Mutation, exome sequencing and linkage analyses in Turkish CMT families
Türk CMT ailelerinde mutasyon, ekzom dizileme ve bağlantı analizleri
- Tez No: 325511
- Danışmanlar: DOÇ. ESRA BATTALOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 125
Özet
Charcot-Marie-Tooth hastalığı (CMT) diğer bir adıyla herediter motor ve duysal nöropati en sık görülen kalıtsal nöropatidir. CMT hastalarında genellikle distal kas zaafı ve peroneal kaslarda atrofi vardır. Bu çalışmanın ilk bölümünde, GJB1, PRPS1, GDAP1 ve SH3TC2 genlerinde toplam 34 Türk CMT hastasında mutasyon taraması gerçekleştirildi. GJB1'in kodlayan bölgesinde iki varyasyon belirlenirken genin 5'UTR'ında iki mutasyon daha saptandı. GDAP1 ve SH3TC2 genlerinde ise birer mutasyon tanımlandı. CMT genlerinde mutasyon taşımayan iki ailede sorumlu genin belirlenmesi amacıyla ekzom dizilemesi gerçekleştirildi. Bu ailelerden birinde, GJB1'in 5'UTR bölgesinde yeni bir varyasyon gözlendi. İkinci ailede ise ekzom dizileme sonuçlarından tek başına bilgi edinilememesi nedeni ile tüm genom bazında bağlantı analizi yapıldı. Bu iki analizden elde edilen bulguların karşılaştırılması ile üç aday gen tanımlandı. Çalışmanın son bölümünde, dört CMT ailesinde X kromozomuna bağlantı analizi uygulandı. Analiz üç aile için sonuç vermezken dördüncü ailede 102 Mb uzunluğunda bir bölgeye bağlantı gösterdi. Bağlantı veren bölgenin çok büyük olması ve yaklaşık 1100 gen içermesi nedeniyle hastalığa yol açan gen tanımlanamadı. Genin belirlenmesi amacıyla farklı yöntemler kullanılması gerekmektedir. Bu çalışma sonucunda özellikle iki önemli sonuca varılmıştır. Birincisi, GJB1'in 5'UTR bölgesinde bulunan varyasyonların beklenenden daha sık hastalığa yol açabileceğinin gösterilmesidir. İkincisi, bir ailede bilinen tüm CMT genlerinin dışlanması sonrasında üç aday gen tanımlanmasıdır. İleride gerçekleştirilecek olan araştırmalarda bu aday genlerden hangisinin hastalığa yol açtığı belirlenebilecektir. CMT genlerinin ve mutasyonların tanımlanması hastalığın genetik alt yapısının anlaşılması ve hastalara moleküler tanı ile yardımcı olunması açısından son derece önemlidir.
Özet (Çeviri)
Charcot-Marie-Tooth disease (CMT) also known as hereditary motor and sensory neuropathy (HMSN) is the most frequent inherited neuropathy. The patients with CMT generally have distal muscle weakness and atrophy in the peroneal muscles. In the first part of this study, GJB1, PRPS1, GDAP1 and SH3TC2 were screened for mutations in a total of 34 Turkish CMT patients. Four variations have been identified for GJB1, including two mutations in its 5?UTR. Two other variations identified were in GDAP1 and SH3TC2. Exome sequencing was performed for two families for which mutation analysis in the known CMT genes did not give a positive result. A novel variation was observed in the 5?UTR of GJB1 in one of these families. For the second family, whole genome linkage analysis was conducted since exome sequencing was not informative by itself. Combination of these two analyses helped to identify three candidate genes in the family. In the third part of the study, X chromosome linkage analysis was performed for four families. For three them, the analysis did not give any conclusive results. For the forth family, the locus linked to the disease was about 102 Mb that harbor about 1100 genes. Additional analysis should be performed for those families to identify the causative gene. This study contributed to the genetics of CMT with two major findings. First, the variations that were identified in the 5?UTR of GJB1 have been shown to cause the disease with a higher incidence than expected. Besides, known CMT genes were excluded in one family and consequently three candidate genes have been identified. Determination of the causative gene among these candidates with future studies is crucial in understanding the genetic basis and will help molecular diagnosis of the disease.
Benzer Tezler
- Linkage and exome sequence analyses to identify disease genes
Hastalık genleri belirlemek için bağlantı ve eksom dizileme analizleri
ÖZGECAN AYHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Disease gene identification using linkage and exome analyses
Bağlantı ve ekzom analizleri kullanarak hastalık geni keşfi
İLKER KARACAN
Doktora
İngilizce
2019
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Disease gene identification via linkage analysis and exome sequencing
Bağlantı analizi ve eksom dizileme yöntemleriyle hastalık genlerinin bulunması
AYŞE GÜVEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Otozomal dominant peters anomalisi tanısı alan bir ailede yeni gen araştırması
Identification of molecular pathology of peters' anomaly segregating in a large autosomal dominant family
CAN KOŞUKCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoistatistikHacettepe ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE NURTEN AKARSU