (Simple Sequence Repeat) markers and genetic relations of these cultivars and national grapevine germplasms
NUR YILDIRIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ ERGÜL
- Deniz mercanlarından Paramuricea clavata'nın biyoaktif etken maddelerinin izolasyonu ve tayini
Isolation and structure elucidation of bioactive secondary metabolites from cnidaria Paramuricea clavata
SERDAR KORPAYEV
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTemel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BELMA KONUKLUGİL
- de novo tüm genom sekans verisi üzerinde gizli Markov modeli tabanlı gen bulma algoritmalarının uygulanması
Application of hidden Markov model based gene finding methods on de novo whole genome sequence data
ZEYNEP ÖZKESERLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKKI GÖKHAN İLK
- Genetik olarak değiştirilmiş ürünlerin üretimi, ticareti ve ticaretin düzenlenmesi
Başlık çevirisi yok
IRAZ HASPOLAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. HARUN TANRIVERMİŞ