Geri Dön

An in silico study to evaluate the impact of vortioxetine,a multi-modal antidepressant,on ovarian cancer

Multı-modal antidepresan vortıoxetıne'in yumurtalık kanseri üzerindeki etkisinin ın sılıco yöntemlerle değerlendirilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 960358
  2. Yazar: İLAYDA İNCEKARA
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EBRU BİLGET GÜVEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Genetik, Onkoloji, Biochemistry, Genetics, Oncology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Disiplinlerarası Mühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyoinformatik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 104

Özet

Over (yumurtalık) kanseri (OV), genellikle geç evrede teşhis edilmesi ve tedaviye direnç geliştirmesi nedeniyle önemli bir mortalite oranına sahiptir. Bu çalışmada, OV hastalarına sıklıkla reçete edilen multi-modal antidepresan vortioksetinin, öncelikli olarak tercih edilen kemoterapi ilaçlarından olaparib, niraparib ve karboplatin ile olan potansiyel etkileşimleri in silico yöntemlerle değerlendirilmiştir. Özellikle, PARP inhibitörlerinin moleküler hedefi olan PPAR α proteini (PDB ID: 1KKQ) seçilerek bu protein üzerinde çoklu bağlanma (multi-docking) ve moleküler dinamik (MD) analizleri gerçekleştirilmiştir. Bu kapsamda, vortioksetinin bir ligand ve olaparib, niraparib veya karboplatin gibi FDA onaylı ilaçlardan birinin diğer ligand olarak kabul edildiği, çiftli ligand bağlanma analizleri, hedef proteinler üzerinde uygulanmıştır. Elde edilen en stabil üçlü kompleksler daha sonra MD simülasyonlarına tabi tutulmuştur. 1KKQ proteini ile yapılan simülasyonlar sonucunda, vortioksetinin diğer ligandın bağlanmasını kolaylaştırabileceği ve kompleksin yapısal stabilitesini arttırdığı gözlemlenmiştir. RMSD, RMSF ve radyoal kompaktlık (Rg) verileri, özellikle vortioksetin–olaparib ve vortioksetin–karboplatin kombinasyonlarının düşük dalgalanma ve yüksek konformasyonel korunma gösterdiğini ortaya koymuştur. Bu çalışmada odaklanılan PPAR α proteini, DNA onarım yollarında kritik bir rol oynamaktadır ve özellikle homolog rekombinasyon onarımı bozulmuş hücrelerde (örneğin, BRCA mutasyonu) hedeflenebilir hale gelmektedir. PARP inhibitörleri, DNA hasarını onaramayan tümör hücrelerinde“sentetik ölüm”mekanizmasını tetikleyerek seçici sitotoksisite sağlamaktadır. Bu çalışma, vortioksetinin mevcut FDA onaylı endikasyonu olan majör depresif bozukluğun ötesinde, over kanseri tedavisinde destekleyici küçük molekül olarak yeniden konumlandırılabileceğini göstermektedir. Diğer bir deyişle, bu antidepresanın PARP inhibitörleriyle moleküler düzeyde kurabileceği etkileşimlerin ortaya konulması, PARP inhibitörleriyle sinerjik bir etki yaratabileceğini işaret etmektedir.

Özet (Çeviri)

Ovarian cancer (OV) has a significant mortality rate due to being diagnosed at a late stage and developing resistance to treatment. In this study, the potential interactions of vortioxetine, a multi-modal antidepressant known to be prescribed frequently to OV patients, with primarily preferred chemotherapy drugs, olaparib, niraparib, and carboplatin, were evaluated in silico. In particular, PPAR α (Peroxisome proliferator-activated receptor α ) protein (PDB ID: 1KKQ), which is the molecular target of PARP inhibitors, was selected to be investigated further via multiple docking and molecular dynamics (MD) analyses. In this study, multi-docking analyses to the target proteins were performed in which vortioxetine is considered as one of the two ligands and the other ligand is any one of the FDA-approved drugs, olaparib, niraparib, and carboplatin. The most stable triple complexes were subjected to MD simulations. As a result of the simulations performed with the 1KKQ protein, it was observed that vortioxetine could facilitate the binding of the other ligand and increased the structural stability of the complex. RMSD, RMSF and radial compactness (Rg) data showed that especially vortioxetine–olaparib and vortioxetine–carboplatin combinations exhibited low fluctuation and high conformational conservation. In this context, the PPAR α protein, which we focus on, is a critical player of the DNA repair pathways and becomes targetable especially in cells with impaired homologous recombination repair (e.g., BRCA mutation). PARP inhibitors provide selective cytotoxicity by triggering the“synthetic death”mechanism in tumor cells that cannot repair DNA damage. This study indicates that vortioxetine can be repositioned as a supportive small molecule in OV treatment beyond its FDA-approved indication, major depressive disorder. In other words, by elucidating the interactions that it can establish with PARP inhibitors at the molecular level this antidepressant can create a synergy with PARP-inhibitors.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    962782

    Molecular dynamics simulations of chk2 kinase domain mutants

    CHK2 kı̇naz domain mutantlarının moleküler dı̇namı̇k sı̇mülasyonları

    EBRU TUNCAY

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MERT GÜR

  2. Tez No

    924235

    Kemik doku mühendisliği için gözenekli yapı tasarımı

    Design of porous structure for bone tissue engineering

    SAFA ŞENAYSOY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Makine MühendisliğiBursa Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN LEKESİZ

  3. Tez No

    860754

    Meme kanseriyle ilişkili SFRP1 ve AXIN2 genlerine ait SNP'lerin biyoinformatik analizi

    Bioinformatic analysis of SFRP1 and AXIN2 genes SNPs associated with breast cancer

    GÜLŞAH ÜNAL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyomühendislikSelçuk Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN

  4. Tez No

    634565

    Prediction of fate of selected priority pollutants considering their transformation products using in-silico methods

    Seçilen öncelikli kirleticiler ve transformasyon ürünlerinin bilgisayarlı metotlarla akıbetlerinin tahmin edilmesi

    NEZAHAT GÜLÜCÜK BARLAS

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Çevre MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İPEK İMAMOĞLU

    DOÇ. DR. KADİR GEDİK

  5. Tez No

    872320

    Pomza tozu ve porselen parlatma atığının ultra yüksek performanslı betonlarda puzolanik malzeme olarak kullanılabilirliğinin araştırılması

    Investigation of the use of pumice powder and porcelain polishing waste as pozzolanic material in ultra high performance concrete

    MUKHTAR OSMANOV

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    İnşaat MühendisliğiSakarya Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET EMİROĞLU

    DR. ANA MAFALDA MATOS

Geri Dön