Identification and docking analysis of allatostatin receptor in Carausius morosus
Carausius morosus'ta allatostatin reseptörün tanımlanması ve ligandın yerleştirilmesi
- Tez No: 325510
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 119
Özet
Allatostatin reseptorleri (AlstR) ve bunlarn peptid ligandlar (AST) boceklerdeGenclik Hormonu uretimini durdurarak metamorfoz asamasnda gorev yapmaktadr.Bu tezde AlstR-AST baglanmasna dair ayrntl bir bilgi edinmek amacyla yapyadayalyontemler tek-molekul yaklasmlar ile bir arada, bir laboratuvar model organizmasolan Carausius morosus uzerinde kullanlmstr. Daha onceden bulunmusolan TM bolgesindeki bilgiye gore hazrlanms ozel primer ciftleri yardmyla 3' ve5' RACE reaksiyonlar gerceklestirilerek mRNA dizisi bulunmustur. En uzun ackokuma penceresi tahmin edilmis ve boceklerdeki Allatostatin reseptoru tip C oldugubelirlenmistir. Bunun uzerine, ilgili reseptore bu projede C. morosus Allatostatin C reseptoru (CamAlstR-C) ad verilmistir. Daha sonra, CamAlstR-C baglanma kosullarnanlamak icin evrimsel analiz biyoenformatik modelleme ve yerlestirme araclar ile birlestirilmistir. Bu baglanma atomik kuvvet mikroskobu ile in vivo olarak da gosterilmistir.Bu calsma, universitemizde AFM'nin canl hucreler uzerinde denendigi ilk calsmadr.CamAlstR-C'nin asr anlatmnn saglandg hucrelerde baglanma kuvvetleri olculebilmistir. Buna ek olarak, baglanma cebinin CamAlstR-C'nin N-ucu, ikinci ve ucuncuhucre-ds cevrimlerinden olustugu biyoenformatik yollarla tahmin edilmistir. Hattadaha ozel olarak, diger bocek AlstR'lerinde de ayn ozelligi gosterebilecek, ucuncuhucre-ds cevriminde ozel olarak korunmus bir baglanma moti (IXTXP) onerilmistir.
Özet (Çeviri)
Allatostatin reseptorleri (AlstR) ve bunlarn peptid ligandlar (AST) boceklerdeGenclik Hormonu uretimini durdurarak metamorfoz asamasnda gorev yapmaktadr.Bu tezde AlstR-AST baglanmasna dair ayrntl bir bilgi edinmek amacyla yapyadayalyontemler tek-molekul yaklasmlar ile bir arada, bir laboratuvar model organizmasolan Carausius morosus uzerinde kullanlmstr. Daha onceden bulunmusolan TM bolgesindeki bilgiye gore hazrlanms ozel primer ciftleri yardmyla 3' ve5' RACE reaksiyonlar gerceklestirilerek mRNA dizisi bulunmustur. En uzun ackokuma penceresi tahmin edilmis ve boceklerdeki Allatostatin reseptoru tip C oldugubelirlenmistir. Bunun uzerine, ilgili reseptore bu projede C. morosus Allatostatin C reseptoru (CamAlstR-C) ad verilmistir. Daha sonra, CamAlstR-C baglanma kosullarnanlamak icin evrimsel analiz biyoenformatik modelleme ve yerlestirme araclar ile birlestirilmistir. Bu baglanma atomik kuvvet mikroskobu ile in vivo olarak da gosterilmistir.Bu calsma, universitemizde AFM'nin canl hucreler uzerinde denendigi ilk calsmadr.CamAlstR-C'nin asr anlatmnn saglandg hucrelerde baglanma kuvvetleri olculebilmistir. Buna ek olarak, baglanma cebinin CamAlstR-C'nin N-ucu, ikinci ve ucuncuhucre-ds cevrimlerinden olustugu biyoenformatik yollarla tahmin edilmistir. Hattadaha ozel olarak, diger bocek AlstR'lerinde de ayn ozelligi gosterebilecek, ucuncuhucre-ds cevriminde ozel olarak korunmus bir baglanma moti (IXTXP) onerilmistir.
Benzer Tezler
- Identification of allosteric binding sites of the Allatostatin receptor type-C of pine processionary moth
Çam kese böceğinin Allatostatin C-tipi reseptörünün allosterik bağlanma ceplerinin belirlenmesi
KÜBRA KAHVECİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NECLA BİRGÜL
- Glukagon benzeri peptit 1 reseptör agonistleri ve dipeptidil peptidaz 4 inhibitörleri ile antidiyabetik bitkilerin etkileşimlerinin in siliko analiz ile belirlenmesi
Determination of interactions of antidiabetic plants with glucagon-like peptide 1 receptor agonists and dipeptidyl peptidase 4 inhibitors by in silico analysis
AYŞE BANU PAK
Doktora
Türkçe
2024
BiyoistatistikKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA EMRE ERCİN
- Identification and characterization of specific Caspase-1 and IL1R inhibitors
Özgün Caspase-1 ve IL1R inhibitörlerinin tanımlanması ve karakterize edilmesi
UĞUR GATFAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Allerji ve İmmünolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NATHAN ALLAN LACK
- Computational identification of potential allosteric sites in glucokinase enzyme
Glukokinaz enziminde potansiyel allosterik bölgelerin hesaplamalı olarak belirlenmesi
TUTKU ARSLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyomühendislikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ARZU UYAR
- Transkriptom verilerinin protein-protein etkileşim ağlarına haritalanması ile inflamatuar bağırsak hastalıklarına özgü alt ağların belirlenmesi ve ilaç yeniden konumlandırma
Identification of inflammatory bowel disease-specific subnetworks and drug repositioning by mapping transcriptome data to protein-protein interaction networks
ŞEFİKA FEYZA MADEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyomühendislikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SALİHA ECE ACUNER