Geri Dön

An in silico study on ribosome-binding trigger factor

Ribozoma bağlanan trıgger factor proteini üzerine hesapsal bir çalışma

  1. Tez No: 325590
  2. Yazar: MEHMET TARIK CAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. PEMRA DORUKER TURGUT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 176

Özet

Sadece bakterilerde bulunup `Trigger factor' (TF) şeklinde isimlendirilen protein, ribozom tünelinin sitoplazmaya açılan kısmına bağlanarak ribozom tünelinden çıkan protein adayı polimer zincirlerinin işlev-görebilir katlanmış konformasyonlarına ulaşmalarına yardım olan bir proteindir. Söz konusu protein için evvelen yapılmamış olduğu belirlenen Moleküler Dinamik (MD) simülasyon metodu, bağlanmamış hâldeki TF molekülüne uygulanmış ve molekülün yapı-dinamik-işlev özellikleri 500 nanosaniyelik (ns) bir simülasyon ile ortaya konmak istenmiştir. Elde edilen konformasyonların başlangıç yapısına olan uzaklıkları ve aminoasitlerin hareket değerleri TF'in hareket ve bükümlülük potansiyelinin yüksek olduğunu göstermiştir. Simülasyon adımlarını oluşturan yapılar ribozoma bağlı hâldeki TF kristal yapıları üzerine eşleştirilmiş; ve bu şekilde ribozoma bağlı yeni TF yapıları elde edilip bu yapıların TF'in ribozom üzerinde gerçekleştirdiği görevle uyum gösterip göstermediği tartılmıştır. Ayrıca, TF'in elektrostatik özellikleri ?Adaptive Poisson-Boltzmann Solver? (APBS-Uyumlu Puason-Boltzman Çözümleyicisi) ile incelenmiş, TF yüzeyi üzerinde GLU ve LYS amino asitlerinin yüksek oranda bulunduğu tesbit edilip TF'in bağlanma noktasının pozitif yüklü olduğu fark edilmiştir. MD simülasyonunun ana-dinamiklerinin incelenmesi, TF'in ?baş? ve ?bağlanma? kısımlarının gerçekleştirdiği bir açılma/kapanma hareketini ortaya çıkarmıştır, ve bu hareketin ribozom tünelinden çıkıp ilk olarak TF ile etkileşecek olan proteinlerle TF'in etkileşiminde etkisi olabileceği düşünülmüştür. Anizotropik Ağyapı Modellemesi (ANM) tekniği de MD'den elde edilen ana-dinamik inceleme sonuçları ile uyumluluk göstermiştir.Tüm bu hesaplarla, TF'in içsel hareketlerindeki dinamikler bulunup sunulmuş, eksik amino asit içermeyerek ribozom tüneline bağlanmış bir TF molekülü için yeni konum ve şekil önerileri getirilmiştir.

Özet (Çeviri)

The trigger factor protein (TF), unique to bacterial organisms, binds to ribosome tunnel mouth and works as a chaperone in helping the nascent chains emerging from the ribosome tunnel to acquire their native fold. A 500 ns molecular dynamics (MD) simulation of apo TF was performed in this thesis in order to investigate its structure-dynamics-function relationship, which has not been reported before. Deviations from the initial structure and residue fluctuations point to high mobility and flexibility of TF. Snaphots from the trajectory were aligned onto the crystallized structures of TF binding domain on the ribosome; in this way, novel ribosome-bound conformations for TF were proposed and their compatibility with TF function was assessed. Also, TF electrostatics were elucidated using the Adaptive Poisson-Boltzmann Solver (APBS) program, which reveal enrichment of GLU and LYS residues on TF surface and positive charge distribution of binding region. Essential dynamics of the MD trajectory elucidated the opening up/closing cycle of TF molecule's head and binding domains that may be important for its interaction with the nascent chain. Anisotropic network modelling (ANM) calculations also provided consistent collective modes with the essential dynamics obtained from MD. As a result, TF?s inter-domain movements were uncovered and conformations of full length TF aligned on ribosome tunnel were proposed in this thesis.

Benzer Tezler

  1. Yeni bir ilaç hedefi olarak protein devir hızının (ribozom - proteazom yolakları) genomik veri tabanlarında sorgulanması ve ın-silico validasyonu ile kliniğe translasyonu

    Investigation of protein turnover (ribosome-proteasome pathway) as a new drug target in genomic database and clinical translation with in-silico validation

    ASIM LEBLEBİCİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoistatistikDokuz Eylül Üniversitesi

    Onkoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR

  2. Protein characterization of human YPEL2 and YPEL homolog yeast MOH1

    İnsan YPEL2 ve YPEL homoloğu maya MOH1 proteinlerinin karakterizasyonu

    ÇAĞLA ECE OLGUN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MESUT MUYAN

  3. Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğunun tedavisinde doğal biyoaktif bileşiklerin belirlenmesi üzerine ın-sılıco bir çalışma

    An in-silico study on the determination of natural bioactive compounds in the treatment of attention deficit hyperactivity disorder

    RÜMEYSA RABİA ERDOĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyokimyaÜsküdar Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY

  4. Proteaz ile aktive edilen reseptör 1 (PAR1) üzerinden etkili antikanser bileşiklerin moleküler modelleme yöntemleri ile tasarımları

    Design of anticancer active compounds using molecular modelling on protease activated receptor-1 (PAR1)

    ANDRY NUR HIDAYAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoenformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESİN EMİNE AKI YALÇIN

  5. Urtica dioica L. türü ekstresinin antioksidan özelliklerinin belirlenmesi ve anti-obezite etkilerinin in siliko incelenmesi

    Determination of antioxidant properties of Urtica dioica L. species extract and in silico investigation of anti-obesity effects

    KÜBRA SAĞLAM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyokimyaMarmara Üniversitesi

    Biyokimya (Ecz) Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TURGUT ŞEKERLER