An in silico study on ribosome-binding trigger factor
Ribozoma bağlanan trıgger factor proteini üzerine hesapsal bir çalışma
- Tez No: 325590
- Danışmanlar: PROF. DR. PEMRA DORUKER TURGUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 176
Özet
Sadece bakterilerde bulunup `Trigger factor' (TF) şeklinde isimlendirilen protein, ribozom tünelinin sitoplazmaya açılan kısmına bağlanarak ribozom tünelinden çıkan protein adayı polimer zincirlerinin işlev-görebilir katlanmış konformasyonlarına ulaşmalarına yardım olan bir proteindir. Söz konusu protein için evvelen yapılmamış olduğu belirlenen Moleküler Dinamik (MD) simülasyon metodu, bağlanmamış hâldeki TF molekülüne uygulanmış ve molekülün yapı-dinamik-işlev özellikleri 500 nanosaniyelik (ns) bir simülasyon ile ortaya konmak istenmiştir. Elde edilen konformasyonların başlangıç yapısına olan uzaklıkları ve aminoasitlerin hareket değerleri TF'in hareket ve bükümlülük potansiyelinin yüksek olduğunu göstermiştir. Simülasyon adımlarını oluşturan yapılar ribozoma bağlı hâldeki TF kristal yapıları üzerine eşleştirilmiş; ve bu şekilde ribozoma bağlı yeni TF yapıları elde edilip bu yapıların TF'in ribozom üzerinde gerçekleştirdiği görevle uyum gösterip göstermediği tartılmıştır. Ayrıca, TF'in elektrostatik özellikleri ?Adaptive Poisson-Boltzmann Solver? (APBS-Uyumlu Puason-Boltzman Çözümleyicisi) ile incelenmiş, TF yüzeyi üzerinde GLU ve LYS amino asitlerinin yüksek oranda bulunduğu tesbit edilip TF'in bağlanma noktasının pozitif yüklü olduğu fark edilmiştir. MD simülasyonunun ana-dinamiklerinin incelenmesi, TF'in ?baş? ve ?bağlanma? kısımlarının gerçekleştirdiği bir açılma/kapanma hareketini ortaya çıkarmıştır, ve bu hareketin ribozom tünelinden çıkıp ilk olarak TF ile etkileşecek olan proteinlerle TF'in etkileşiminde etkisi olabileceği düşünülmüştür. Anizotropik Ağyapı Modellemesi (ANM) tekniği de MD'den elde edilen ana-dinamik inceleme sonuçları ile uyumluluk göstermiştir.Tüm bu hesaplarla, TF'in içsel hareketlerindeki dinamikler bulunup sunulmuş, eksik amino asit içermeyerek ribozom tüneline bağlanmış bir TF molekülü için yeni konum ve şekil önerileri getirilmiştir.
Özet (Çeviri)
The trigger factor protein (TF), unique to bacterial organisms, binds to ribosome tunnel mouth and works as a chaperone in helping the nascent chains emerging from the ribosome tunnel to acquire their native fold. A 500 ns molecular dynamics (MD) simulation of apo TF was performed in this thesis in order to investigate its structure-dynamics-function relationship, which has not been reported before. Deviations from the initial structure and residue fluctuations point to high mobility and flexibility of TF. Snaphots from the trajectory were aligned onto the crystallized structures of TF binding domain on the ribosome; in this way, novel ribosome-bound conformations for TF were proposed and their compatibility with TF function was assessed. Also, TF electrostatics were elucidated using the Adaptive Poisson-Boltzmann Solver (APBS) program, which reveal enrichment of GLU and LYS residues on TF surface and positive charge distribution of binding region. Essential dynamics of the MD trajectory elucidated the opening up/closing cycle of TF molecule's head and binding domains that may be important for its interaction with the nascent chain. Anisotropic network modelling (ANM) calculations also provided consistent collective modes with the essential dynamics obtained from MD. As a result, TF?s inter-domain movements were uncovered and conformations of full length TF aligned on ribosome tunnel were proposed in this thesis.
Benzer Tezler
- Yeni bir ilaç hedefi olarak protein devir hızının (ribozom - proteazom yolakları) genomik veri tabanlarında sorgulanması ve ın-silico validasyonu ile kliniğe translasyonu
Investigation of protein turnover (ribosome-proteasome pathway) as a new drug target in genomic database and clinical translation with in-silico validation
ASIM LEBLEBİCİ
Doktora
Türkçe
2024
BiyoistatistikDokuz Eylül ÜniversitesiOnkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR
- Protein characterization of human YPEL2 and YPEL homolog yeast MOH1
İnsan YPEL2 ve YPEL homoloğu maya MOH1 proteinlerinin karakterizasyonu
ÇAĞLA ECE OLGUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUT MUYAN
- Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğunun tedavisinde doğal biyoaktif bileşiklerin belirlenmesi üzerine ın-sılıco bir çalışma
An in-silico study on the determination of natural bioactive compounds in the treatment of attention deficit hyperactivity disorder
RÜMEYSA RABİA ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyokimyaÜsküdar ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
- Proteaz ile aktive edilen reseptör 1 (PAR1) üzerinden etkili antikanser bileşiklerin moleküler modelleme yöntemleri ile tasarımları
Design of anticancer active compounds using molecular modelling on protease activated receptor-1 (PAR1)
ANDRY NUR HIDAYAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESİN EMİNE AKI YALÇIN
- Urtica dioica L. türü ekstresinin antioksidan özelliklerinin belirlenmesi ve anti-obezite etkilerinin in siliko incelenmesi
Determination of antioxidant properties of Urtica dioica L. species extract and in silico investigation of anti-obesity effects
KÜBRA SAĞLAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyokimyaMarmara ÜniversitesiBiyokimya (Ecz) Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TURGUT ŞEKERLER