Yeni bir ilaç hedefi olarak protein devir hızının (ribozom - proteazom yolakları) genomik veri tabanlarında sorgulanması ve ın-silico validasyonu ile kliniğe translasyonu
Investigation of protein turnover (ribosome-proteasome pathway) as a new drug target in genomic database and clinical translation with in-silico validation
- Tez No: 862826
- Danışmanlar: PROF. DR. YASEMİN BAŞBINAR
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoistatistik, Moleküler Tıp, Onkoloji, Biostatistics, Molecular Medicine, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, Tıbbi onkoloji, Veri madenciliği, Bioinformatics, Medical oncology, Data mining
- Yıl: 2024
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Onkoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Translasyonel Onkoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Protein bozunum süreci sürecinde etkili olduğu ortaya konulan genlerin ve bunlarla ilişkili moleküler mekanizmaların, yolakların ortaya konulması, biyobelirteç teminini ve terapötik hedeflerin aydınlatılmasını sağlayacaktır. Ubiquitin, proteinlere bağlanarak apoptozis, hücre bölünmesi ve çoğalma, hücre dejenerasyonu, DNA transkripsiyon ve tamiri, immun yanıt, organel biogenezi, antijen prosesleri, reseptör modülasyonu, viral enfeksiyonlar gibi birçok süreçte rol oynamaktadır. Proteinlerin ubiquitin modifikasyon süreçlerinde bağlanmayı kontrol eden E1 (activating enzyme), E2 (conjugating enzyme) ve E3 (ligase) enzimlerinin yanı sıra ayrılmayı kontrol eden de-ubiquitinasyon (DUB) enzimleri de görev almaktadır. Son zamanlarda, giderek artan sayıda, DUB enzimlerinin ekspresyon değişiklikleri ya da germline/somatik mutasyonları ile birçok kanser arasında ilişki olduğuna dair araştırmalar yayınlanmaktadır. DUB enzimlerinin tümör metastazı ile ilgili birçok sürecin yanı sıra EMT ile ilişkisini de ortaya koyan bazı çalışmalar bulunmaktadır. Araştırmanın amacı kolorektal kanserde yeni bir ilaç hedefi olarak protein devir hızının (ribozomproteozom yolakları) transkriptom gen ekspresyon verilerinden sorgulamak ve insilico biyoinformatik yöntemlerle doğrulayarak bir profil hedefi oluşturmaktır. Çalışmada yer alan ubiquitin-proteazom yolağı (UPP) ile ilişkili genler daha önce yapılan çalışmalardan derlenmiş ve protein etkileşimleri ile ubiquitin-proteazom yolağına özgü bir ağ oluşturulmuştur. Oluşturulan ağ analiz edilerek ADRB2, RXRA, CHRNA1 ve FGFR2 için ilaç hedefleri bulunmuştur
Özet (Çeviri)
Revealing the genes that have been shown to be effective in the protein degradation process and the molecular mechanisms and pathways associated with them will enable the provision of biomarkers and the elucidation of therapeutic targets. Ubiquitin plays a role in many processes such as apoptosis, cell division and proliferation, cell degeneration, DNA transcription and repair, immune response, organelle biogenesis, antigen processes, receptor modulation, viral infections by binding to proteins. E1 (activating enzyme), E2 (conjugating enzyme) and E3 (ligase) enzymes that control binding as well as de-ubiquitination (DUB) enzymes that control dissociation are involved in ubiquitin modification of proteins. Recently, an increasing number of studies have been published on the association between altered expression or germline/somatic mutations of DUB enzymes and many cancers. There are some studies showing the association of DUB enzymes with EMT as well as many processes related to tumor metastasis. The aim of the study is to interrogate the protein turnover rate (ribosome-proteasome pathways) as a new drug target in colorectal cancer from transcriptome gene expression data and to create a profile target by validating it with in-silico bioinformatics methods. Genes related to the ubiquitin-proteasome pathway (UPP) were compiled from previous studies and a ubiquitin-proteasome pathwayspecific network was created with protein interactions. The network was analyzed and drug targets were found for ADRB2, RXRA, CHRNA1, and FGFR2.
Benzer Tezler
- Bilgisayar destekli ilaç tasarımı yöntemleri kullanılarak G protein-bağlı reseptörler için aday ilaç molekülleri tahmin ve tasarım çalışması
Prediction and design study of candidate drug molecules for G protein-coupled receptors using computer aided drug design methods
SELİNAY DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikTrakya ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜZİN TUNCA ALPARSLAN
- Alzheimer modelinde: ilaç-hedef etkileşim tahmini
Drug-target interaction prediction in the alzheimer model
MÜNEVVER DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikSüleyman Demirel ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELÇUK ÇÖMLEKÇİ
PROF. DR. ECİR UĞUR KÜÇÜKSİLLE
- Development of protein-conjugated spion-based theranostic nanoparticles as small RNA gene therapy vehicles in cancer treatment
Küçük RNA taşınması ve kanser gen terapisinde kullanılmak amaçlı protein konjuge edilmiş, spion tabanlı teranostik nanopartiküllerin geliştirilmesi
MUHAMMED KOÇAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
GenetikSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DEVRİM GÖZÜAÇIK
- Development of novel superparamagnetic iron oxide based theranostic nanoparticles
Demir oksit bazlı özgün teranostik nanoparçacıkların geliştirilmesi
ÖZLEM ÜNAL
Doktora
İngilizce
2017
KimyaKoç ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAVVA YAĞCI ACAR
- İlaçla indüklenen senesens gelişiminde ve sekretomoluşumunda flotillin-1 ve flotillin-2 proteinlerininolası rollerinin değerlendirilmesi
The evaluation of the possible roles of flotillin-1 and flotillin-2 proteins in drug-induced senescence development and secretome formation
ESRA ÖZDEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YAPRAK DİLBER ŞİMAY DEMİR