Identification and docking analysis of allatostatin receptor in Carausius morosus
Carausius morosus'ta allatostatin reseptörün tanımlanması ve ligandın yerleştirilmesi
- Tez No: 325510
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Allatostatin resept orleri (AlstR) ve bunlarn peptid ligandlar (AST) b oceklerdeGenclik Hormonu uretimini durdurarak metamorfoz asamasnda g orev yapmaktadr.Bu tezde AlstR-AST baglanmasna dair ayrntl bir bilgi edinmek amacyla yapyadayaly ontemler tek-molek ul yaklasmlar ile bir arada, bir laboratuvar model organizmasolan Carausius morosus uzerinde kullanlmstr. Daha onceden bulunmusolan TM b olgesindeki bilgiye g ore hazrlanms ozel primer ciftleri yardmyla 3' ve5' RACE reaksiyonlar gerceklestirilerek mRNA dizisi bulunmustur. En uzun ackokuma penceresi tahmin edilmis ve b oceklerdeki Allatostatin resept or u tip C oldugubelirlenmistir. Bunun uzerine, ilgili resept ore bu projede C. morosus Allatostatin C resept or u (CamAlstR-C) ad verilmistir. Daha sonra, CamAlstR-C baglanma kosullarnanlamak icin evrimsel analiz biyoenformatik modelleme ve yerlestirme araclar ile birlestirilmistir. Bu baglanma atomik kuvvet mikroskobu ile in vivo olarak da g osterilmistir.Bu calsma, universitemizde AFM'nin canl h ucreler uzerinde denendigi ilk calsmadr.CamAlstR-C'nin asr anlatmnn saglandg h ucrelerde baglanma kuvvetleri olc ulebilmistir. Buna ek olarak, baglanma cebinin CamAlstR-C'nin N-ucu, ikinci ve uc unc uh ucre-ds cevrimlerinden olustugu biyoenformatik yollarla tahmin edilmistir. Hattadaha ozel olarak, diger b ocek AlstR'lerinde de ayn ozelligi g osterebilecek, uc unc uh ucre-ds cevriminde ozel olarak korunmus bir baglanma moti (IXTXP) onerilmistir.
Özet (Çeviri)
Allatostatin resept orleri (AlstR) ve bunlarn peptid ligandlar (AST) b oceklerdeGenclik Hormonu uretimini durdurarak metamorfoz asamasnda g orev yapmaktadr.Bu tezde AlstR-AST baglanmasna dair ayrntl bir bilgi edinmek amacyla yapyadayaly ontemler tek-molek ul yaklasmlar ile bir arada, bir laboratuvar model organizmasolan Carausius morosus uzerinde kullanlmstr. Daha onceden bulunmusolan TM b olgesindeki bilgiye g ore hazrlanms ozel primer ciftleri yardmyla 3' ve5' RACE reaksiyonlar gerceklestirilerek mRNA dizisi bulunmustur. En uzun ackokuma penceresi tahmin edilmis ve b oceklerdeki Allatostatin resept or u tip C oldugubelirlenmistir. Bunun uzerine, ilgili resept ore bu projede C. morosus Allatostatin C resept or u (CamAlstR-C) ad verilmistir. Daha sonra, CamAlstR-C baglanma kosullarnanlamak icin evrimsel analiz biyoenformatik modelleme ve yerlestirme araclar ile birlestirilmistir. Bu baglanma atomik kuvvet mikroskobu ile in vivo olarak da g osterilmistir.Bu calsma, universitemizde AFM'nin canl h ucreler uzerinde denendigi ilk calsmadr.CamAlstR-C'nin asr anlatmnn saglandg h ucrelerde baglanma kuvvetleri olc ulebilmistir. Buna ek olarak, baglanma cebinin CamAlstR-C'nin N-ucu, ikinci ve uc unc uh ucre-ds cevrimlerinden olustugu biyoenformatik yollarla tahmin edilmistir. Hattadaha ozel olarak, diger b ocek AlstR'lerinde de ayn ozelligi g osterebilecek, uc unc uh ucre-ds cevriminde ozel olarak korunmus bir baglanma moti (IXTXP) onerilmistir.
Benzer Tezler
- Identification of allosteric binding sites of the Allatostatin receptor type-C of pine processionary moth
Çam kese böceğinin Allatostatin C-tipi reseptörünün allosterik bağlanma ceplerinin belirlenmesi
KÜBRA KAHVECİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NECLA BİRGÜL
- Pankreas adenokarsinomuyla ilişkili bazı proteinlerin potansiyel inhibitörlerinin sanal tarama ve moleküler kenetlenme yöntemleriyle belirlenmesi
Identification of potential inhibitors of some pancreatic adenocarcinoma-associated proteins through virtual screening and molecular docking
FULDEN ULUCAN KARNAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyokimyaEge ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERHAN GİRGİN SAĞIN
DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU UYAR
- Transkriptom verilerinin protein-protein etkileşim ağlarına haritalanması ile inflamatuar bağırsak hastalıklarına özgü alt ağların belirlenmesi ve ilaç yeniden konumlandırma
Identification of inflammatory bowel disease-specific subnetworks and drug repositioning by mapping transcriptome data to protein-protein interaction networks
ŞEFİKA FEYZA MADEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyomühendislikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA ECE ACUNER
- Yeni benzimidazol türevi heterosiklik yapıların aydınlatılması, sentezi ve kemoterapötik etkileri
Identification, synthesis and chemotherapeutic effects of some novel benzimidazole derived heterocyclic structures
SENA GAFİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESİN AKI YALÇIN
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI