Alzheimer hastalığında Kreatin kinaz BB enzimine ait rolün moleküler kenetlenme yöntemi kullanılarak in silico yöntemle belirlenmesi
Determination of the role of creatine kinase BB enzyme on Alzheimer's disease by using in silico molecular docking method.
- Tez No: 938463
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHSİN KONUK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Alzheimer hastalığı, CK-BB, Moleküler Kenetlenme, QSAR, Alzheimer's disease, CK-BB, Molecular Docking, QSAR
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Alzheimer hastalığı günümüzde yaşlı bireylerde sıkça görülen nörodejeneratif bir hastalıktır. AD, demansın başlıca nedenlerinden biri olarak görülmektedir. Temel yaşamsal aktivitelerini gerçekleştirmede sorun yaratan, hafıza, kişilik ve davranış dahil olmak üzere birçok beyin bölgesini etkileyerek bireylerin yaşam kalitesini düşürmekle kalmayıp sonucu ölüme gidebilen bir hastalıktır. AD hastalığı için kullanılan mevcut tedavi yöntemleri hastalığın temel sorununu ortadan kaldırmak yerine daha çok hastalığın engellenmesi ya da semptomlarının etkisinin azaltılması yönündedir. Beyin tipi kreatin kinaz (CK-BB) ve Alzheimer hastalığının arasındaki ilişkiden birçok kaynakta bahsedilmiştir. Bu tez çalışmasında beyin tipi kreatin kinazın (CK-BB) Alzheimer hastalığı üzerindeki etkisi araştırılıp bu konu ile alakalı in silico bir çalışma yapılmıştır. CK-BB' nin kristal yapısına protein data bank (pdb) veri tabanından ulaşılmıştır. Alzheimer hastalığına etki eden bitkilerin, 3200 etken molekülüne Dr. Duke veri tabanı üzerinden erişim sağlanmıştır. Lipinski kurallarına uyan ve kan beyin bariyerini (BBB) geçen moleküller seçilerek çalışmaya 720 molekül ile devam edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen 720 molekülün önce SPARTAN yazılımı ile konformer taramaları yapılarak, aynı programda geometri optimizasyonları gerçekleştirilmiştir. Kantitatif yapı- aktivite ilişkisi (QSAR) parametre değerleri Spartan programı üzerinden hesaplanmıştır. Moleküllerin kenetlenme çalışmaları AutodockVina yazılımı ile gerçekleştirilmiştir. Görüntüleme işlemleri ve etkileşim haritaları için BIOVIA Discovery Studio yazılımı kullanılmıştır. Lineer regresyon (LR) analizi ile en iyi korelasyon gösteren moleküller belirlenmiştir. Sonuç olarak seçilen aday bitki etken molekülleri ile referans gösterilen ilaçlar karşılaştırılmıştır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Alzheimer's disease is a neurodegenerative disease frequently seen in elderly people today. Alzheimer's disease is considered a major cause of dementia. It is a disease that causes problems with basic activities of daily living, affects many areas of the brain, including memory, personality and behavior, and not only reduces the quality of life of those affected, but can also lead to death. Current treatments for Alzheimer's disease focus on preventing the disease or reducing the impact of its symptoms, rather than addressing the underlying problem of the disease. The relationship between brain-type creatine kinase (CK-BB) and Alzheimer's disease has been mentioned in many sources. In this thesis, the effect of brain-type creatine kinase (CK-BB) on Alzheimer's disease was investigated and an in silico study was carried out. The crystal structure of CK-BB was obtained from the protein data bank (pdb) database. Access to 3200 active molecules of plants that affect Alzheimer's disease has been provided through the Dr Duke database. The study was continued with 720 molecules by selecting molecules that met the Lipinski rules and crossed the blood-brain barrier (BBB). Conformer scans of 720 molecules included in the study were the first performed with SPARTAN software and geometry optimization was also performed in the same program. The Quantitative structure-activity relationship (QSAR) parameter values were calculated using Spartan program. Molecular docking studies were performed using AutodockVina software. BIOVIA Discovery Studio software was used for the imaging and interaction maps. The best correlated molecules were identified by Linear regression (LR) analysis. The selected candidate Phyto-active molecules were then compared with the reference drugs.
Benzer Tezler
- Effect of elk1 and YY1 transcription factors on SPG4 and KATHB1 promoters
Elk1 ve YY1 transkripsiyon faktörlerinin SPG4 ve KATNB1 promotorları üzerindeki etkisi
KORAY KIRIMTAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Metabolıte bıomarkers for the subtypes of alzheımer's dısease from transcrıptome data: A genome-scale metabolıc modelıng approach
Alzheımer hastalığının alt tipleri için transkriptom verilerinden metabolit biyobelirteç tahmini: genom ölçekli metabolik modelleme yaklaşımı
KADER SARIBULAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Alzheimer hastalığında harekete ilişkin kortikal potansiyeller
Movement related cortical potentials in alzheimer disease
MÜSLÜM YILMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2003
NörolojiDokuz Eylül ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. GÖRSEV GÜLMEN YENER
- Alzheimer hastalığında beyin omurilik sıvısında (BOS) biyolojik belirteçler ve BOS'un PC12 hücre hattı canlılığı üzerine in vitro etkisinin değerlendirilmesi
Biochemical markers in cerebrospinal fluid (CSF) and evaluation of the effect of CSF on PC12 cell line viability in Alzheimer's disease
ERDEM YAKA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
NörolojiDokuz Eylül ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÖRSEV G. YENER
- Alzheimer hastalığında bilişsel ve davranışsal belirtilerin bakımverenin yaşam kalitesi ve külfet düzeylerine etkisi
Başlık çevirisi yok
PELİN KAPLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2005
PsikiyatriMarmara ÜniversitesiPsikiyatri Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. ÇAĞRI YAZGAN